В итоге все приняли решение свести Василия Ивановича с престола и отправить жить на старый боярский двор. Воодушевленный 3. Ляпунов с Ф. Хомутовым бросились в царские покои. В них они нашли испуганного В. И. Шуйского и заявили ему следующее: «Долго ли за тебя будет литься христианская кровь? Земля опустела, ничего доброго не делается в твое правление. Сжалься над гибелью нашей, положи посох царский, а мы уже о себе сами как-нибудь промыслим».

Дерзкие слова рязанского дворянина не понравились Шуйскому, который всегда отличался смелостью. Он выхватил нож и грозно крикнул: «Как ты посмел мне такое говорить? Даже старшие бояре мне такое не говорят!» Но и Захарий был не робкого десятка. Он крикнул царю: «Только тронь меня, схвачу и раздавлю голыми руками».

Эта угроза не была пустым бахвальством. Рязанский воевода отличался могучим телосложением, а царь Василий был низеньким старичком. Сложную ситуацию разрядил И. М. Воротынский, который стал убеждать Шуйского добровольно покинуть дворец и получить в качестве компенсации значительные земельные владения в бывшем Суздальско-Нижегородском княжестве. В противном случае ему с женой и братьями грозила тюрьма.

После некоторого размышления В. И. Шуйский решил сам снять с себя «шапку Мономаха» и переехать с супругой в свой старый боярский двор в Белом городе.

Когда бояре узнали, что царя в Кремле больше нет, то связались с бывшими тушинцами и спросили их: «Когда вы арестуете своего царика?» В ответ те лишь рассмеялись и заявили следующее: «Вы свели своего царя с престола, поскольку забыли крестное ему целование. Мы же своему слову верны и готовы умереть за Дмитрия».

Патриарх Гермоген узнав об обмане сторонников самозванца, стал требовать, чтобы москвичи вновь посадили на престол царя Василия. Однако заговорщики, испугавшись, что за свои действия будут казнены, решили окончательно лишить В. И. Шуйского возможности вернуться на трон. Для этого 19 июля князья Тюфякин, Волконский и Засекин забрали из Чудова монастыря священников и дьяконов и поехали на старый двор Шуйских. Там они насильно заставили бывшего царя принять постриг. При этом Василий упорно твердил: «Несть моего желания и обещания к постриганию». Но за него обетные слова произнес Василий Тюфякин. Узнав об этом, патриарх Гермоген отказался признавать совершенный обряд пострижения законным. Он продолжал называть Шуйского царем Василием Ивановичем, а иноком стал считать князя Тюфякина.

Царицу Марию Буйносову тоже насильно заставили принять иноческий чин. После этого ее отвезли в Вознесенский монастырь в Кремле. Бывшего царя поместили в Чудов монастырь, а его братьев взяли под стражу. Но на этом их злоключения не закончились.

Поскольку вскоре временное боярское правительство заключило договор с гетманом Жолкевским об избрании на московский престол королевича Владислава, то Шуйские были отданы полякам. Те отвезли их в ставку короля Сигизмунда под Смоленск. Здесь бывший московский государь испытал невероятные унижения. Во время приема у короля ему следовало низко поклониться польскому монарху. Это считалось умалением чести и достоинства не только самого Шуйского, но и всего Русского государства. Поэтому Василий Иванович ответил так: «Не подобает московскому царю кланяться королю. Так уж судьба сложилась, и Бог повелел, что оказался я в плену. Не вашими руками взят, а московскими изменниками, рабами отдан».

Однако Сигизмунд уверял всех европейских правителей в том, что смог силой оружия не только вернуть родовые владения (под ними он подразумевал Смоленск с окрестностями), но и разбить войско царя, свести его с престола и взять в плен.

Через некоторое время Шуйских отвезли на территорию Польши и поселили в Гостынском замке недалеко от Варшавы. Иногда бывшего царя заставляли присутствовать на официальных приемах в королевском дворце. Для всех он представлял жалкое зрелище: «На Василии была белая парчовая ферязь и меховая шапка (так одевались царские рынды. — Л. М.). Сам он выглядел как старик, был сед, невысок, круглолиц, с длинным немного горбатым носом, большим ртом, длинной белой бородой. Смотрел исподлобья и сурово. Перед ним в открытой карете сидели два брата. Когда Шуйских поставили перед королем, то все трое низко поклонились, держа в руках шапки… После этого всех троих допустили к королевской руке».

В. И. Шуйский умер 12 сентября 1612 г. Опись его имущества показывает, что он вел аскетический образ жизни. Самому ему принадлежал только образ Богоматери. Все остальное являлось подарками короля. Через два месяца в один и тот же день умерли Д. И. Шуйский и его жена Екатерина. Вероятно, они были отравлены. Так отравительница Скопина и ее вдохновитель получили по заслугам. Младший И. И. Шуйский вошел в качестве боярина во двор царевича Владислава, который считал себя московским государем.