В середине апреля 1610 г. Скопин был приглашен на крестины сына боярина князя И. М. Воротынского Алексея. Он должен был исполнять обязанности крестного отца, крестной матерью была назначена жена Д. И. Шуйского Екатерина. Сначала праздненство протекало как обычно. Младенца крестили в храме, потом все приехали в дом Воротынских на пир. Было весело, гости ели и пили. По обычаю Екатерина поднесла куму Михаилу чашу с вином. Этот обряд назывался переливанием. Однако после того, как Скопин выпил вино, очень скоро почувствовал себя плохо — в животе начались жуткие боли. Ему пришлось срочно отправиться домой. Там ему стало еще хуже. Страдания князя ярко и образно описаны в его житии: «Как входит в свои хоромы княжецкие, и усмотрила его мати и возрила ему в ясные очи, и очи у него возмутилися, а лице у него страшно кровью знаменуется, а волосы у него на главе стоя колеблются, и восплакалася горко мати его родимая и во слезах говорит слово жалостно: чадо мое, сын князь Михайло Васильевич, для чего ты рано и борзо с честнаго пиру отъехал? Либо тебя богоданный крестный сын принял крещение в нерадости, либо тебе в пиру место было не по отечеству, либо тебе куми кума подарки дарила непочестные, а кто тебя на пиру честно упоил честным питием и с того тебе пития на век будет не проспатися, и кому я тебе, чадо, во Александрови слободи приказывала не ездить во град Москву, что лихи в Москве звери лютые, а пышат ядом змеиным. И идее князь Михайло на ложи своем, и начат у него утроба лютее терзатися от того пития смертнаго. Он же на ложе своем в тосках метящесь и биющеся, и стонущу, и кричаше лютее зело, аки зверь подъземля и жедая отца духовнаго. Мати же его да жена его княгиня Александра Васильевна и весь двор его слез и горькаго плача и рыждания исполнись. И дойде в слух сия болезнь его страшная до войска его и подруга, до немецкого воеводы до Якова Пунтусова; и многи доктуры Немецкие многими лечбами пригодными, и не можаше никаго болезни тоя возратити, и из двора дохтуры немецкия от князя идяху и слезы испущаху, аки государе своем. И от того же дни в настатии всенощных, яже в житии великого Василия, солнце к солнцем зайде, и на исходе дневных часов месяца апреля в 23 день… отшед от сего света, преставися князь Михайло Васильевич». (Попов А. Указ. соч. С. 383–384.)

На следующий день вся Москва узнала о безвременной кончине прославленного полководца. С плачем и рыданием горожане стали собираться к его двору. Соратники князя восклицали так: «Ты не только был нам господином, ты был государем возлюбленным. Кто у нас полки урядит? За кем идти в бой? Ныне мы как скоты бессловесные, как овцы без пастыря».

По указанию родственников тело Михаила Васильевича перенесли в близлежащий храм и установили на специальном помосте, чтобы желающие могли с ним проститься. Одним из первых пришел Якоб Делагарди. Его как иноверца сначала не хотели пускать в православную церковь. Но он грубо всех растолкал и воскликнул: «Как вы можете не разрешить мне увидеть господина моего, государя и кормильца? Ведь я увижу его в последний раз!»

Через некоторое время проститься с полководцем пришел царь Василий с братьями и патриарх Гермоген с представителями высшего духовенства. Все со слезами на глазах смотрели на молодого богатыря, который так много сделал для своего Отечества и который еще мог бы совершить новые подвиги, но был убит завистниками. В этом почти никто из москвичей не сомневался, но открыто обвинять княгиню Екатерину Григорьевну никто не осмелился.

После отпевания возникла проблема с гробом. Скопин отличался могучим телосложением и высоким ростом. Даже подходящую колоду не могли для него найти. Пришлось искать старинный каменный гроб в монастырских подвалах. Подходящий был обнаружен в Чудовом монастыре. Там же решили до лета захоронить князя, поскольку пока не было возможности перевезти его в родовую усыпальницу в суздальский Спасо-Евфимиев монастырь. Однако когда москвичи узнали о планах родственников по захоронению Скопина, они стали требовать, чтобы гроб прославленного полководца был установлен в царской усыпальнице — в Архангельском соборе.

Царь Василий возражать не стал. Мертвый Скопин никакой опасности для него не представлял. Поэтому он даже согласился, чтобы на похоронах тому оказали настоящие царские почести. В итоге отпевание Михаила Васильевича состоялось по царскому чину в Архангельском соборе в присутствии патриарха и высшего духовенства, царя, бояр и «великого множества» москвичей. Многие плакали и скорбели не только из-за гибели всенародно любимого полководца-освободителя, но и из-за предчувствия новых бед и страданий. Ведь в Калуге продолжал строить планы по захвату Москвы Лжедмитрий II, под Смоленском стоял польский король, у которого были свои виды на царский престол.

У В. И. Шуйского становилось все меньше и меньше сторонников. Многие его ненавидели и хотели свергнуть.

Царь Василий из-за смерти Скопина не стал отказываться от плана похода под Смоленск. Он решил, что главнокомандующим может стать его брат Дмитрий Иванович, считавшийся наследником престола. Под его началом было собрано большое войско. В него вошли и шведские наемники во главе с Я. Делагарди. Два основных полка возглавили боярин князь A. B. Голицын и окольничий князь Д. И. Мезецкий. Оба были молодыми и талантливыми воеводами. По данным польской стороны, численность русских воинов достигала 16 000 человек, шведов было 7000.