В ночь на 17 июня Совет старейшин неожиданно объявил недействительными состоявшиеся год назад выборы Трейяра, поскольку, согласно статье 136 Конституции, начиная с V года члены Законодательного корпуса не могли быть избраны членами Директории в течение года после того, как перестали быть депутатами. Трейяру, чтобы соответствовать этой норме, не хватало четырех дней. Тогда на это не обратили внимания, поскольку еще в феврале 1798 года законодатели договорились, что важен не день, когда происходят выборы, а день, когда человек приступает к своим обязанностям. Теперь же депутаты, которые уже не раз закрывали глаза на эту норму Конституции, сделали вид, будто это непозволительное нарушение. Директория могла бы оказать сопротивление, но Баррас и Сийес выразили готовность подчиниться. Таким образом, Советы застраховали себя от возможного государственного переворота, поскольку среди Директоров остались лишь двое недовольных их политикой Законодательного корпуса.

29 прериаля Советы получили отчет Директории (впрочем, не слишком конкретный) и избрали на место Трейяра Луи-Жерома Гойе – бывшего якобинца, депутата Законодательного собрания и министра юстиции времен Конвента. Любопытно, что из десяти кандидатов, названных Советом пятисот, пятеро были генералами, включая Массена, а также Жана-Франсуа Мулена. Выходец из простонародья, Мулен служил с 16 лет, хотя в основном в инженерных войсках, выполняя, в частности, обязанности картографа. С началом Революции он записался в Национальную гвардию, сражался в Вандее, дослужился до дивизионного генерала. При диктатуре монтаньяров Мулен по инициативе Каррье был арестован и провел несколько месяцев в тюрьме.

30 прериаля вместо обсуждения отчета Директории, депутаты принялись обвинять Трейяра, Мерлена (из Дуэ) и Ларевельера-Лепо в поражениях на фронтах, «порабощении Советов» после 18 фрюктидора и подготовке нового государственного переворота. Баррас и Сийес дали понять Мерлену и Ларевельеру, что им было бы неплохо самим подать в отставку. К уговорам присоединились и представители Советов, убеждая, что это наилучший способ избежать кровопролития, поскольку и генерал Жубер, командующий войсками в Париже, настроен против Директоров. Первым сдался Мерлен, за ним последовал Ларевельер-Лепо. Оба заявили, что уходят не из страха, а ради блага Республики. Совет пятисот составил списки кандидатов, в которых доминировали именитые генералы (включая Массена), однако Совет старейшин предпочел им не имевших политических амбиций генерала Мулена и Пьера-Роже Дюко. Адвокат, член Конвента, Дюко сидел на скамьях Равнины, но голосовал за казнь Людовика XVI. При Директории он трижды избирался депутатом, однако ему не везло: по различным причинам два раза выборы были кассированы. Газеты сравнивали его с Цинциннатом, всегда готовым удалиться из политики. Баррас предложил его кандидатуру, полагая, что Дюко будет покорно следовать за ним, однако тот предпочел объединиться с Сийесом.

События 30 прериаля VII года Республики историки также нередко называют государственным переворотом, однако для этого нет оснований. Формально ни одна из противостоящих сторон не применяла силу, к тому же смещение и назначение Директоров по Конституции было прерогативой Законодательного корпуса. Однако парадоксальным образом больше всех от смены власти приобрел Сийес, избранный председателем Директории.

Были заменены и многие министры. Часть новых членов правительства составили креатуры Сийеса, но и неоякобинцы не чувствовали себя обделенными. Их явным успехом стало, в частности, назначение военным министром дивизионного генерала Жан-Батиста Бернадота, приступившего к исполнению обязанностей 14 мессидора (2 июля). Уроженец Беарна, отправившийся в армию простым солдатом, храбрец, отличившийся в битве при Флерюсе, талантливый военачальник, дерзкий, независимый и не лезущий за словом в карман, Бернадот в Итальянской армии сумел найти общий язык с Наполеоном, однако соперничество между двумя генералами ни для кого не было секретом. Ряд историков полагает, что летом 1799 года популярность Бернадота была выше популярности других генералов, включая Бонапарта. Для неоякобинцев Бернадот стал символом обновления правительства Директории, которое проходило под лозунгом: «Нужно, чтобы республикой управляли республиканцы».

Успехи настолько воодушевили неоякобинцев, что они рискнули даже открыть в Париже 18 мессидора VII года (6 июля) новый Якобинский клуб. Официально он назывался «Объединение друзей свободы и равенства», а поскольку располагался в Манеже, то его неофициальным названием стало Клуб Манежа. Место было выбрано знаковое и с немалой претензией: именно там с октября 1789 и до января 1798 года заседали все революционные ассамблеи. Клуб быстро стал очень популярным, в него записались около 3000 человек, среди которых было около 250 депутатов Законодательного корпуса, в провинции стали открываться ассоциированные с ним общества. Среди его председателей были замешанный в заговоре Бабёфа Друэ и генералы Ожеро и Журдан. В выступлениях с трибуны клуба звучали слова о необходимости «очищения» чиновничества, налога на богатых, вооружения народа.

Однако, после того как Директория была существенно ослаблена, неоякобинцы перестали быть нужны тем силам, которые планировали смену государственного строя. Газеты оказались полны нападок на «террористов» и «кровопийц». 26 мессидора (14 июля) Люсьен Бонапарт в своем выступлении в Совете пятисот отдал должное той победе над «врагами свободы», которая была одержана 30 прериаля, но предупредил, что конституционный баланс сил не должен смещаться и в другую сторону. Депутаты положили конец вмешательству Директории в их дела и теперь сами не должны вмешиваться в работу правительства. В его речи содержалась и критика неоякобинцев: «Мы не хотим потрясений, не хотим смены строя, не хотим эшафотов, наконец, мы не хотим ‹…›, чтобы отвратительный режим 93 года пришел на смену конституционному». Иными словами, тот блок, который сложился в Законодательном корпусе после выборов, начал распадаться.

Со своей стороны, и сами неоякобинцы настолько уверовали в собственные силы, что порвали с Баррасом и попытались провести через Советы законы, которые, по их мнению, обеспечили бы демократизацию и «обновление» системы. Одновременно ими планировался ряд чрезвычайных мер для спасения Республики. Однако в полном объеме ни то ни другое не удалось.

10 мессидора (28 июня) Совет старейшин одобрил закон о призыве на военную службу всех возрастов, предусмотренных в законе Журдана – Дельбреля, и о займе в сто миллионов у зажиточных граждан. Закон от 13 мессидора отменял возможность уклониться от призыва, выставив вместо себя заместителя, а закон от 14 мессидора объявлял амнистию дезертирам при условии, что они вернутся под знамена Республики. Все это очень напоминало современникам атмосферу 1793–1794 годов. Были также приняты меры, сокращающие жалование ряда чиновников и траты министров. 24 мессидора (12 июля) депутаты одобрили так называемый «Закон о заложниках», разрешавший властям тех департаментов, где происходили убийства по политическим мотивам или восстания, брать в заложники родственников эмигрантов и других подозреваемых в совершении соответствующих преступлений. На фоне этих преобразований в столицу пошли многочисленные петиции с обвинениями в адрес ряда министров и чиновников, гражданских комиссаров при армиях.