В 1869 году Государственный совет отменил четырехсословную систему Токугава, сняв препятствия для свободного выбора профессии и изменений социального статуса. Простолюдинам возможности брать себе фамилию, заключать браки и усыновлять детей, невзирая на сословия, пришлись по вкусу, тогда как многие бывшие самураи были недовольны. Они не только потеряли свою монополию на фамилии, — им запретили носить мечи, и, что было важнее всего, государство понемногу лишало их наследственного жалованья, заставляя самураев вместо этого получать процентные облигации на определенный срок, что компенсировало государственной казне только половину годовых затрат. Другим мероприятием, разочаровавшим многих экс-самураев, было создание призывной армии. Сначала лидеры Мэйдзи планировали превратить бывших самураев в профессиональную армию. Однако Закон о призыве 1873 года основывался на практике современных европейских армий, требовавших, чтобы все мужское население по достижении 20 лет отслужило три года, а далее еще четыре года находилось в резерве. Лидеры Мэйдзи надеялись, что новый закон укрепит узы верности между простым народом и новым государством. Однако в сельских районах вскоре вспыхнули крупные протесты против обязательной военной службы, прозванной «кровавым налогом», поскольку она забирала необходимых работников с полей. Ходили слухи, что это название было буквальным: у призывников откачивали кровь и использовали ее для различных целей, например для окраски одеял и для шлифовки телеграфных проводов.

Многие бывшие самураи, раздосадованные потерей привилегий, также участвовали в восстаниях 1870-х годов. Самый крупный протест возглавлял Сайго Такамори — герой войны за реставрацию и член Государственного совета. Расстроенный утратой боевого духа среди бывших самураев, Сайго предложил в качестве выхода из этой фрустрации вторгнуться в Корею, однако идея не была поддержана другими членами Совета. Тогда Сайго отказался от своего места в политике, вернулся домой в Кагосиму на Кюсю и открыл там частные школы для нескольких тысяч молодых людей из бывших самураев, где учил их военной тактике и классике конфуцианства. В 1877 году он с 40 000 последователей поднял восстание против центрального правительства, однако всего за несколько месяцев был разбит национальными войсками, состоявшими из 300 000 призывников и бывших самураев. Так называемое Сацумское восстание — лебединая песня сословия самураев. После 1878 года лидеры Мэйдзи могли выполнять свою программу без опасности жестоких восстаний, поднятых реакционерами, пытавшимися свергнуть новое правительство.

Голливуд обыграл историю Сайго в фильме «Последний самурай» (2003), однако картина полностью вводит зрителей в заблуждение. Хотя исторический Сайго действительно сражался, защищая «путь воина», однако его больше волновала потеря социального статуса и наследственного жалованья, нежели абстрактное чувство «чести» или сохранение традиционного уклада жизни. Войска Сайго использовали современные ружья и пушки и были обмундированы по-западному, переходя к саблям, только когда заканчивались боеприпасы.

Вероятнее всего, Сайго ближе к концу битвы совершил самоубийство, а его тело было найдено соратниками, однако вокруг популярного военачальника, любимого многими как последний образец самурайской доблести, крутились всевозможные слухи. Некоторые говорили, что ему удалось перебраться за границу и там он сражается с империалистическими силами в Индии и Китае; другие — что он вернется в Японию вместе с русским царем, чтобы свергнуть режим Мэйдзи. В одной истории вообще утверждалось, что упала комета с изображением Сайго. В 1889 году Государственный совет гарантировал своему бывшему соратнику посмертное прощение — возможно, из уважения к нему, но на самом деле это явилось отголоском традиции умиротворения гневного духа, ярким примером которой была деификация Сугавары-но Митидзанэ много веков назад.

Другим аспектом реформ Мэйдзи была стремительная вестернизация институтов. В 1868 году открылись ворота для западной науки, и уже в ближайшее десятилетие несколько сотен японцев учились в американских и европейских университетах. Еще больше иностранцев приехали в Японию по приглашению как центрального правительства, так и администраций префектур, чтобы обучать японцев западной политике, медицине, праву, технологиям и образовательным методикам.

«Иностранные специалисты» (о-ятои гайкокудзин), служившие советниками лидеров Мэйдзи, помогали модернизировать японские институты при помощи обмена технологиями и консультаций. За 30 лет правительство наняло более 3000 таких экспертов, и еще больше наняли частные лица. Иностранцам щедро платили: в 1874 году жалованье 520 иностранцев забирало более трети годового бюджета молодого государства. Обычно иностранцам предлагали разовые трехлетние контракты и требовали при этом обучить своему ремеслу японцев, которые и займут их места после окончания срока и возвращения домой. Однако некоторые проникались любовью к Японии и решали там остаться. Эта официальная система закончила свое существование в 1899 году.

Среди наиболее влиятельных иностранных специалистов были Джосайя Кондер (1852–1920), Бэзил Чемберлен (1850–1935), Хёрн Лафкадио (1850–1904) и Эрнест Феноллоза (1853–1908). Они стали знатоками японского искусства и литературы, что повлияло и на японские, и на западные взгляды на японскую культуру.

В 1877 году Кондер приехал из Британии в Токийский императорский университет в качестве первого профессора архитектуры. Он выучил первое поколение современных японских архитекторов, а также спроектировал и построил легендарные объекты, такие как павильон Рокумэйкан и район Маруноути в Токио, который должен был напоминать деловой район Лондона. Кондер проявил глубокий интерес к японскому искусству, особенно к икебане и ландшафтным садам, и написал несколько популярных книг, знакомивших западного читателя с этими явлениями. Он остался в Японии на всю жизнь.

Чемберлен преподавал в Японской императорской военно-морской академии, но прославился переводами японской литературы на английский, включая многие хайку и «Кодзики» (1882). Самая популярная его книга, «Японские заметки» (Things Japanese, 1890), представляет собой собрание разнородных сведений о Японии — от самураев до суеверий, от паломничеств до керамики — для просвещения европейских и американских путешественников.

Хёрн, журналист и профессор английского языка Токийского императорского университета, стал практически местным: женился на японке и принял имя Якумо Коидзуми. Самую большую известность ему принесли сборники японских легенд и историй о привидениях, например «Мимолетные впечатления о незнакомой Японии» (1894) и «Кайдан: история и очерки об удивительных явлениях» (1904).

Американец Феноллоза приехал преподавать философию в Императорском университете и проявил чрезвычайный интерес к японскому искусству и буддизму. В начале периода Мэйдзи в угаре стремительной вестернизации многие традиционные жанры искусства отвергались в пользу западного искусства, преподаваемого иностранцами о-ятои, например масляной живописи. Феноллоза посоветовал лидерам Мэйдзи заняться охраной традиционных японских видов искусства. Вместе со своим учеником Окакурой Какудзо (1862–1913) он по заказу правительства провел инвентаризацию государственных хранилищ произведений искусства. Феноллоза со своим богатым другом Уильямом Бигелоу собрал большие коллекции произведений искусства и старинных предметов буддийского культа, которые они завещали Музею изящных искусств Бостона и Художественной галерее Фрира в Вашингтоне. Также Феноллоза участвовал в создании Токийской школы изящных искусств и Токийского императорского музея.