Спасением для Франции стали разногласия среди союзников. Австрию не радовали успехи русских войск, Россия же подозревала, что император стремится в одиночку воспользоваться победами Суворова в северной Италии. Приказав эрцгерцогу Карлу двинуться на Нижний Рейн, австрийцы планировали, что Швейцарией займутся размещенные там русские войска, с которыми соединится Суворов. Однако активность французов на Рейне заставила Карла выступить, не дожидаясь полного развертывания русской армии. 25–26 сентября 1799 года русско-австрийские войска под командованием генерала Римского-Корсакова были разбиты в битве при Цюрихе французской армией Массена. Суворов же после знаменитого перехода через Альпы остался с Массена один на один и принял решение с боями отходить на восток. Русско-английский десант в Голландии также потерпел неудачу, и в октябре Россия вышла из состава коалиции.

«Чистка» Законодательного корпуса, произведенная годом ранее, избавила режим от реальных или мнимых угроз, но не предотвратила возникновения в Советах оппозиции из числа неоякобинцев и тех консервативных республиканцев, кто был недоволен вмешательством Директории в выборы. На протяжении второй половины 1798 – начала 1799 годов они критиковали власти за коррупцию и неспособность защитить страну от внешнего и внутреннего врага. Совет пятисот был более «левым», и временами Совету старейшин приходилось блокировать его наиболее радикальные решения. Таким образом, правительство сохраняло устойчивость, но очень многое зависело от новых выборов. Тем более что с учетом частичной отмены результатов выборов VI года предстояло избрать 315 депутатов, то есть около 40 % Законодательного корпуса.

Директория делала все, чтобы предотвратить новый успех «левых». Как считалось, у четырех Директоров из пяти неоякобинцы вызывали немалое раздражение, и лишь Баррас готов был с ними сотрудничать. В выпущенном 23 плювиоза (11 февраля) обращении Директории к французам народ пугали возвращением во времена диктатуры монтаньяров:

Организуя новые выборы, власти использовали те же инструменты, что и годом ранее: пропаганду, отправку комиссаров в департаменты, подготовку расколов первичных собраний и собраний выборщиков.

Сами выборы, состоявшиеся в апреле 1799 года, проходили в неблагоприятной для властей обстановке. Страх перед иностранным нашествием и опасения реставрации монархии привели к тому, что среди избранных депутатов правительственные кандидаты составили лишь около трети. Многие выборщики вновь отдали голоса «левым». К примерно 80 неоякобинцам, уже заседавшим в Советах, добавились 55–70 вновь избранных. Это не обеспечивало им большинства, но позволяло еще более ощутимо влиять на политику Законодательного корпуса. Неоякобинцы поддерживали сохранение Конституции III года, однако стремились к демократизации режима. Они выступали за свободу печати, свободу собраний (под ней понималось право на создание народных обществ для обсуждения политических вопросов) и суверенитет народа (невмешательство правительства в выборы).

27 флореаля (17 мая) место Ребеля в Директории занял Эмманюэль-Жозеф Сийес. Участник Революции с первых ее дней, он на протяжении всего десятилетия делил свое время между разработкой политических теорий (которые современники зачастую плохо понимали) и практической деятельностью: он неоднократно избирался депутатом, не без успеха пробовал себя на дипломатическом поприще. Сийес имел репутацию оригинального, хотя и несколько заумного философа и либерала, участвовал в обсуждении всех революционных конституций (кроме Конституции 1793 года). Он считал себя авторитетным мыслителем и искуснейшим политиком, однако после 1789 года современники редко воздавали ему должное в той мере, в какой он об этом мечтал. Впрочем, это не мешало Сийесу пользоваться немалым влиянием, несмотря на то что многие подозревали его в тайных симпатиях к роялистам.

Как показали дальнейшие события, избрание Сийеса оказалось поворотным моментом в истории Директории. Было известно, что Сийес презирает Конституцию III года – не в последнюю очередь из-за того, что при ее обсуждении к его идеям не прислушались. Таким образом, у власти оказывался не просто влиятельный политик, не скрывающий, что мечтает покончить с существующим режимом, – поданные за него голоса означали, что занятая им позиция имеет немалую поддержку в Законодательном корпусе, особенно в Совете старейшин. Неудивительно, что в Париже сразу же пошли слухи о близящемся государственном перевороте. Из всей Директории сотрудничать с Сийесом был готов лишь Баррас, который и сам подумывал о переменах.

Собравшийся 20 мая новый состав депутатов потребовал у Директории отчета за многочисленные военные поражения и унижение Законодательного корпуса. Историки до сих пор спорят, кто за этим стоял: неоякобинцы, Сийес, Баррас или генералы, которые стремились к большей самостоятельности и чьим рупором в Советах были Люсьен и Жозеф Бонапарты. Дальнейшие события заставляют предположить, что в то время в Законодательном корпусе сложился кратковременный тактический союз консервативных республиканцев, неоякобинцев и тех сторонников Республики, которые стремились к переменам. Все они сходились в том, что для начала необходимо восстановить баланс властей, заложенный в Конституции, и обеспечить доминирование законодательной власти над исполнительной.

17 прериаля (5 июня) Законодательный корпус принял обращение к французам, ставшее своеобразной программой нового блока. В нем депутаты призывали к единству перед лицом внешней агрессии и указывали на неуместность политических распрей в столь опасный момент. Речь, естественно, шла не об объединении с монархистами, а о прекращении преследований неоякобинцев. То, что выборы VII года не были кассированы, преподносилось в обращении как свидетельство уважения воли народа. Упомянув о коррупции и казнокрадстве чиновников, законодатели выражали уверенность, что правительство с ними разберется, и призывали сохранять четкое разделение властей. Это выглядело как недвусмысленная угроза в адрес Директории: фактически ее призывали впредь воздерживаться от одобрения или оспаривания результатов выборов. В тот же день Директории напомнили, что Законодательный корпус уже запрашивал у нее отчет о состоянии дел во внутренней и внешней политике.

На новое противостояние с Советами Директория не решилась, и депутаты этим воспользовались. Поскольку отчета Директории Советы так и не получили, 28 прериаля (16 июня) они объявили, что будут заседать непрерывно, пока не добьются своего. Однако, как только Директория ответила, что и она, в свою очередь, будет заседать, пока не подготовит отчет, в Совете пятисот заговорили о новом 18 фрюктидора и о необходимости провозгласить «Отечество в опасности».