К своему обращению Вавилов и Бруевич приложили еще две страницы. Это был протест Лысенко, резко возразившего против идеи в целом. Свое "Особое мнение" он написал сразу после первого заседания Президиума АН СССР еще 4 июля 1946 года. То, что этот документ в течение более полугода оставался без движения в канцелярии Академии наук и только сейчас был приложен к официальному обращению в правительство, говорило о многом. Задержав письмо и не дав ему хода сразу, Вавилов и Бруевич видимо были, во-первых, уверены, что могут именно так обращаться с еще совсем недавно всесильным Т. Д. Лысенко, а, во-вторых, что им не стоит опасаться возможности, что его голос пересилит чьи-то голоса наверху в руководстве страны. Но вместе с тем, жалоба Лысенко могла оказаться зловещей для судьбы нового детища. Он писал:

Все документы ушли в секретариат Берии в понедельник 27 января, а уже через два дня Берия направил их секретарю ЦК А. А. Кузнецову с резолюцией-просьбой "Прошу рассмотреть и решить в ЦК ВКП(б)". Видимо именно в этот момент на первой странице письма Президиума появился штамп "Секретно". Срочность в решении вопросов отпала в связи с резолюцией, написанной Кузнецовым на отдельном листе бумаги рукой: "Целесообразно решить в связи с вопрос[ом] заслушивания доклада Лысенко в июне в ОБ [Оргбюро ЦК ВКП(б)] АК[узнецов]. Ниже добавилась еще строка: "Согласен Жданов" (27). Хотя под резолюцией не стоит дата, её легко вычислить. Скорее всего она появилась в тот же день, что и бериевская резолюция, так как через день, 1 февраля 1947 года на документах был проставлен штамп об их пересылке в "Тех-с[ектор] Оргбюро ЦК ВКП(б)". Оттуда они были направлены, как того и следовало ожидать, в Отдел науки Управления агитации и пропаганды. Однако то, что Кузнецов связал решение этого вопроса с будущим докладом Лысенко на Оргбюро ЦК, примечательно. Само решение о том, что Лысенко будет вызван в Оргбюро с отчетом "О положении во Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук" нигде не оглашалось — оно было озвучено лишь двумя с половиной месяцами позже — 16 апреля 1947 года, а из резолюции Кузнецова следовало, что уже в первый день февраля этот секретарь ЦК ВКП(б) точно знал, что Лысенко "на ковер" вызовут, причем вызовут в первой половине июня! Значит, в недрах секретариата ЦК кулуарно шло обсуждение лысенковских "достижений" и уже было согласовано отношение к президенту ВАСХНИЛ.

Без всякой спешки в Отделе науки ЦК ВКП(б) была подготовлена обстоятельная записка по поводу целесообразности учреждения нового института. Подписавшие её 5 мая 1947 года Александров и Суворов дали положительное заключение:

Важнейшей новой деталью, содержащейся в записке, было сообщение о выделении здания, в котором должен был разместиться новый институт. За несколько лет до этого у Академии Наук СССР было отобрано одно из зданий на нынешнем Ленинском проспекте и передано Министерству химической промышленности СССР для Института удобрений и инсектофунгицидов. Теперь по запросу Президиума АН СССР это здание было решено возвратить Академии, в связи с чем острый для Москвы вопрос с рабочими площадями для нового института был предрешен. Александров и Суворов завизировали и приложили к своей записке проект Постановления Секретариата ЦК ВКП(б), на бланке в верхнем правом углу стояла надпись "Совершенно секретно" (29). Оставался последний шаг — Секретариат и Политбюро должны были принять окончательное решение. Повторялась ситуация, складывавшаяся в 1937 году, когда заведующий отделом науки ЦК К. Я. Бауман, понимавший обстановку и реальные нужды науки СССР, пытался поддержать генетиков в вопросе о созыве генетического конгресса. Суворов с Александровым десятью годами позже также выступили принципиально мыслящими политиками. Решение должен был утвердить кто-то на высшем уровне партийной власти, скорее всего Сталин.