Король Филипп пришел в ярость, узнав о побеге Переса и о роли в этом его жены, и приказал немедленно арестовать Хуану и ее детей. Они пробыли в заключении до конца жизни самого Филиппа. Было также приказано вернуть Переса в Кастилию. Последний укрылся в монастыре Св. Петра. В изгнании Переса сопровождал его преданный друг Гиль де Меса, один из участников убийства Эскобедо. Понимая, что монастырь — ненадежное укрытие от гнева короля, де Меса поспешил в Сарагосу, чтобы призвать знать защитить своего друга. Так как в тот период в Арагоне были сильны сепаратистские настроения, эти призывы не остались без ответа. Многие знатные люди собрались на съезд арагонского дворянства и решили перевести Переса в сарагосскую тюрьму под защиту арагонской юрисдикции, ради его же безопасности. Заключенные там люди подлежали не прямой судебной власти короля, а власти высшего суда Арагона, согласно одной из традиционных арагонских привилегий.

Филипп II, осторожный, как обычно, понимал, что, находясь в Арагоне, Перес, знающий много королевских секретов, может ускользнуть от него. Очевидно, поэтому он решился прибегнуть к помощи инквизиции. Филипп не привык использовать это учреждение в чисто политических целях, иначе сделал бы это много раньше. Король послал в Арагон графа Альменару, которому было поручено урегулировать разногласия между государем и собранием местной знати, а также найти на Переса компрометирующий материал, который мог бы заинтересовать инквизицию. Альменара подкупил одного старого слугу Переса, и тот показал, что хозяин говорил, что если Бог не совершит чуда, чтобы спасти его, Переса, то он перестанет верить в Бога. Антонио также якобы утверждал, что если Бог Отец станет ему препятствовать, то он, Антонио, отрежет ему нос. Инквизиторы признали Переса виновным в кощунстве и богохульстве и послали в тюрьму альгвасилов для его передачи инквизиции. Однако начальник тюрьмы отказался выполнить их требования без разрешения Высшего арагонского совета. Инквизиторам пришлось отступиться; они направили начальнику тюрьмы послание, в котором угрожали ему отлучением от церкви и штрафом в тысячу дукатов за неповиновение.

Начальник тюрьмы переслал это послание главному судье, и тот, не желая конфликта со Святой палатой, приказал проводить Переса в тюрьму инквизиции. Последний успел предупредить об этом своих арагонских друзей. В Арагоне инквизицию очень не жаловали, а изъятие арестованного из их тюрьмы сочли оскорблением их старинных обычаев. Друзьям Переса удалось спровоцировать беспорядки. Толпа мятежников направилась к дому Альменары, в котором, как в королевском посланце, видели корень зла. Альменара, правда, был спасен от напавшей на него толпы, но через две недели он скончался от ран. Между тем другая толпа мятежников устремилась в старый мавританский замок, где находилась тюрьма инквизиции. Они угрожали поджечь здание, и сделали бы это, если бы Перес не был освобожден и водворен на прежнее место.

Однако сам Перес не был спокоен. Он понимал, что арагонцы не смогут противостоять королевскому войску, которое будет послано для их усмирения. Он решил готовить побег, раздобыл напильник и стал подпиливать решетки в своей камере; однако Переса выдал Хуан Бестанте, которому тот доверился. Снова должностные лица инквизиции с вооруженным отрядом явились в тюрьму, чтобы забрать Антонио. Но в это время в тюрьму ворвалась толпа вооруженных мятежников, отбила Переса и увезла его. Антонио снова отправился в Сарагосу, а затем попытался пересечь границу, но она хорошо охранялась. Ему пришлось некоторое время скрываться в доме одного из друзей.

Король Филипп послал в Арагон армию под командованием Альфонса де Варгаса, чтобы покарать мятежников. Он решил воспользоваться этим делом, чтобы пресечь не только сопротивление инквизиции, но и приверженность арагонцев к сепаратистским традициям и вольностям. Что до самого Переса, то он, видимо, родился в рубашке. Ему предоставила убежище в Наварре принцесса Катрин, сестра французского короля. Она отказалась его выдать, а Филипп, не хотевший осложнений с Наваррой, не стал применять силу. Перес написал два очерка о собственной жизни, вызвавшие гнев короля, и делалось немало попыток заманить Антонио в Испанию, но он не возвращался, понимая, что его ожидает. Из Наварры он отправился в Англию, где был очень хорошо принят противницей Филиппа Елизаветой II, потом уехал в Париж и уцелел после нескольких покушений на его жизнь. К этому времени умер король Филипп, а его сын Филипп III разрешил Пересу вернуться домой; однако тот считал, что инквизиция никогда не простит его. Все же в 1611 г. главе францисканцев епископу Канарскому удалось убедить Переса, что он может сам явиться в Испании в инквизицию и после чисто формального разбирательства будет освобожден. Устав от бродячей жизни и желая увидеться с женой и детьми, Перес согласился и написал епископу, что вернется, когда получит охранную грамоту. Перес направил через жену петицию в Высший совет, но, так как инквизиция, как обычно, занималась волокитой, Перес умер, так и не получив охранной грамоты. Он провел в изгнании около двадцати лет. История Антонио Переса имела немалое значение и для жителей Арагона. Мятеж был подавлен.

29 апреля 1592 г. состоялось аутодафе в отношении многих из зачинщиков беспорядков. Немалое число людей приговорили к каторге на галерах или изгнанию из Арагона. Шесть человек были оправданы. Филипп некогда дал клятву соблюдать конституцию Арагона и не стал ее нарушать крыто. Но в арагонские города были введены королевские гарнизоны, власть инквизиции укрепилась и расширилась, и арагонцы поняли, что сопротивляться воле короля было бы безрассудно.

Известен и еще один случай использования Филиппом II инквизиции в политических целях — в деле Иоанны Наваррской, когда он велел инквизиции подготовить против нее обвинение (что было нетрудно, так как она являлась ревностной гугеноткой). Он также — приказал захватить ее и отправить в Сарагосу в трибунал инквизиции. В случае исполнения этого плана Иоанна была бы сожжена, а дело это в целом принесло бы — большую пользу Филиппу в его борьбе за Наварру.

Менее ясен вопрос о роли инквизиции в деле королевского сына дона Карлоса, смерть которого загадочна. Если он пал жертвой собственного отца, то весьма возможно, Филипп II дал указание Великому инквизитору подготовить обвинение против сына. Он, конечно, искал бы подходящих оснований для устранения сына, который стал для отца невыносимым, а по мнению испанских католиков, заслуживал смертной казни более, чем еретики. Неуправляемый, психически неуравновешенный дон Карлос всегда был в тягость не только отцу, но и всем окружающим. Филипп, при его чувстве долга, видимо, страдал при мысли, что придется передать корону такому человеку. Однажды Карлос чуть не убил кардинала Эспинозу за то, что тот выслал из Мадрида любимого актера принца. Говорят, он воскликнул: «Какой-то попик осмеливается мне перечить!» Карлос очень желал стать правителем Нидерландов и выдвигал планы замирения этой страны, из которых инквизиция могла сделать вывод, что, если этот человек унаследует трон, покоя в стране не будет. Ненависть Карлоса к отцу достигла таких пределов, что принц уже не мог скрывать ее. Особенно подогрело эту ненависть то обстоятельство, что Филипп женился на Елизавете Французской, дочери Генриха и Екатерины Медичи, а Елизавета некогда была обещана самому Карлосу. Но кульминации конфликт достиг, когда глупый юноша стал вынашивать планы отцеубийства и сознался в этом своему духовнику.