Когда сторонники Альмагро убили Франсиско Писарро, четверо его малолетних сирот оказались в не меньшей опасности. Их энергичная тетка Инес Муньос, вдова единокровного брата Писарро Франсиско Мартина де Алькантара, вышла на корабле в море вместе с малолетними Франсиской и Гонсало, которые, по просьбе их отца, были признаны законнорожденными специальным королевским указом. Сторонники Альмагро втайне договорились с лоцманом корабля, чтобы он оставил их на пустынном острове, но вместо этого он высадил их на севере Перу. Инес Муньос встретила Баку де Кастро, когда он направлялся на юг, и на время войны в Чупасе он разместил ее и детей в Трухильо. После победы Ваки де Кастро они вернулись в Лиму. Инес Муньос назначила Антонио де Риберу опекуном детей и сама вышла за него замуж. Хуан умер в младенчестве в 1543 году, но его братьев, Гонсало и Франсиско, поместили под надзор старого гувернера по имени Кано. Их дядя Эрнандо писал их дяде Гонсало: «Моя жалость к этим детям покойного маркиза так велика, что я едва могу об этом говорить: тому ребенку, который умер, сейчас лучше всех».

Когда Гонсало Писарро наступал на Лиму, вице-король хотел отослать сирот в Испанию. Но лицензиат Агустин де Сарате вмешался, чтобы предотвратить это, потому что девятилетняя Франсиска «была взрослой девушкой, богатой и красивой, и ей было бы неприлично находиться среди моряков и солдат». В разгар мятежа Гонсало Писарро его лейтенант Франсиско де Карбахал написал ему, что его племянница стала взрослой красивой девушкой и пора выдать ее замуж. Это показалось интересным экстравагантному Гонсало, который в свои тридцать с небольшим лет оставался холостяком, и ему пришло в голову самому жениться на своей одиннадцатилетней племяннице. Такой брак связал бы его с потомком великого маркиза и королевским домом инков. Это была бы выгодная партия, если бы он когда-нибудь решил возложить на себя корону независимого Перу.

Второй из детей маркиза, девятилетний метис Гонсало, умер в 1546 году. Но сын маркиза Франсиско счастливо рос в Куско. Он ходил в школу вместе с другим полукровкой, будущим историком Гарсиласо де ла Вега, который вспоминал: Франсиско «был моим большим другом и соперником, так как, когда нам было по восемь или девять лет, его дядя Гонсало Писарро обычно заставлял нас бегать и прыгать вместе».

У нового правителя Перу Гонсало Писарро также были малолетние дети: сын и очевидный потенциальный наследник, известный как Франсискито, и дочь по имени Инес. В начале 1547 года эта Инес и ее двоюродная сестра Франсиска отправились в Куско, где и прошли конфирмацию. Томас Васкес описывал их как «очаровательных юных леди», а Хуан де Фриас писал, что его жена «так любит их, что хотела бы быть с ними и воспитывать их. Здесь есть кому научить их читать и играть на спинете». Юный Франсискито, сын Гонсало Писарро, и «крещеная индианка» получили свои законные права благодаря королевскому указу в августе 1544 года. Франсискито попал в руки вице-короля, но был вновь обретен своим отцом в сражении у Аньякито и остался с ним. Хуан Писарро также оставил дочь, Исабель, от которой он отрекся в своем завещании в 1536 году, но которую воспитывали с надлежащим уважением как к потомку Писарро.

Оппозиция восстанию Гонсало Писарро возникла при обстоятельствах, очень схожих с теми, которые сокрушили Диего де Альмагро-младшего. И снова скромный королевский эмиссар, лицензиат Педро де ла Гаска, появился в Новом Свете и постепенно собрал вокруг себя армию роялистов в качестве оппозиции мятежникам. Гаска начал с того, что склонил на свою сторону командующего флотом восставших, который патрулировал Тихий океан вдали от Панамы. Гаска прибыл с очень широкими полномочиями от короля. Но его самым действенным оружием были королевские указы, которые полностью отменяли самые либеральные положения «Новых законов». В июне 1545 года герцог Альба посоветовал королю Карлу временно прекратить действие «Новых законов» ввиду гражданских войн и удовлетворить испанцев «целиком, пообещав отдать им их поместья в вечное владение» — все, что угодно, лишь бы не рисковать прекращением поступления потока сокровищ из Вест-Индии. Перед лицом такой опасности король Карл забыл о своих добрых намерениях. В октябре 1545 года он формально объявил недействительным положение, запрещающее в дальнейшем дарить земельные владения вместе с проживающими на них индейцами, а в феврале 1546 года он отменил закон, согласно которому индейцы отбирались у тех, кто плохо с ними обращался или участвовал в гражданской войне. Педро де Гаска написал письмо каждому потенциальному верноподданному короля в Перу с напоминанием о его долге по отношению к королю и с объяснением отмены некоторых законов. В середине 1547 года он высадился на Тихоокеанском побережье с отрядом верных ему испанцев из Истмуса и Мехико.

А в это время Гонсало Писарро наслаждался вкусом власти. Он писал своим помощникам: «Желания Испании вполне понятны, несмотря на ее лицемерие. Она хочет пользоваться тем, за что мы проливали свой пот, и с чистыми руками извлекать выгоду из того, за что мы заплатили своей кровью.

Теперь, когда они раскрыли свои намерения, я обещаю показать им, что мы мужчины, которые умеют защищать то, что им принадлежит». Но королю он писал с чувством оскорбленной невинности: «Никогда я ни словом, ни делом не погрешил против службы вашему королевскому величеству, а также я не пренебрегал своим долгом искреннего и верного вашего вассала». А посланцу Гаски он крикнул: «Послушайте! Губернатором буду я, потому что никому другому не стали бы доверять, даже моему брату Эрнандо Писарро. Мне наплевать и на моего брата Эрнандо, и на моих племянников и племянниц… Я должен умереть губернатором! И нечего тут больше говорить».

Тихий священнослужитель Гаска решительно вступил в Перу. Поселенцы сплотились под королевскими знаменами. Многие из них были возмущены жестокостью режима Гонсало Писарро, который за короткий срок казнил 340 испанцев. В декабре Гаска формально обвинил Гонсало в предательстве. «Вы не только намеревались выступить против законов; вы хотели узурпировать власть… Несмотря на то что вице-король временно отменил исполнение этих законов, вы преследовали его и добились его смерти, проявляя таким образом свое безразличие по отношению к законам и ваше нетерпение избавиться от вице-короля, который мог представлять собой препятствие на вашем пути к власти». Возможно, самостоятельное исполнение власти является такой же мощной силой, побуждающей в наши дни такие колонии, как Алжир или Родезия, к отделению, особенно если оно связано с желанием освободиться от всяких ограничений в отношениях с коренным населением.

В октябре 1547 года армия Гонсало одержала еще одну быструю победу над армией роялистов в Уарине, на юго-восточном берегу озера Титикака. Но Гаска продолжал двигаться в южном направлении по высокогорной дороге инков, ведущей в Куско. В мае 1548 года индейцы-союзники помогли ему переправиться через реку Апуримак в ее верхнем течении и предупредили его людей о засаде, подготовленной сторонниками Писарро. 9 апреля 1548 года две армии встретились на равнине Хакихауана или Саксауана в нескольких милях к западу от Куско. 45 приверженцев Писарро погибли в бою, но огромное большинство его армии перебежало на сторону роялистов, и Гаска потерял в бою только одного человека. Гонсало Писарро был взят в плен и на следующий день казнен. Это произошло на том же самом поле боя, на котором одним веком раньше инки нанесли поражение племени чанка в начале своей экспансии. И это был уже пятый раз за последние шестнадцать лет, когда армии вели бой на окраине Куско: Уаскар против Чалкучимы в 1532 году; Франсиско Писарро против Кискиса в 1533-м; Манко против Эрнандо Писарро в 1536-м; Эрнандо Писарро против Альмагро в 1538-м и теперь, в 1548-м, Гаска против Гонсало Писарро.