Весть о разгроме царского войска под Клушино быстро достигла Калуги. Лжедмитрий II тут же связался с П. Сапегой и пообещал ему хорошую плату за службу. Гетмана его предложение устроило, поскольку в ставке Сигизмунда у него было неопределенное положение. В итоге объединенное войско самозванца двинулось к Москве. По дороге оно столкнулось с крымскими и ногайскими татарами, которые шли на помощь В. И. Шуйскому. С ними были и московские бояре: князья И. М. Воротынский, Б. М. Лыков и окольничий A. B. Измайлов. На р. Нара разгорелось ожесточенное сражение. Татары бились настолько ожесточенно, что едва не разгромили лагерь, в котором находился Лжедмитрий. Но потом Сапеге все же удалось отбить их атаки. После этого мурзы заявили боярам, что возвращаются в степи, т. к. им нечем кормить лошадей. Отойти к Москве пришлось и Лыкову с Воротынским.

Это позволило самозванцу двинуться к Боровску. Там стоял 10-тысячный полк царя. Вновь разгорелось сражение. На этот раз силы оказались неравными, и город был взят. Следующей целью Лжедмитрия стал Пафнутьев монастырь, который представлял собой мощную крепость.

В Новом летописце содержится описание героической обороны этого монастыря:

«Вор же приде под Похнутьев монастырь. В Похнутьеве в монастыре сидеша во осаде многие люди, а воеводы быша: князь Михайло Волконской, да Яков Змеев, да Офонасей Челищев. Литовские же люди к монастырю приступаху великими приступы и не можаху ничево им зделати. Вложи же враг в воевод мысль злую в Якова Змеева да в Офонасья Челищева, и начаша умышляти, како бы им здати чюдотвоцов дом. Воевода же князь Михайло Волконской в той думе с ними не был и не ведал у них той злой думы. Внезапу же окаянный повелеша отворити острожные ворота. Литовские же люди и русские воры внидоша во врата. Князь же Михайло же Волконской, видя свое неизможение, побежа в церковь. Те же воеводы зваху ево на встречю. Он же им отказа: «Умереть де мне у гроба Пафнутья чюдотворца». Литва же внидоша в монастырь и начаша сещи. Многие же люди побегоша в церковь. Той же князь Михайло въста в дверех церковных и с ними бился много и изнемог от великих ран и паде в церкви у крылоса левого. Литовские же люди внидоша в церковь и начаша сещи игумена и братью и тово воеводу тут убиша и побиша всяких людей в монастыре по числу 12 000… Последние же люди, кои остались в монастыре, выкопаша две ямы и их погребоша… Того же князь Михайлова кровь прыснула на левой крылос на камень. И многижда той кровь скребляху и мыша. Не можаху тое крови ни соскрести, ни смыти». (ПСРЛ. Т. 14. Указ. изд. С. 98–99.)

Далее войско самозванца направилось к Коломне. Оборону города возглавляли бояре и князья М. С. Туренин и Ф. Т. Долгорукий. Они не были склонны к измене царю Василию. Но голова одной из сотни М. Бобынин подговорил горожан сдаться. В итоге жители Коломны поцеловали крест Лжедмитрию и открыли ворота перед его войском. Более того, они отправили своих гонцов в Каширу и Зарайск и посоветовали населению этих городов последовать их примеру. Воевода Каширы боярин князь Г. П. Ромодановский пытался «стоять за правду» и не хотел склонять голову перед явным авантюристом. Но сторонники самозванца пригрозили, что убьют его. В итоге воевода был вынужден смириться.

Но в Зарайске сторонники Лжедмитрия столкнулись с непредвиденным препятствием в лице местного воеводы. Князь Д. М. Пожарский оказался изобретательным, мужественным и стойким в борьбе с ними. В Новом летописце его подвиг описан так:

«В Зараском же городе в та время был воевода князь Дмитрей Михайлович Пожарской. И придоша же на него всем градом, чтоб поцеловать крест Вору. Он же стал в крепости не с великими людьми. Они же приходяху, хотяху его убити. Он же отнюдь ни на что не прельстился. Никольской же протопоп Дмитрей крепляше его и благословляше умерети за истинную православную веру. Он же наипаче укрепляшесь. Видя же он свое неизможение и заперся в каменном городе с теми, которые стояху по правде; в городе же у тех мужиков животы и запасы все, а в остроге у них нету ничево. Те же воры, видя свое неизнеможение, прислаша в город и о том винишаси и целовати бе крест на том: «Хто будет на Московском государстве царь, тому и служить»… И на том укрепися крестным целованием, и начата бытии в Зараском городе без сколебания и утвердишася меж себя и на воровских людей начата ходити и побивати, и град Коломну опять обратиша». (ПСРЛ. Т. 14. С. 99.)

Самозванец же в это время двигался к Москве и вскоре расположился в Николо-Угрешском монастыре. Для царя Василия, уже не имевшего войска, его близкое нахождение представляло большую опасность. Это хорошо понимал не только он сам, его ближайшие родственники, но и горожане. Многие из них понимали, что могут пострадать заодно с непопулярным царем.

Вторую опасность представлял гетман С. Жолкевский, который остановился со своим войском в Можайске. Сражаться с ним тоже было некому. К тому же вскоре выяснилось, что гетман предлагал русским людям целовать крест королевичу Владиславу, и жители Борисова, Погорелова Городища, Ржева, Можайска и даже монахи Иосифова монастыря согласились это сделать.

Вполне вероятно, что в царском дворце знали, что многие русские люди предали государя и дали присягу либо Лжедмитрию, либо Владиславу. Но изменить ситуацию никто не мог. Самого Василия Ивановича многие ненавидели, про его наследника Дмитрия Ивановича говорили так: «Он сердца не храброго, обложен женствующими вещами, любит красоту и пищу, а не луков натягивание».

В Москве и по всей стране известие о Клушинском разгроме стало сигналом для массовых выступлений против царя Василия. Рязанский воевода П. П. Ляпунов даже стал рассылать по городам грамоты с призывом к местным жителям отомстить царю за убийство М. В. Скопина-Шуйского. Прокопий был уверен, что В. И. Шуйский расправился с прославленным полководцем из-за зависти к его победам. В столице Ляпунова поддержал боярин князь В. В. Голицын, который сам метил на царский престол.

В Новом летописце писалось, что «царь Василий бысть в великом страховании и скорби и посла по городом, повеле ратным людем идти к Москве. Они же не поидоша к Москве, а Резанцы отказаша по умышлению Прокофья Ляпунова. Прокофей же нача со князем Васильем Голицыным умышляти, как бы царя Василья ссадити». (ПСРЛ. Т. 14. Указ. изд. С. 98.)

Активную деятельность предприняли и сторонники Лжедмитрия. Они стали засылать гонцов к московским боярам и предлагать им свести с престола царя Василия. При этом обещали, что покинут своего лжецаря, объединяться с москвичами и вместе выберут нового достойного государя.

Об этих переговорах, видимо, стало известно П. П. Ляпунову. Он решил, что нельзя отдавать инициативу бывшим тушинцам. 17 июля 1610 г. он отправил своего гонца А. Пешкова к брату Захарию, который находился в Москве, который передал ему грамоту. В ней писалось о том, что следует как можно скорее скинуть В. И. Шуйского с престола и затем всем вместе избрать нового царя. Захарий с грамотой брата отправился на Лобное место и стал призывать москвичей совершить государственный переворот. Многие горожане его поддержали и направились в Кремль. Там они принудили бояр и патриарха Гермогена отправиться с ними к Серпуховским воротам на совет. Узнав об их намерении, патриарх отказался их поддержать и стал уверять москвичей, что царя Василия нельзя свергать — он законный монарх, защитник православной веры, борец с ворами и интервентами. Но бояре оказались менее стойкими. Никто не выступил в защиту Шуйского, а его свояк (оба женаты на сестрах) боярин князь И. М. Воротынский даже вызвался убедить царя добровольно оставить престол.