Еще до вступления Фердинанда в Мадрид инквизиция стала организовывать народные манифестации, на которых раздавались требования восстановить инквизиционные трибуналы. В Севилье инквизиция возобновила свою деятельность, никого не спрашивая, 7 мая 1814 года. Во многих церквах, богато украшенных по этому поводу, прошли торжественные богослужения, и бывший служитель трибунала Хуан Гарсиа де Негра, сохранивший старое знамя инквизиции, водрузил его на башне замка района Триана. Пример севильского трибунала оказался заразительным, и многие другие трибуналы стали готовиться к возобновлению своей деятельности, но тут выяснилось, что далеко не везде это возможно, так как не существует ни Супремы, ни великого инквизитора, которые могли бы назначить недостающих служителей. Валенсийский капитул, а за ним отдельные епископы, бывшие инквизиторы, монахи, городские и сельские советы обратились к Фердинанду с просьбой официально восстановить инквизицию, без которой религии угрожает большая опасность. И Фердинанд, хотя формально без Римской курии не имел на это права, издал 21 июля 1814 года соответствующий эдикт.

В эдикте, в частности, говорилось:

«Из всех христианских королей одни лишь испанские монархи носят славный титул католических, потому что они никогда не допускали в своем государстве иной религии помимо католической, апостолической, римской; этот великий титул служит для меня особым стимулом, побуждающим меня употребить все средства, данные мне Господом Богом, чтобы заслуженно носить звание католического короля. Недавние беспорядки, шестилетняя война, истощившая все мои провинции, столь же продолжительное пребывание в них иностранных солдат, принадлежавших к различным сектам и почти поголовно относившихся враждебно к католической религии, беспорядок, являющийся неизбежным результатом подобных несчастий, безучастное отношение к религии в течение всего этого времени — все это в сильной степени способствовало разнузданности страстей, дало возможность скверным людям жить так, как им хотелось, и вызвало появление в Испании испорченных и отвратительных взглядов, которые распространены в других государствах.

Желая избавить мою страну от этих ужасных зол и сохранить для нее в чистоте святую религию Иисуса Христа, которую так любит мой народ и которая давала ему столь счастливую жизнь; желая также исполнить долг, который основные законы государства возлагают на монарха и которому я поклялся служить верно; понимая, что сохранение религии есть лучшее средство спасти народ от междоусобных неурядиц и обеспечить ему мир и спокойствие, я решил, что при настоящих обстоятельствах крайне важно восстановить святой трибунал и дать ему возможность действовать в том объеме, в каком он действовал ранее. Мною было получено много адресов от ученых и добродетельных прелатов, от корпораций и частных лиц, занимающих высокое положение; все они без исключения заявляют, что Испания обязана инквизиционному трибуналу тем, что в XVI веке не была заражена злом, которое причинило столько несчастий другим европейским государствам... Все согласны также с тем, что главнейшим средством, к которому прибег притеснитель Европы, чтобы сеять семена продажности, испорченности и беспорядка, было разрушение этого трибунала под лживым предлогом, будто прогресс и культура не совместимы с его дальнейшей деятельностью. Так называемые общие и чрезвычайные кортесы руководствовались теми же мотивами, что и чужеземный притеснитель, когда они отменили этот трибунал к крайнему огорчению народа...

Уступая воле и желанию народа, который из любви к вере своих отцов сам восстановил некоторые трибуналы, я решил восстановить Супрему и желаю, чтобы она организовалась в том виде, в каком она существовала в 1808 году. Необходимо, чтобы Супрема, как только соберется, избрала из своей среды двух членов, которые вместе с двумя членами государственного совета составят хунту для рассмотрения вопроса о том, каковы в настоящее время методы и принципы деятельности инквизиции; если хунта найдет, что в этом отношении нужны какие-либо реформы, то пусть доложит об этом королю».

Хунта эта действительно состоялась, но она, по-видимому, не нашла необходимым что-либо изменить: по крайней мере она функционировала еще в 1816 году, не представив никаких докладов королю. Еще до избрания этой хунты, согласно королевскому эдикту, инквизиция организовалась в своей старой форме. В августе 1814 года великим инквизитором был назначен епископ Альмерии Франсиско Миэре-и-Кампильо, и тогда же были заняты вакантные места в Супреме.

8 августа Супрема разослала инквизиционным трибуналам извещение о том, что она вступила в исполнение своих обязанностей в прежнем объеме. От трибуналов требовалось немедленно начать свою деятельность и для этого как можно скорее сформировать свои штаты. Списки с именами служителей необходимо было представить Супреме, причем о каждом служителе следовало дать подробные сведения с указанием того, что делал он во время французской оккупации и правления кортесов; особенный интерес для Супремы представляло то, выступали ли служители с либеральными речами и не нападали ли на прежнюю деятельность инквизиции. Скомпрометированные лица должны были быть из списков удалены за безверие и бесчестие.

7 апреля 1815 года Супрема издала новый циркуляр, в силу которого в категорию подлежащих увольнению попали и те инквизиционные служители, которые поздравляли кортесы с принятием конституции. Так, было рассмотрено дело служителя мадридского трибунала Паломино-и-Лосано, который в 1812 году подписал приветствие кортесам. Паломино-и-Лосано стал доказывать, что он сделал это по принуждению и из боязни за свою жизнь. Видимо, Супрема удовлетворилась этим ответом, так как он остался на службе. В Лиме под колпак Супремы попал служивший при инквизиционном трибунале монах Рекалде. Он объяснял, что подписал представленный университетом Лимы благодарственный адрес кортесам, не читая и не зная, что в нем сказано, как он это часто делал, когда ему приходилось подписывать большое число бумаг. Обо всем этом лимский трибунал доложил Супреме; дальнейшее нам неизвестно, так как сведений о том, что ответила Супрема и вообще был ли Рекалде удален со своего места или остался на службе, в архивах не сохранилось.

Само собой разумеется, что для действенного функционирования трибуналов недостаточно было формального восстановления инквизиции. Нужно было позаботиться и о материальной стороне. Эдиктом об отмене инквизиции в собственность государства было передано все ее имущество, как движимое, так и недвижимое, и теперь трибуналы вынуждены были снимать дома, в которых можно было бы заседать и производить суд, строить новые тюрьмы и т.д. Средств для этого у них не было, и неудивительно, что тотчас после опубликования эдикта от 21 июля к Фердинанду посыпались просьбы вернуть трибуналам отнятое у них имущество. 18 августа 1814 года последовал еще один эдикт, которым вся недвижимость, перешедшая от инквизиции к государству, возвращалась обратно. Этим, однако, инквизиция не удовлетворилась, и 3 сентября Фердинанд VII издал новый эдикт, коим трибуналам возвращалась конфискованная у них собственность иного рода, в том числе ценные бумаги и предметы.

Но, по-видимому, этот эдикт короля не получил настоящего осуществления, так как Супрема неоднократно жаловалась на невозвращение отнятых у инквизиции денег и в конце концов попросила короля о выдаче ежемесячного пособия в размере 8000 реалов. Фердинанд отклонил эту просьбу, сославшись на критическое положение государственных финансов; в то же время он обещал оказывать инквизиции необходимую финансовую помощь в делах первостепенной важности.