Карательные меры вызвали огромный поток беженцев в Пакистан, Иран и Индию. На территории Пакистана вблизи многих пограничных афганских населенных пунктов обосновались центры оппозиционных организаций, их военные лагеря, склады оружия и боеприпасов, перевалочные базы, учебные центры по подготовке боевиков. К концу 1978 года началась массовая засылка в ДРА подготовленных в Пакистане вооруженных отрядов и диверсионных групп. С этого времени стали быстро возрастать масштабы сопротивления правительству Н.М.Тараки. В начале января 1979 года обстановка в стране резко ухудшилась. Развернулось вооруженное сопротивление уже в центральных провинциях Афганистана. В большинстве провинций участились диверсии на дорогах, уничтожались линии электропередачи и телефонной связи. Правительство, в свою очередь, ужесточало террор против нелояльных граждан.

Откровенно враждебную позицию по отношению к правительству, сформированному НДПА, заняли пакистанская военная администрация и представители шахского режима в Иране. В военных кругах Исламабада изучалась возможность прямого вооруженного вмешательства в события в ДРА с целью свержения правительства Тараки. Генеральный штаб ВС Пакистана даже разработал план военного переворота и смены власти на местах за 4 месяца. ЦРУ США оказывало действенную помощь оппозиции в создании сети лагерей и баз на пакистанской территории. Большинство стран Запада, Китай и их союзники в мусульманском мире также заняли враждебную позицию к правительству ДРА, усматривая в его курсе резкий крен в сторону Советского Союза и изменение соотношения сил в этом регионе в его пользу.

В свою очередь руководители Советского Союза рассматривали Афганистан как надежного союзника на юге и оказывали большую помощь правительству ДРА. В декабре 1978 года был подписан договор о дружбе и сотрудничестве в целях обеспечения безопасности, независимости и территориальной целостности обеих стран. Именно на него потом ссылалось афганское руководство, когда обращалось к СССР с просьбами о вводе в ДРА советских войск.

В руководстве НДПА обострились разногласия по оценке происходящих событий и выработке тактики дальнейших действий. По инициативе Х.Амина с середины 1978 года в стране начал насаждаться культ личности Тараки под соусом создания атмосферы всеобщей любви к афганскому «отцу народов». Появились денежные знаки с изображением генерального секретаря ЦК НДПА; на газетных фотографиях его печатали крупнее других людей; на всех собраниях вывешивалось большое количество портретов; в домах, где он жил, устраивались музеи и т. д. На самом деле целью этого пиара являлась дискредитация главы государства.

Тараки свято верил во «всеобщее обожание» и все больше удалялся от государственных дел. Реальная власть сосредоточилась в руках Х.Амина, который продолжал политику жестокого насилия. Начались широкие репрессии против парчамистов. Физически уничтожались представители леводемократических и либеральных организаций и группировок, представители интеллигенции, торгово-промышленной буржуазии, духовенства и даже его сторонники по фракции «Хальк», посмевшие высказывать свои мнения. Вместо обещанных благ революция принесла народу разрушения, смерть, пытки, страдания, кровь и насилие в различных формах.

Раскол в руководстве партии губительно сказался на армии. В ходе чистки ее рядов много достойных младших, старших и высших офицеров были уволены, а значительная часть — репрессирована. Командный состав в армии менялся так быстро, что у офицеров, наблюдавших аресты и исчезновение товарищей, не было уверенности в завтрашнем дне и в прочности своего положения.

Из правительства были удалены все представители «Парчам», которыми заполнялись тюрьмы. В Кандагаре были расстреляны 33 участника демонстрации протеста против переписи населения; в городе Таринкоте на глазах у жителей были убиты 30 сложивших оружие мятежников. Повсюду члены отрядов «патриотически настроенных граждан» творили самосуд, погромы и мародерство. Оставшиеся на свободе противники партийного крыла Тараки — Амина ушли в подполье. Их идейный вдохновитель Бабрак Кармаль был назначен послом в Чехословакию. Отправляясь в почетную ссылку, он заявил, что еще вернется в Афганистан, но с красным флагом в руках.

О враждебных действиях Амина Тараки неоднократно предупреждало советское руководство, однако он считал его верным и выдающимся учеником и своим преемником, за что и поплатился жизнью.

В этот сложный для Афганистана период Советский Союз оказывал ему всестороннюю помощь и политическую поддержку. В ДРА было направлено более 4500 военных советников. Но многие высокопоставленные афганские руководители полагали, что этого недостаточно, и буквально засыпали правительство СССР настойчивыми просьбами об оказании ДРА непосредственной военной помощи.

Обстановка в стране продолжала ухудшаться. В феврале 1979 года в Кабуле террористами маоистского толка был похищен и взят в заложники посол США А.Дабс. Его хотели обменять на сидевших в тюрьме боевиков. Несмотря на просьбы американского и советского посольств не применять против террористов силовых действий, по указанию Х.Амина служба безопасности начала штурм гостиницы, в которой удерживался заложник. Во время штурма посол был смертельно ранен. Инцидент послужил поводом для резкого изменения курса США в отношении режима Тараки: американская помощь Афганистану была практически прекращена; из ДРА были отозваны почти все американские сотрудники и специалисты.

В марте с территории Ирана в Герат было заброшено более 4000 переодетых в гражданскую одежду военнослужащих, которые проникли во все воинские части и спровоцировали вооруженный мятеж. В ходе боев погибло около тысячи военнослужащих гарнизона, в том числе и все советские военные советники. В различных регионах страны возникали стихийные вооруженные конфликты, постоянным нападениям подвергались афганские воинские части и подразделения, в некоторых из них уничтожались советские специалисты. Так, например, в Джелалабадском гарнизоне был раскрыт антиправительственный заговор. Арестовано более 200 военнослужащих.

Тараки продолжал настойчиво просить у Л.И. Брежнева и А.Н. Косыгина ввести в страну советские войска для стабилизации обстановки. Этот вопрос обсуждался на заседаниях Политбюро ЦК КПСС и советского правительства. Поскольку обстановка была неясной и менялась каждый день, министр обороны СССР Маршал Д.Ф. Устинов дал указание Генеральному штабу о мобилизационном развертывании двух дивизий ТуркВО в приграничных с Афганистаном районах и переброске туда трех авиационных полков. Одновременно был отработан вариант переброски за одни сутки в Кабул посадочным способом 105-й (Ферганской) гвардейской воздушно-десантной дивизии, мотострелкового полка. По этому варианту одновременно к границе с Афганистаном подтягивались две мотострелковые дивизии.

Для изучения ситуации на месте и разъяснения позиции ЦК КПСС в Афганистан прибыла советская военная делегация во главе с начальником ГлавПУ СА и ВМФ генералом армии А.А. Епишевым. Он беседовал с Тараки, Амином и другими политическими и военными деятелями, которые в очередной раз просили о военной помощи. Им опять было заявлено, что Советский Союз на это пойти не может. Советские представители в Кабуле предлагали создать в Афганистане учебный центр по типу того, который был развернут нами на Кубе. Специалисты знали, что под легендой учебного центра на острове Свободы находилась как фактор сдерживания возможной агрессии полностью укомплектованная советская боевая мотострелковая бригада.