Процесс Франсиско Гильена, купца еврейского происхождения, показывает, к каким приемам прибегала инквизиция, чтобы вырвать у жертвы доносы на других людей. В 1561 году трибунал приговорил его к сожжению за посещение тайных сходок иудеев. Но приговор ввиду нарушения некоторых формальностей в исполнение приведен не был, и дело перешло к Супреме, которая распорядилась расследовать преступление Гильена заново. Через несколько месяцев купца вторично приговорили к смерти, но так как Гильен постепенно, небольшими порциями, стал выдавать участников еврейских собраний, то казнь все откладывалась, и наконец ему пообещали заменить ее вечным заточением. Инквизиторы действительно собирались выполнить это обещание, но тем не менее одели Гильена в то же санбенито, что и приговоренных к смерти. Идея была в том, что боязнь смерти заставит несчастного выдать и тех преступников, о которых он до сего времени умолчал. Шествуя среди смертников и думая, что его ведут на казнь, Гильен умолял о пощаде и в последний момент — с условием, что назовет новых преступников, — был лицемерно помилован: инквизиторы сняли с него санбенито сжигаемых и надели санбенито примиряемых с церковью. Гильена отвезли в тюрьму, где он назвал еще девять имен, заявив, что только сейчас вспомнил об этих участниках еврейских собраний. Позже, однако, он признался, что донес на людей, которые ни в чем не были виновны, так как у него не было другого средства спасти себя. 19 января 1564 года его вторично вывели на аутодафе, теперь уже с кляпом во рту, и за лжесвидетельство приговорили к 200 ударам плетью. Но это еще не все. Спустя год Гильен сообщил, что его донос на умершую Каталину Перес был ложным, и мурсийский трибунал возбудил против него новое дело. 9 декабря 1565 года несчастный в третий раз прошел через аутодафе, получив на этот раз 300 розог и пожизненное заключение, которое затем заменили каторгой на неопределенный срок — до тех пор, пока у него хватит сил для каторжных работ.

Случай с Гильеном не представляет собой ничего исключительного: с Мельчором Эрнандесом, на которого инквизиции донес Гильен, поступили точно таким же образом. Как и Гильен, Эрнандес обвинялся в том, что посещал собрания, где произносились речи во славу закона Моисея. Он упорно отрицал свою вину, и следствие, как ни старалось, не могло ее доказать. В январе 1565 года Эрнандес на исповеди заявил, что в 1553 году действительно неоднократно посещал какой-то дом, где собирались люди, говорившие о законе Моисея, но что он приходил туда по своим торговым делам и не вмешивался в эти разговоры. При этом он не назвал ни одного имени. Тогда трибунал постановил подвергнуть Эрнандеса пытке in caput alienum, то есть для выдачи соучастников преступления. Пытка результата не дала, и 18 октября 1565 года Эрнандес как иудействующий, отказавшийся давать показания, был приговорен к смертной казни. После этого, однако, с ним поступили, как с Гильеном: отложили исполнение приговора и стали ежедневно подвергать допросам; наконец он не выдержал и дал показания на тех, кого ему называл трибунал, и сам добавил многие имена. Но и потеряв прежнюю твердость, он продолжал утверждать, что сам, несмотря на частые посещения дома, где проходили собрания иудеев, никогда не принимал участия в разговорах о законе Моисея. Когда на него уже накинули санбенито и он понял, что спастись может, только назвав новые имена, Эрнандес заявил, что готов дать дополнительные показания; следствием этих показаний стало привлечение к суду еще двенадцати человек. В конце концов трибунал предложил примирить его с церковью, но Супрема оказалась не столь милосердна и высказалась 15 мая 1567 года за выдачу Эрнандеса светским властям, то есть за немедленное исполнение смертного приговора. Трибунал тем не менее с этим не спешил — несчастного продолжали таскать на допросы и вырывали у него все новые и новые признания; в отчаянии он произносил случайно приходившие на ум имена и все более запутывался в показаниях. После долгих перипетий в июне 1568 года его все-таки казнили — прилюдно удушили, а тело сожгли.

Новохристианам запрещалось жить в испанских колониях. Поэтому Перу, которое было завоевано Испанией в 1524 году, не знало маранов до 1580 года, когда к испанской короне была присоединена Португалия и многие португальцы, которых инквизиция считала иудействующими, предпочли перебраться за океан. Не всех это, однако, уберегло от беды. Уже 17 декабря 1595 года на аутодафе в Лиме были казнены четверо — Хорхе Нуньес, Франсиско Родригес, Хуан Фернандес и Педро Контрерас; все они перед этим не раз подвергались пыткам. 10 декабря 1600 года там же сожгли живьем двоих, а 13 марта 1605 года — троих; кроме того, десятки людей были приговорены к конфискации имущества и другим наказаниям. На аутодафе 1 июня 1608 года одному иудействующему — его звали Доминго Лопес — выпало редкое счастье: он был оправдан — вероятно, потому что на него распространялось всепрощение, купленное в 1604 году португальскими маранами и только к этому времени ставшее известным в колониях. После этого наступило затишье, и лишь 21 декабря 1625 года было устроено новое аутодафе, на котором троих сожгли заживо, одного in effigie и десять иудействующих примирили с церковью. В следующем году среди прочих был арестован Франсиско Мальдонадо де Сильва случай которого интересен тем, что на него донесла родная сестра Изабелла. Его продержали в тюрьме, прежде чем отправить на костер, без малого тринадцать лет. Кроме де Сильвы на большом аутодафе 23 января 1639 года сожгли живьем еще десять человек. Среди них был Мануэл Баутиста Перес — богач, состояние которого оценивалось в полмиллиона песет; его дом служил для иудействующих местом собраний. Перес владел плантациями и серебряными рудниками, так что конфискация его имущества сильно увеличила средства перуанского трибунала, который сразу стал одним из богатейших в испанской инквизиции. Именно обретенное богатство, как считается, стало причиной ослабления после 1639 года активности инквизиции в Перу; во всяком случае, в течение следующего десятилетия она проявила себя лишь в двух небольших аутодафе, на которых обошлась без казней.

Заслуживает внимания история, происшедшая в это десятилетие с Хуаном Лойолой — родственником Игнатия Лойолы, основателя иезуитского ордена. Хуан, занимавший в Лиме высокое положение, в 1743 году был арестован по доносу негра-раба. Трибунал после долгих проволочек установил, что донос стал результатом заговора, составленного рабами, однако, даже арестовав четырех лжесвидетелей, продолжал держать Лойолу в заточении, где тот и умер 27 декабря 1745 года. Семья узнала о его смерти только на аутодафе 19 октября 1749 года, когда лжесвидетели были наказаны, и потребовала, чтобы ему были оказаны посмертные почести как истинному католику. Трибунал на это согласился, и изображение Хуана Лойолы с большой торжественностью под звуки музыки провезли по улицам на белой лошади. Супрема нашла подобный способ искупления ошибки инквизиторов совершенно излишним и сделала трибуналу выговор, прося впредь не выходить за пределы обычных процедур.

В 1646 году, когда Португалия вновь обрела независимость от Испании, перуанский вице-король маркиз Мансера по требованию инквизиционного трибунала приказал изгнать из Перу всех португальцев, число которых достигало 6000 человек. Но португальцы откупились, и Мансера разрешил им остаться в Перу (позже это поставили ему в вину). Быть может, эти деньги способствовали тому, что маранов, вышедших из Португалии, вообще перестали преследовать: по крайней мере в течение следующих двадцати лет никто из них не пострадал. И лишь в 1666 году был приговорен к отречению от иудейской ереси Леон Сиснерос, которого уличили в том, что он не покупал рыбы без чешуи и в субботу не посылал своих детей в школу. В дальнейшем случаи преследования иудействующих отмечаются в Перу все реже, а в XVIII веке и вовсе выходят из практики.