Многие индейцы убежали в леса Вилькабамбы, чтобы присоединиться там к Манко. Инка вернулся в Вилькабамбу из своего убежища в лесной чаще и начал создавать мирное государство. Его последователи построили города и террасы на горных склонах, возродили религию инков и сделали попытку воспроизвести в миниатюре упорядоченное государство, которое существовало на всей территории Перу всего лишь десять лет тому назад. Но тот период — до нашествия чужестранцев — казался бесконечно далеким.

Хотя в тот момент и не было надежды поднять третье восстание измученных народов в испанском Перу, люди Манко продолжали причинять испанцам беспокойство когда только возможно. В январе 1540 года экспедиция, возглавляемая Педро де Вальдивия, вышла из Куско, чтобы возобновить завоевание Чили, которое впервые было предпринято Альмагро пять лет тому назад. Вальдивия продвинулся на юг дальше, чем это удалось Альмагро. В 1541 году он узнал, что Инка Манко предупредил чилийцев о приближении испанцев и передал им, что они должны спрятать свое золото, продовольствие и одежду, с тем чтобы испанцы повернули назад. «Они так добросовестно выполнили эти указания, что даже уничтожили свою собственную одежду и страдали от больших лишений». Крупное восстание местного населения последовало вслед за этим в этой южной провинции империи инков. 10 тысяч индейцев напали на испанское поселение Сантьяго и полностью его сожгли, убили нескольких испанцев и их лошадей. Вальдивия построил хорошо укрепленный форт и прожил в нем с немалыми трудностями до 1545 года.

Одним из мучителей Манко в 1535 году был Диего Мальдонадо. Этот человек возглавлял поход жителей Куско против Вильяка Уму в Андауайласе во время второго восстания в 1538-1539 годах. В качестве награды Мальдонадо получил в Андауайласе большие земельные владения, и теперь Манко напал на них с особой жестокостью. Маркиз Писарро написал в начале 1541 года, что «Манко свободно передвигается, причиняя огромный ущерб и убивая христиан и местное население». Он делал дороги непроходимыми для испанцев, не соблюдающих боевой порядок, и совершал серьезное преступление, избавляя индейцев от службы в испанских владениях. Писарро решился предпринять еще одну попытку расправиться с этим оводом. «Инка со своими воинами продвигается к Уаманге и, говорят, собирается напасть на нее. Мне также сообщили, что он пришел в земельные владения жителя Куско Диего Мальдонадо, находящиеся в Андауайласе, и напал на испанцев с ордой своих воинов, воевал с ними и убил некоторых из них… и украл имущество, которое перевозили из Лимы в Куско. Если не будет найдено какое-либо решение, эти грабежи будут продолжаться и учащаться, что будет поощрять Инку и его последователей на их совершение. Поэтому я намерен объявить Инке войну… и полагаю, что ее следует начать этим летом». Для этого похода Писарро собирался сформировать и экипировать отряд из 100 человек, проживающих в главных городах Перу, и совет Уаманги приказал всем жителям приготовиться к обороне города; каждый должен был «иметь наготове арбалет с дюжиной стрел».

Пока Писарро планировал завершающий удар по своему противнику, Манко, очевидно, обдумывал вариант своего повторного ухода из Вилькабамбы, места, в которое так легко проник Гонсало Писарро. Теперь он планировал отправиться в Кито, «так как это был плодородный край, где у испанцев было меньше возможностей причинить им вред и где они могли соорудить себе лучшие укрепления». Инка покинул Вилькабамбу вместе со всей своей армией и всем имуществом и спустился в район восточнее Уаманги. Но он пришел к заключению, что в Перу было слишком много испанцев, и, чтобы не рисковать при перемещении с места на место, он возвратился под сомнительную защиту укреплений Виткоса и Вилькабамбы.

Предложение уничтожить Инку Манко вскоре было забыто. Государство Перу стояло на пороге событий, которые сделали Манко забытым изгнанником в своей тихой заводи в горах. Последователи Диего де Альмагро так и не простили Эрнандо Писарро казнь их любимого командира в июле 1538 года. Спустя девять месяцев Эрнандо уехал в Испанию, захватив с собой сокровища для короля Карла. Но сторонники Альмагро, возглавляемые Диего де Альварадо и Алонсо Энрикесом де Гусманом, были полны решимости наказать его. Их резкие настойчивые обвинения, наконец, привели к тому, что император повелел отправить Эрнандо в заключение на неопределенный срок в замок Ла-Мота в Медине-дель-Кампо.

Последователи Альмагро, которые остались в Перу, все больше разочаровывались. Многим просто не удалось получить долю от выкупа Атауальпы; их последующие приключения в Чили и различные экспедиции в джунгли были печальными неудачами; и они понесли поражение при попытке удержать Куско. У них не было поместий, и к ним с презрением относились Писарро и его заносчивый секретарь Антонио Пикадо. Эта группа обедневших и обиженных людей сплотилась вокруг сына Альмагро, Диего де Альмагро, рожденного от жительницы Панамы, возраст которого в это время уже приближался к зрелому.

Лима была полна слухов о готовящемся покушении на губернатора, но Писарро не принял никаких специальных мер предосторожности. 26 июня 1541 года группа из 20 одетых в доспехи последователей Альмагро, возглавляемая Хуаном де Эррада, ворвалась в его незащищенный дворец. Большая часть соратников Писарро разбежалась, но шестидесятитрехлетний маркиз Писарро надел нагрудник кирасы и убил одного из нападавших, прежде чем сам погиб от многочисленных ранений. Его единокровный брат Франсиско Мартин де Алькантара пал рядом с ним, а вспыльчивый Франсиско де Чавес был убит своими друзьями из числа последователей Альмагро, когда он попытался урезонить их. Искалеченные тела Писарро и его сторонников были тайком захоронены в поспешно вырытых могилах, в то время как молодого Диего де Альмагро торжественно вели по улицам и объявили губернатором и главнокомандующим Перу.

Епископ Висенте де Вальверде прибыл из Куско, когда до него дошла весть об убийстве его друга Писарро. Епископ бежал на корабле в Панаму, но был убит и съеден индейцами-каннибалами на острове Пуна, который был той базой, откуда он и Писарро впервые высадились на земле Перу десять лет назад.

Смерти этих двух лидеров, Писарро и Вальверде, резко положили конец первому этапу завоевательного похода. Франсиско Писарро был бесспорным руководителем всего предприятия с самого начала. Он был одним из тех непостижимых людей, движимых амбициями, у которых нет ясной цели. Он не был религиозным фанатиком, как Кортес, и оставался равнодушным к обращению в христиан местного населения или их благосостоянию. Его амбиции привели его наверх из неясного прошлого, в котором он был незаконнорожденным сыном ничем не примечательного офицера, к тому положению, которого он достиг, сосредоточив в своих руках колоссальное состояние и огромную власть. По словам Лопеса де Гомара, Писарро «нашел и присвоил себе больше золота и серебра, чем любой другой из многочисленных испанцев, побывавших в Вест-Индии, и даже больше любых военачальников, которые существовали в мировой истории». И тем не менее Писарро не умел как следует использовать свое богатство. Он ни одевался излишне роскошно, ни жил расточительно; его успех пришел к нему слишком поздно, чтобы он стал заводить сумасбродные увлечения охотой или лошадьми, строительством домов, женщинами, занятиями искусством или карьерой в обществе. Он так и не женился, хотя он явно испытывал нежные чувства к своим принцессам из рода Инки и к детям, которых они ему родили. Он был простой солдат, неграмотный и бедный, но его глубоко уважали и слушались молодые люди, которых он вел за собой. И это уважение было вполне заслуженно, так как Писарро был великолепным руководителем, бесконечно упорным и решительным в течение всех тяжелых лет исследовательских походов до открытия Перу, а также твердым и хладнокровно храбрым во время завоевания. Он был спокоен и дипломатичен: он добился для своего сомнительного предприятия поддержки от испанской королевской власти, установил разумные отношения с Инками Атауальпой и Манко и зачастую ограничивал произвол и охлаждал горячие головы авантюристов, из которых состояла его армия. Но Писарро мог быть жестоким и бессердечным, а абсолютное отсутствие у него административного опыта сделало его нерешительным губернатором.