8 сентября 1802 г. одновременно с указом о правах и обязанностях Сената Александр I подписал Манифест об учреждении министерств. Его проект разрабатывался в Негласном комитете в обстановке строгой секретности. Поэтому обнародование документа стало неожиданностью для многих и, по словам Чарторыйского, «наделало много шума в петербургских и московских салонах». В соответствии с отраслями государственного управления были учреждены восемь министерств: военно-сухопутных сил, морских сил, внутренних дел, иностранных дел, юстиции, финансов, коммерции и народного просвещения. Во главе министерств были поставлены министры, назначаемые императором. Они имели товарищей (заместителей), которые были не везде, и канцелярии. Новые учреждения состояли из нескольких департаментов под начальством директоров. По сути, министерства заменили собой старые петровские коллегии. Первоначально коллегии сохранялись и подчинялись соответствующим министерствам, но в последующие годы почти все они были упразднены.

Согласно манифесту, министерства находились под контролем Сената, куда должны были поступать ежегодные отчеты об их деятельности. Однако предоставленное министрам право личных докладов императору, а также учреждение для совместного обсуждения дел Комитета министров, в заседаниях которого участвовал государь, на практике ослабляло имевшиеся у Сената прерогативы. Отчеты министров поступали на рассмотрение сенаторов с большим опозданием, а затем вообще прекратились. Постепенно Сенат утратил контроль над центральными органами управления, его полномочия фактически ограничились судебными функциями и надзором за деятельностью местной администрации. Несмотря на объявление Сената «верховным местом в империи», реальное значение высшего государственного учреждения вскоре приобрел Комитет министров, о чем красноречиво свидетельствует решение Александра I при отъезде в армию в 1805 г. доверить управление страной именно ему, а не Сенату, как это делал в подобных случаях Пётр I.

На министерские посты наряду с екатерининскими сановниками были назначены все члены Негласного комитета. Кочубей получил должность министра внутренних дел. Чарторыйский, Новосильцев и Строганов стали соответственно товарищами министров иностранных дел, юстиции и внутренних дел. Это привело к длительным перерывам в заседаниях неофициального совета при императоре, а затем к его ликвидации и окончательному слиянию с государственным аппаратом.

В 1807 г. ближайшим советником Александра I стал М. М. Сперанский, выходец из среды духовенства, обладавший исключительными дарованиями и необычайной работоспособностью. 25 июня 1811 г. государь утвердил подготовленное им «Общее учреждение министерств», фактически завершившее министерскую реформу. Новый закон установил точное разграничение функций министерств, единые принципы их организации, однако не решил до конца проблему контроля за их деятельностью со стороны какого-либо высшего органа. На практике министры по-прежнему были ответственны лишь перед императором, что значительно усиливало предоставленную им власть.

С именем М. М. Сперанского связано создание известного «Введения к Уложению государственных законов», содержавшего план государственного преобразования России. Этот проект разрабатывался в 1808–1809 гг. по поручению и при активном участии Александра I. По словам Сперанского, император «стократно» обсуждал с ним предполагаемые реформы, нередко проводя за этим занятием «целые вечера». Однако плоду их совместных усилий суждено было остаться лишь памятником законодательной и общественно-политической мысли.

Сперанский Михаил Михайлович. Художник А. Г. Варнек.

Осуществление намеченных преобразований заставило бы Россию сделать шаг в сторону конституционной монархии. В основу «Введения» был положен принцип разделения властей при независимости судебной власти и ответственности исполнительной перед законодательной. Высшим законодательным учреждением должна была стать Государственная дума, исполнительным – министерства, судебным – Сенат. Думу предполагалось сделать выборным органом, установив имущественный ценз. Право избирать и быть избранными получали лица, имевшие в своем владении недвижимую собственность (дворяне и люди среднего состояния). Дума участвовала в разработке законов и давала им предварительное одобрение, ограничивая тем самым власть монарха. Минуя Думу, император мог принимать решения только о начале войны или заключении мира. При этом царь обладал исключительными правами законодательной инициативы и утверждения всех законов. Министерства становились ответственными перед Думой. Решения Сената (как высшей судебной инстанции) признавались окончательными. Вершиной новой системы управления должен был стать Государственный совет, которому отводилась роль своеобразного связующего звена между монархом и всеми тремя ветвями власти. Кроме того, в нем предполагалось проводить первоначальное обсуждение наиболее важных государственных дел.

Задуманные реформы планировалось проводить постепенно, в течение 1809–1811 гг. 1 января 1810 г. Александр I подписал Манифест об образовании Государственного совета. Однако вопреки предварительным грандиозным замыслам орган получил в основном законосовещательное значение. По сути, речь вообще шла не о создании нового учреждения, а о реформировании старого Непременного совета с наделением его некоторыми дополнительными полномочиями (в частности, контроля над деятельностью министерств, что на практике вскоре снова сошло на нет). При совете, состоявшем из четырех департаментов, учреждалась Государственная канцелярия во главе с госсекретарем. На эту должность был назначен Сперанский, фактически ставший посредником между Государственным советом и императором и сосредоточивший в своих руках всю документацию учреждения.

Дальнейшая программа вообще не была реализована. Несмотря на то, что Александр признал проект Сперанского «удовлетворительным и полезным», он вновь проявил осторожность и не решился на коренные преобразования. Более того, 17 марта 1812 г. главный разработчик реформ был отставлен от всех дел и сослан в Нижний Новгород. Эта неожиданная отставка, причины которой до сих пор окончательно не выяснены, вызвала громкую огласку в общественных кругах. Деятельный и честолюбивый Сперанский, слишком близко стоявший к особе государя и сумевший провести ряд непопулярных в дворянской среде мер (например, введение экзаменов для производства в определенные чины), нажил много врагов и недоброжелателей. По словам современника Ф. Ф. Вигеля, падение реформатора вызвало «всеобщую радость», ибо на его кабинет «смотрели все, как на Пандорин ящик, наполненный бедствиями, готовыми излететь и покрыть собой все наше отечество». В исторической литературе преобладает мнение, что Александр I пожертвовал Сперанским ради успокоения умов консервативного дворянского большинства, недовольного политикой правительства. Так или иначе, но эта мера действительно свидетельствовала о смене курса: реформы, для проведения которых император не находил необходимой социальной опоры, отходили на второй план в преддверии неизбежно надвигавшейся войны с наполеоновской Францией.