К этому времени Тегетгофф потерял своего покровителя эрцгерцога Фердинанда-Макса, который в апреле 1864 года стал мексиканским императором. За эту ошибку он позднее заплатит жизнью. Тегетгоффу крупно повезло, что его командующим долгое время был этот умный человек. Тегетгофф был не слишком покладистым подчиненным. Он упрямо отстаивал свое мнение и яростно спорил с начальством. Он также никогда не отказывался от своей точки зрения, если был убежден в ее правильности. Признавая его способности, Фердинанд-Макс смотрел сквозь пальцы на выходки, которые довольно часто позволял себе темпераментный Тегетгофф. Эрцгерцог иногда после жарких споров говорил, что любого, кроме Тегетгоффа, он просто выкинул бы вон. К несчастью, преемник Фердинанда-Макса эрцгерцог Леопольд не любил ни Тегетгоффа, ни флот. Он сразу показал себя, произведя в контр-адмиралы своего любимчика капитана 1 ранга Фридриха фон Пока, причем дал ему старшинство над Тегетгоффом.

После недолгой службы в Вене Тегетгофф был назначен командиром Левантийской эскадры, которая состояла из «Шварценберга», «Радецкого» и 5 канонерок. 28 августа 1865 года на Корфу он встретился со своим противником по бою у Гельголанда коммодором Свенсоном. Затем эскадра посетила Грецию, Бейрут и Александрию. Тегетгофф снова посетил строящийся Суэцкий канал и отправил в Вену подробный рапорт. После этого эскадра вернулась в Полу.

Чем выше продвигался Тегетгофф по служебной лестнице, тем более одиноким он становился. Чувство долга вынуждало его активно критиковать недостатки флота. А начальство не любило столь беспокойного подчиненного, хотя всегда поручало ему самые трудные и ответственные задания. Большая часть ровесников завидовала его карьере. Тегетгоффа любили лишь младшие офицеры и матросы. Несмотря на строгость и часто несдержанное поведение, он всегда был справедлив и защищал своих подчиненных, вникая во всех их проблемы, что в те времена было большой редкостью.

В качестве примера приведем выдержки из воспоминаний кадета Роттаушера, описывающего посещение Тегетгоффом «Сайды» в 1863 году. Он пишет, что

Однажды кадет, которого Тегетгофф отругал слишком грубо, подал на него жалобу. Тогда Тегетгофф был командиром эскадры и капитаном флагманского корабля. Жалобу на себя как командира корабля он должен был рассмотреть сам в качестве командира эскадры. Выслушав кадета, Тегетгофф сказал: «Я поговорил с командиром «Шварценберга», и он приносит извинения за свои слишком резкие выражения. Однако я не советую вам злить его дальше, так как он может стать по-настоящему грубым». Этот эпизод показывает, что Тегетгофф не только обладал чувством юмора, но не был лишен самокритичности и чувства справедливости.

Тегетгофф также был исключительно смелым человеком. Во время блокады Венеции в 1849 году он побывал под вражеским огнем. После того как пушечное ядро буквально разорвало на куски стоящего рядом с ним матроса, он написал, что этот эпизод лишь возбудил в нем интерес, так как его впервые обдало кровью. Однако он не поспешил в укрытие. Позднее, во время путешествия в Бразилию с эрцгерцогом Фердинандом-Максом, он увидел в реке змею и решил поймать ее для венценосного коллекционера. Когда Тегетгофф веслом вытащил змею в лодку, ядовитая гадина бросилась на него. Однако Тегетгофф не растерялся и тем же веслом убил ее.

В начале 1866 года подготовку к кругосветному плаванию эскадры в составе «Шварценберга» и «Эрцгерцога Фридриха» под командованием Тегетгоффа пришлось приостановить, так как возникла угроза войны с Пруссией и Италией. Первая желала устранить австрийское влияние среди государств северной Германии, а вторая хотела вытеснить Австрию из провинции Венеция. Их союз поставил империю в крайне невыгодное положение, так как Австрии пришлось сражаться на два фронта.

В Вене Тегетгофф предпринимал отчаянные усилия, чтобы подготовить флот к войне. Однако они не принесли успеха, в основном из-за полнейшей безответственности правительства. И все-таки в конце апреля был отдан приказ мобилизовать все имеющиеся военные корабли. Эрцгерцог Леопольд, который был инспектором корпуса армейских инженеров, отправился на Северный фронт. Контр-адмирал фон Пок стал морским советником при штабе главнокомандующего на Южном фронте, хотя по своему званию мог командовать флотом. Однако в Вене все были убеждены, что этот пост не принесет лавров, так как итальянский флот был гораздо сильнее, и командовать австрийским флотом поручили Тегетгоффу.

Тегетгофф всю свою энергию отдавал приведению в порядок имеющихся кораблей. Незаконченные броненосцы «Эрцгерцог Фердинанд-Макс» и «Габсбург» были спешно достроены. Тегетгофф желал дать противнику бой как можно раньше. В его распоряжении были не самые лучшие и не самые современные корабли, однако он позаботился, чтобы привести их в отличное состояние. В результате интенсивных учений экипажи полностью освоили корабли. Так как на получение современных орудий для двух новых броненосцев, заказанных фирме Круппа в Германии, рассчитывать не приходилось, Тегетгофф вооружил их старыми дульнозарядными орудиями. Деревянные корабли получили импровизированную защиту из якорных цепей и железнодорожных рельсов. В отличие от Тегетгоффа, итальянский командующий адмирал граф Карло ди Персано имел на некоторых кораблях самые современные нарезные орудия Армстронга. Однако он не получил реального преимущества, так как у него не было достаточно времени, чтобы обучить артиллеристов работе с этими орудиями.

Благодаря самоотверженности своих офицеров и матросов, Тегетгофф достиг неожиданно больших результатов, и австрийский флот был готов к войне раньше итальянского. Когда 20 июня пришла итальянская нота с объявлением войны, Тегетгофф уже был готов к бою. Значительно более сильный флот Персано перешел из порта Таранто, расположенного на подошве итальянского «сапога», в Анкону в северной Адриатике. 24 июня австрийская Южная армия разбила итальянцев при Кустоцце, но затем угроза прусского наступления вынудила австрийское командование перебросить часть сил на Северный фронт.

Еще до начала войны Тегетгофф получил приказ морского командования защищать побережье и прикрыть приморский фланг Южной армии, касающийся Адриатики. Наступательные операции предписывалось вести осторожно, не рискуя при этом кораблями! Это был типичный приказ, связывающий командующего флотом по рукам и ногам, так как добиться победы, не понеся при этом никаких потерь, практически невозможно. Тем не менее, после начала войны Тегетгофф запросил у главнокомандующего Южной армией эрцгерцога Альбрехта, которому он формально подчинялся, большую свободу действий. Адмирал получил разрешение вести активные действия севернее параллели принадлежащего австрийцам острова Лисса (ныне Вис), но под свою личную ответственность! При этом Тегетгофф все равно был обязан прикрыть приморский фланг армии.