Жизнь в иностранных поселениях была небезопасной. Активисты-ксенофобы продолжали свою деятельность до 1860-х годов, нападая и убивая иностранцев и тех местных, что с ними сотрудничали. В ответ иностранные консулы привозили собственную охрану и войска; в определенный момент в Йокогаме квартировали около 1000 английских и 300 французских солдат.

На протяжении 1860-х годов продолжало нарастать напряжение между сёгунатом и активистами, желавшими свергнуть режим Токугава и восстановить императорскую власть. Два внешних княжества (тодзама), Сацума и Тёсю, не имевшие права занимать должности в центральном аппарате сёгуната, возглавили оппозиционные силы. Они заручились поддержкой молодых активистов сонно дзёи, которые устраивали террористические акты, убив даже голландца Генри Хюскена, бывшего секретарем Таунсенда Харриса. Сёгунат запросил помощи французов, чтобы укрепить военную мощь Токугава и помочь наказать недовольные княжества. В 1866 году фракции Сацумы и Тёсю заключили секретный договор о взаимной поддержке в случае нападения сёгуната. Сацума наладила масштабные поставки вооружения из Британии, которая, в свою очередь, хотела уменьшить французское влияние в Японии. В 1865 году Тёсю создал призывную крестьянскую армию, но ей недоставало современного вооружения. Посредником этого секретного соглашения выступил Сакамото Рёма (1835–1867), безрассудный активист из Тосы. Когда летом 1866 года сёгунат объявил карательную экспедицию против Тёсю, Сацума отказалась высылать войска на помощь правительству; то же сделали и некоторые даймё. Армия Тёсю с легкостью заставила бежать малочисленные батальоны сёгуната. На следующий год назначенный новым сёгуном Токугава Ёсинобу (1837–1913) объявил, что намерен и далее наращивать военную мощь сёгуната, чтобы уничтожить мятежные княжества. Союз Сацума — Тёсю, в свою очередь, вместе с даймё близлежащих княжеств и помощниками из числа придворных начал строить собственные планы о том, как опрокинуть сёгунат. В конце 1867 года вооруженные мятежники выдвинулись к Императорскому дворцу в Киото, строго охраняемому Синсэнгуми — силами сёгуната, набранными из безработных ронинов, вооруженных мечами. Их предназначением было помешать переговорам между двором и поддерживавшими его проимператорскими силами.

3 января 1868 года проимператорские войска ворвались во дворец, где их приветствовали придворные. Годом ранее на трон взошел пятнадцатилетний кронпринц Муцухито под именем императора Мэйдзи, что значит «просвещенное правление». Он выпустил манифест о том, что упраздняет титул сёгуна, восстанавливает императорское правление и создает новое правительство из придворных, даймё и других «талантливых людей». Третий и последний сёгунат официально закончился. Тем не менее еще более года императорские войска, возглавляемые Сацума — Тёсю, сражались с приверженцами Токугава в Эдо и в провинциях на Северном Хонсю и Хоккайдо, куда стекались остатки сил, верных сёгунату. Эти конфликты известны под названием война Босин (1868–1869). Общее число погибших, составляющее около 3500 человек, сравнительно невелико относительно масштабных гражданских войн в других странах. Из-за этого ранние истории Японии восхваляли реставрацию Мэйдзи как «бескровную революцию», или «революцию сверху». После того как Эдо захватили императорские войска, он был переименован в Токио, что значит «восточная столица», а юный император переехал из Киото в бывший дворец сёгуна.

В марте 1868 года император Мэйдзи собрал в Императорском дворце около 400 должностных лиц, где им зачитали положение о новой государственной политике — так называемую «Высочайшую клятву в пяти статьях»:

Статьи этой клятвы выступили базой для принципиальных всеохватных изменений, намеченных в управлении и обществе. Первый пункт обращается к государственному единству, изворотливо заявляя, что небольшая группа революционеров из Сацума — Тёсю не будет монополизировать принятие решений, а, наоборот, включит в политический процесс и другие влиятельные фигуры. Следующие два пункта поясняют эту идею, предлагая людям любого статуса возможность менять свое положение и участвовать в развитии государства. Последние два пункта обращаются к внешней политике, убеждая другие государства, что Япония намерена стать стабильным и уважаемым членом международного сообщества под опекой «цивилизованных» западных стран.

Лидеры Мэйдзи запустили революционную программу реформ, чтобы обеспечить независимость страны и заложить фундамент будущего процветания. Прежде чем пересматривать унизительные невыгодные соглашения, поставившие Японию в положение полуколониальной страны, нужно было сначала поспособствовать объединению нации, обрести мощь и богатство. Всего за какие-то 30 лет лидерам Мэйдзи удалось переделать социальную структуру, создать конституционное государственное устройство и парламент, а также стимулировать развитие капитализма быстрой индустриализацией. С этого момента они усвоили западный империалистский подход, сначала «колонизировав» айнов на Хоккайдо и рюкюсцев на Окинаве, а затем в 1876 году силой принудив Корею к открытию торговли при помощи дипломатии военных кораблей. Первая Китайско-японская война (1894–1895 гг., см. главу 10) позволила Японии продемонстрировать эффективность своей модернизированной армии, быстро доведя дело до победы, изумившей и впечатлившей другие страны. В результате Япония получила контроль над собственными колониями на Тайване, Пескадорских островах (Пэнхуледао) и Ляодунском полуострове.

Самым насущным вопросом лидеров было создание централизованной политической структуры, которая позволила бы им управлять всей страной. В качестве основного политического органа была учреждена Палата большого Государственного совета, в которую вошли предводители Сацумы и Тёсю и их союзники. Окубо Тосимити (1830–1878) и Сайго Такамори (1828–1877) из Сацумы, Ито Хиробуми (1841–1909) и Ямагата Аритомо (1838–1922) из Тёсю, а также принц Ивакура Томоми (1825–1883) на десятки лет монополизировали контроль над государственной политикой. Хотя новое государство на словах вернуло власть императору, на самом деле страной управляли именно эти люди, тогда как юный император был лишь символической фигурой. Государственный совет убедил даймё отказаться от их традиционной широкой автономии в обмен на щедрые финансовые компенсации и аристократические титулы. В 1871 году император Мэйдзи упразднил княжества и учредил 302 префектуры с императорскими управляющими, назначенными советом. Позже в том же году количество префектур сократили до 72, а в 1888 году — и вовсе до 47, что сохраняется и поныне.