Значительно меньше известно о сподвижнике Писарро Вальверде, у которого почти не было возможности проявить себя в качестве духовного пастыря молодой испанской колонии. Легко заклеймить Вальверде как лицемера после его встречи с Атауальпой, когда кавалерия испанцев находилась в состоянии готовности нанести свой смертельный удар, или из-за недостатка в нем сострадания к новообращенному Инке в его последние минуты перед смертью. Он является нам в ином, лучшем, свете в своем длинном и четко изложенном письме, которое он написал императору Карлу в 1539 году: это был первый протест, исполненный человеколюбия, который пришел из Перу. Если бы он остался жить, Вальверде мог бы сделать много добра на своем посту в качестве официального протектора индейцев.

Молодой мятежник Диего де Альмагро и его последователи оккупировали Лиму и продолжали контролировать Перу почти в течение года. В то время, когда происходило убийство Писарро, король Карл уже отправил своего эмиссара по имени Кристобаль Вака де Кастро с полномочиями урегулировать дела в Перу. Вака де Кастро находился на побережье современной Колумбии, когда произошло убийство Писарро. Вскоре он сошел на берег в Северном Перу, где к нему присоединилась армия Алонсо де Альварадо, вице-губернатора Писарро в северо-восточной колонии Чачапояс. Вместе они стали продвигаться вперед, в глубь Перу, и их армия пополнилась за счет сторонников Писарро и тех, которые интуитивно стремились сплотиться под королевским флагом. Сторонники Альмагро во второй раз потерпели уже окончательное поражение в бою у Чупаса, недалеко от недавно возникшего города Уаманги, 16 сентября 1542 года. Группа воинов Манко с окрестных гор наблюдала, как две армии испанцев уничтожали друг друга. Они видели, как противники применяли все оружие для ведения войны, существовавшее в XVI веке: арбалеты, аркебузы, артиллерию, а также классическую средневековую атаку полностью одетых в доспехи кавалеристов, сбивающих друг друга копьями.

После убийства Писарро и крушения народных восстаний конкистадоры получили полный контроль над Перу. Сокровища Инки давно уже были переплавлены и распределены. Поэтому испанские поселенцы вынуждены были полагаться на коренное население, которое должно было обеспечить им богатство, за которым они и приехали в Америку. В отсутствие властей, налагающих ограничения, многие испанцы, которые оказались достаточно удачливыми и получили земельные владения, притесняли местных жителей непомерными требованиями. Луис де Моралес, главный викарий Куско, сообщал, что некоторые испанцы ставили клейма индейцам на лицо и использовали их как рабов, что было вопиющим нарушением королевских указов. Других индейцев испанские хозяева заставляли работать по дому и на полях и ничего им за это не платили. По условиям получения земельных владений вместе с населяющими их индейцами энкомендеро было запрещено жить среди коренного населения своих земель. Индейцы должны были привозить весь оброк в городской дом своего хозяина-испанца, и у энкомендеро не возникало ни понимания, ни сочувствия к своим подопечным. Диего Мальдонадо, владельцу богатого владения в Андауайласе, взбрела в голову идея совершить исследовательскую экспедицию в южную часть Тихого океана. Деньги на осуществление его мечты должны были ему предоставить индейцы из его владений, и он безжалостно взимал с них дань. Он приказал своему мажордому не давать никаких отсрочек, заставил индейцев удвоить количество причитающегося ему оброка и построил на их земле склады, чтобы ускорить сбор продукции. Из-за этого курака одной из земель Мальдонадо, Дон Педро Атауальпа из Урко-Урко и Чукиматеро, обратился с жалобой к губернатору Куско. В сороковые годы XVI века юридические документы касались вопросов передачи по наследству, уступки или откровенной продажи различного количества индейцев, которые были вверены заботам энкомендеро. Один энкомендеро, Мельчор Вердуго, так описывал матери свою полную комфорта жизнь: «Я живу в городе, который называется Трухильо; здесь у меня есть дом и немалое количество подданных, индейцев, которых, вероятно, тысяч восемь или десять. Думаю, не было ни одного года, чтобы они не принесли мне 5 или 6 тысяч кастельяно дохода. Я пишу это тебе, чтобы порадовать тебя».

Вся жизнь в Перу стала вращаться вокруг 480 энкомендеро. Каждый из них завел себе большой дом, предпочтительно каменный, и наполнил его родственниками, гостями и приживалами. Испанцы-энкомендеро держали много лошадей, негров-рабов и индианок в качестве домашней прислуги, и, как правило, в жены они брали испанок, которые воспитывали своих детей в традициях своей родины. От энкомендеро требовалось, чтобы он обеспечил в своих владениях наличие священника, который обращал бы в христианство индейцев. Но усердного священника было трудно найти. Некоторые энкомендеро содержали священника для своей семьи; другие назначали «мирскими миссионерами» своих дворецких или управляющих.

Самыми злостными правонарушителями зачастую были вновь прибывшие из Испании искатели приключений. Необузданные, алчные, заядлые игроки, недовольные тем, что у них нет земельных владений и легкой добычи, эти новички, всякий белый сброд, были самыми высокомерными и злобными по отношению к коренному населению. Вака де Кастро попытался возродить прекрасную систему инков, в которую входили постоялые дворы-тамбо, курьеры-часки и государственные склады. В преамбуле к своим «Предписаниям по организации постоялых дворов» от 1543 года он признавал, что «своими собственными глазами видел, что большая часть городов, постоялых дворов и поселений индейцев покинуты жителями и сожжены и что христиане испанцы чрезмерно обременяют индейцев непосильными грузами во время долгих переходов». Моралес жаловался, что испанцы окружили себя индейскими женщинами «на манер заповедей Магомета», а Сьеса де Леон признавал, что «они отнимали жен и дочерей у индейцев для своих собственных надобностей и совершали другие зверства».

Плохое обращение с индейцами носило, несомненно, очаговый характер, и обширные области Перу еще не знали чрезмерного угнетения. Возможно, многие энкомендеро требовали меньше податей, чем индейцы приносили раньше в казну государства и храмовому сектору. От этого периода сохранился большой объем официальных отчетов и юридических документов, но нет ни дневников, ни заметок беспристрастных путешественников, ни индейских записей и почти нет документов местных властей. По наблюдениям Льюиса Ханке, в таких неблагоприятных условиях историки делали выводы на свой страх и риск. Надо отдать им должное, многие испанцы относились к своим новым завоеваниям с точки зрения высокой морали. Король был чуток к любым донесениям, из какого бы они ни были источника. Не далее как в 1521 году король издал указ о том, чтобы не чинились препятствия никаким полезным сообщениям в его адрес. Результатом был поток корреспонденции, большая часть которой была от страстных защитников индейцев. Сьеса де Леон писал, что «многие люди из разных мест информировали его величество о сильном угнетении, которое терпят индейцы от испанцев».

Письменные отчеты были подкреплены и драматически изложены группой реформаторов во главе с Бартоломе де Лас Касасом, который вернулся в Испанию из Гватемалы в 1539 году. Лас Касас и его последователи осудили сам институт энкомьенды. Мигель де Саламанка глубоко сожалел о системе, при которой «весь доход, полученный от труда индейцев, попадает к тем, кто является владельцем энкомьенды. Это противоречит процветанию индейской республики, здравому смыслу и человеческому благоразумию, это направлено против благосостояния и служения нашему Господу и королю, это несовместимо с церковным и гражданским правом, с законами этики и теологии и, наконец, это противно воле Божьей и Церкви». Вскоре после своего возвращения Лас Касас добавил еще два манифеста ко всему тому, что он уже написал на тему благосостояния индейцев. В одном своем эссе он доказывал, что дар папы облек короля Испании правом завоевать обе Америки с целью улучшения жизни их населения, а не с целью использования рабского труда индейцев в энкомьендах. Другой его труд — «Очень краткий отчет о разрушении Вест-Индии» — подкреплял аргументы в пользу реформы страшными подробностями зверств испанцев и завышенной статистикой случаев грабежей с их стороны. Слухи об этих постыдных фактах распространились по Европе со скоростью первых сообщений о новых завоеванных землях. Другие народы ревниво отнеслись к блистательной испанской империи. Зверства привлекают внимание во все времена, и другие европейцы с готовностью приняли впечатляющую гиперболу Лас Касаса, особенно когда их драматически представил в своих иллюстрациях прекрасный, но склонный к фантазиям Теодор де Брай. В результате появилась «черная легенда», легенда о непомерной жестокости индейцев, которая вызвала и продолжает вызывать страстное осуждение или защиту действий испанцев. У обеих сторон была и имеется возможность подкрепить свои аргументы достаточным количеством материала отчасти потому, что в XVI веке для политиков-теоретиков было обычным делом вступать в жаркую полемику. Ханке цитировал английского историка Пелхэма Бокса для выдвижения более обоснованной точки зрения на вклад Лас Касаса: «Если даже он [Лас Касас] преувеличил в деталях, он был прав в основном, и его правда никак не пострадает от того, как лицемерные иностранцы использовали его работы… Не самая маленькая заслуга Испании состоит в том, что она явила миру Бартоломе де Лас Касаса и теперь выслушала его, хоть и безрезультатно».