Самоанализ, начатый небольшой группой сторонников преобразований, принес плоды поразительно быстро. В 1536 году король Карл, довольный успехами завоевательных походов, издал закон, утверждающий выделение земель вместе с проживающими на них индейцами сроком на два поколения. Поселенцы надеялись, что это может привести к тому, что оно станет навечным. Но затем король совершенно изменил свою точку зрения. Он повелел совету государственных деятелей, юристов и церковников сформулировать законы для благотворного управления новым королевством и в особенности для защиты его коренного населения. Плодом их работы были знаменитые «Новые законы», изданные в Барселоне 20 ноября 1542 года.

«Новые законы» начинались с положений об организации Совета по делам Индий. Далее в них содержались положения относительно индейцев, которые охватывали столько сторон их жизни и были настолько в их пользу, что, вполне возможно, их писал сам Лас Касас. Испанским властям предписывалось постоянно заботиться о благосостоянии и защите индейцев. Порабощение индейцев должно было немедленно прекратиться и не возобновляться ни под каким предлогом, ни даже «под вывеской восстания». Система выделения земельных владений вместе с проживающими на них индейцами осталась, но количество наиболее вопиющих злоупотреблений уменьшилось. Права на такие земельные владения должны были внимательно рассматриваться, и никто не мог иметь в собственности чрезмерно большое количество индейцев, чтобы взимать с них дань. У тех, кто плохо обращался с индейцами, их должны были отбирать, особенно это касалось «тех главных лиц», которые были вовлечены в беспорядки в Перу. Королевские чиновники и церковники, согласно «Новым законам», теряли свои земельные владения вместе с проживающими на них индейцами и в будущем уже не получали таковых в награду. Четыре Аудиенсии, под чьим контролем находилась Вест-Индия, должны были точно определить объем услуг и налогов, взимаемых с индейцев, и это должно было фиксироваться в специальной книге, имеющейся в каждом земельном владении. Сумма налогообложения должна была быть «меньше, чем [индейцы] платили во времена касиков „…“ до того, как они стали нам подвластны». И наконец, в дальнейшем практика дарения земельных владений с проживающими на них индейцами прекращается, а уже существующие владения после смерти их настоящих хозяев будут возвращены королю. Проведение исследовательских экспедиций также было строго регламентировано. Короче, коренное население должно было пользоваться почти такими же правами, как и испанцы.

«Новые законы» урезали существующие владения всех поселенцев в Америке и лишали их перспектив и надежд на будущее. «Здесь люди выслушали все это с большим негодованием… Наконец, по мере того, как распространялись новости, поднялись бурные беспорядки». Поток яростных протестов обрушился на Испанию из Мексики и особенно из Перу, где уже назревала гражданская война. Король Карл послал вице-короля Бласко Нуньеса Велу, чтобы тот сменил Писарро и Ваку де Кастро и стал правителем Перу. Пока этот королевский чиновник приближался с севера, новое созвездие взошло на небосклоне Перу, появившись из своего поместья в Чаркасе. Это был отважный Гонсало Писарро, последний из четырех великолепных братьев, оставшийся в Перу, безрассудный, тщеславный молодой человек и при этом герой бесчисленных войн с индейцами и исследователь Амазонки. В августе 1544 года от имени всех городов и владельцев поместий в Перу он написал подробное послание, в котором выражал несогласие с положениями «Новых законов». Он подчеркнул, в частности, что положение, запрещающее королевским чиновникам владеть поместьями, было неприменимо, так как многие самые первые конкистадоры и энкомендеро к тому же занимали официальные посты. Письмо заканчивалось острыми нападками на вице-короля, который прибыл в Перу несколькими месяцами ранее. Бласко Нуньес Вела вел себя очень бестолково, всячески провоцируя испанцев, живущих в Перу. Он применял «Новые законы» с излишней энергией, заключил под стражу экс-губернатора Ваку де Кастро и убил представителя короля Ильяна Суареса де Карвахала. Король Карл также назначил четырех судей для Аудиенсии в Лиме, которые в сентябре 1544 года были вынуждены сместить вице-короля и отправить его на корабле на родину.

Гонсало Писарро приехал в Лиму в следующем месяце, легендарная и своеобразная личность, богатый, красивый, одетый в шикарный наряд из черного бархата, украшенный золотом, перьями и драгоценными камнями. Поселенцы со всего Перу сплотились, чтобы оказать ему поддержку. Это была ситуация, знакомая в XX веке, но новая в XVI. Местное правительство издавало слишком либеральные законы от имени индейцев колоний. Европейские поселенцы восстали, громко выражая свою верность королевской власти и своей родине, но потребовали свободы действий на территории, которую они завоевали и заселили. Роскошь, обеспечиваемая им трудом коренного населения, была для них главным стимулом остаться в колонии. В то время, когда армия поселенцев сплачивалась вокруг Гонсало Писарро, низложенный вице-король высадился на севере Перу и направился в Кито. В середине 1545 года Гонсало выступил на север против него, и 18 января 1546 года роялисты схватились с поселенцами в бою у Аньякито, на экваторе чуть севернее Кито. Вице-король Бласко Нуньес Вела был убит в бою, и мятежник Гонсало Писарро стал бесспорным хозяином всего Перу.

Подробности этих бурных лет почти не имеют прямого отношения к истории отношений между испанцами и коренным населением. Инка Манко правил в Вилькабамбе и следил за развитием гражданской войны между испанцами. Инка-марионетка Паулью продолжал править в Куско. Теперь он уже был христианином, богатым энкомендеро, снискавшим себе королевские милости и уважение колонистов. Именно на рядовых индейцев ложилась основная тяжесть беспорядков. Их заставляли служить в армии христиан и подчиняться колонистам, поведение которых не находилось ни под правительственным, ни под юридическим контролем.

Когда Гонсало был в зените своей власти, многие поселенцы хотели выступить с односторонней декларацией независимости, в которой Гонсало Писарро провозглашался бы королем Перу. Поступило даже предложение женить его на одной из принцесс Великих Инков, чтобы объединить королевскую ветвь Перу с первой династией конкистадоров. Гонсало Писарро, у которого были любовницы во многих городах Перу и недавно родилась дочь от некой Марии де Ульоа из Кито, писал: «В настоящее время я не могу думать о браке: я женат на моих копьях и лошадях».

Учитывая то, что Гонсало был не женат, большое внимание стало уделяться незаконнорожденным детям от разных братьев Писарро. У маркиза Франсиско Писарро было четверо детей: Франсиска и Гонсало от принцессы Инес Уайльяс и Франсиско и Хуан от принцессы Аньяс, которая при крещении получила имя Анхелина Аньяс Юпанки.

Обе женщины впоследствии вышли замуж за видных испанцев. Писарро выдал Инес замуж за одного из своих слуг, Франсиско де Ампуэро, и выделил им поместье в Лиме. Ампуэро был честолюбивым и умным человеком. Вскоре он стал членом городского совета Лимы, города, где он со своей женой прожил еще много лет. Вака де Кастро назначил Инес пенсию в размере 6 тысяч песо в год, и в 1575 году эта пара «все еще состояла в браке и была всеми уважаема». Анхелина вышла замуж за Хуана де Бетансоса в 1542 году, вскоре после смерти Писарро, и ее муж выучил язык кечуа и стал знатоком индейских обычаев. Он написал хронику, полную материала, почерпнутого со слов своей жены и ее родственников королевской крови. Эта пара жила в Куско в районе Карменка.