5 февраля был принят эдикт об отмене инквизиции; его сопровождал обращенный к народу манифест. «Ужас инквизиции, — говорилось в манифесте, — заключается не в ее темных и сырых тюрьмах и не в ее страшных кострах. К этим средствам некогда прибегали во многих государствах, и Англия, Германия и Франция также жгли и преследовали еретиков. Ужас испанской инквизиции в том, что она составляет единое, прекрасно организованное, хорошо дисциплинированное, всемогущее и ничему не повинующееся учреждение, действующее путем отлучения от церкви и пыток там, где она это находит необходимым. Ужас инквизиции в том, что она заглушает всякую мысль, всякое движение вперед, убивает всякое проявление творчества, порабощает общество и низводит человека на степень животного. Она — вечно неизменная — вступила в страшное единоборство с всегда мятущимся, ищущим все нового и нового и никогда не удовлетворяющимся человеческим духом». Эдикт и манифест должны были, начиная с 7 марта, три воскресенья подряд читаться в церквах и муниципалитетах.

Из всех церквей приказано было удалить санбенито осужденных еретиков, а также всякого рода изображения, связанные с деятельностью инквизиции. Удаление санбенито манифест объяснял необходимостью положить конец причиняемым потомству еретиков оскорблениям и правовым ограничениям, так как это нарушает конституцию, провозгласившую, что никакое наказание не переносится на родных того, кто почему-либо когда-либо совершил преступление.

Кортесы всячески подчеркивали, что они выступают не против католической религии, но против инквизиции. Взамен отмененной инквизиции эдикт предписывал создать специальные трибуналы, защищавшие религию, а манифест гласил, что лишь тот имеет право называть себя испанцем, кто исповедует римскую, апостолическую и католическую веру. Однако все эти торжественные проявления католических чувств депутатов мало помогли кортесам, против которых поверженная, но еще не сдавшаяся инквизиция повела ожесточенную борьбу, опираясь в ней главным образом на духовенство, ставшее к этому времени в резкую оппозицию к кортесам. Дело в том, что кортесы приняли ряд мер, затронувших материальные интересы духовенства и вызвавших, естественно, его недовольство.

Духовенство было всегда очень сильно в Испании. В 1788 году оно насчитывало в своих рядах 199512 человек, в стране было свыше 2000 мужских монастырей и 1075 женских. По вычислениям тогдашнего министра финансов Кабаруса, принадлежавшая духовенству в 1809 году земля стоила 3125 миллионов песет при стоимости всей испанской земли в 11500 миллионов, то есть церкви принадлежало больше четверти земельных богатств. Ежегодная рента с земли давала духовенству 125 миллионов; к этой сумме следует прибавить доход с домов, деньги, поступающие от государства, пожертвования и прочие средства, поступающие из самых разных источников. В целом ежегодный доход духовенства был близок к 260 миллионам песет, и при этом оно не платило налогов. Церковь была богатейшим государством внутри государства, и кортесы посчитали справедливым, учитывая плачевное положение испанских финансов, что она должна разделить тяготы жизни вместе со всей страной.

17 июня 1812 года был принят эдикт, согласно которому монастыри, разоренные во время войны, не подлежали восстановлению, а оставшееся их имущество, главную ценность которого составляла земля, поступало в пользу государства. В результате только в 1812 году испанская казна получила более 51 миллиона песет. Несмотря на ожесточенное сопротивление духовенства, 18 февраля 1813 года был принят новый закон, ужесточающий предыдущий, — теперь не подлежали восстановлению монастыри, община которых насчитывала менее двенадцати братьев; кроме того, в одном округе не должно было быть более одного монастыря, а устройство новых монастырей запрещалось. Также желая облегчить бремя налогов, падавших преимущественно на земледельцев, кортесы отменили специальную подать, платившуюся в ряде местностей в пользу духовенства. Все эти законодательные меры раздражали церковь, не решавшуюся, однако, из-за чисто материальных мотивов открыто выступить против кортесов. Но по мере того как кортесы наступали на инквизицию, церковь, хотя прежде ее интересы с интересами инквизиции часто не совпадали, вступала с нею во все более тесный союз. Наконец они дружно стали выступать не только против затронувших материальные интересы духовенства постановлений и закона об отмене инквизиции, но и против всей конституции, которая, как они говорили, была создана людьми, лишенными религиозных чувств, и потому якобы пронизана антикатолическим духом.

Еще в 1812 году епископы Лериды, Барселоны, Памплоны, Теруэля, Тортосы и Урхеля, собравшись на острове Майорка, изготовили манифест, который в резкой форме нападал на кортесы, утверждая, что они задались целью преследовать представителей католического духовенства и организовать в Испании церковь согласно идеалу янсенистов. Манифест шести епископов получил широкое распространение, и народ верил, что кортесы готовят что-то весьма противное религии. Дебаты об отмене инквизиции, принимавшие по временам крайне враждебный инквизиционным трибуналам характер, как бы подтверждали правильность мнения тех, кто называл большинство кортесов злейшими врагами католицизма.

По мере того как приближалась назначенная дата начала публичного чтения эдикта и манифеста, появлялось все больше признаков, что духовенство собирается дать решающее сражение. Инициативу проявил капитул Кадиса, запретивший чтение в подотчетных ему церквах. Местное духовенство заявило, что инквизицию создал папа, и пока он ее не отменит, она должна считаться существующей, несмотря ни на какие постановления светской власти. К Кадису примкнула Севилья, остальные капитулы ограничились моральной поддержкой и заняли выжидательную позицию.

Накануне 7 марта состоялось специальное собрание духовенства, на котором было решено предложить правительству отложить приведение эдикта в исполнение. Вслед за этим папский нунций архиепископ Педро Гравина отправил регентству послание, в котором заявил, что отмена инквизиции светской властью противоречит примату святого престола, а потому регентство должно побудить кортесы отсрочить публикацию эдикта до тех пор, пока отмену инквизиции не одобрит папа. Одновременно Гравина написал епископу Хаэна и капитулам Гранады и Малаги конфиденциальные письма, предложив им примкнуть к кадисскому капитулу и вообще всячески бороться против нечестивых законов, издаваемых кортесами. По-видимому, все это происходило не без предварительного согласия регентства, мало сочувствовавшего деятельности кортесов и находившегося на стороне защитников инквизиции.

Собственно, кортесы давно подозревали регентство в тайных интригах против конституции, и уж точно между исполнительной и законодательной властью не существовало единства. Кортесы недоверчиво воспринимали каждый шаг исполнительной власти, и регентство давало к тому немало оснований — например, оно изо всех сил мешало проведению в жизнь законов в отношении монастырей. Тем не менее кортесы были застигнуты врасплох, когда 6 марта стало известно, что регентство внезапно сменило губернатора Кадиса, который выступал на стороне кортесов, на своего ставленника. Чтение эдикта и манифеста на следующий день не состоялось, а еще через день министр юстиции переправил кортесам полученное регентством заявление капитула Кадиса о невозможности для духовенства подчиниться требованиям эдикта, что, в сущности, означало согласие регентства с этим документом. Оправившиеся от столбняка кортесы истолковали это как начало государственного переворота и потребовали заменить состав регентства, что и случилось, — обнаружив, что народ их не поддерживает, прежние его члены во избежание худшего сами подали в отставку.