Обстрел Альмерии вызвал бурю возмущения по всей Европе. Но вскоре, а именно 15 июня, германский легкий крейсер «Leipzig» подвергся в районе алжирского порта Оран атаке со стороны неизвестной подводной лодки, которая в течение 35 минут (с 9.25 по 9.58) выпустила в него 3 три торпеды. Все они прошли мимо. Второй раз этот же крейсер был атакован через три дня (в 3.37 ночи). От торпеды он увернулся, но в ходе маневрирования получил удар в подводную часть корпуса (видимо, столкнулся с подводной лодкой, либо не взорвалась попавшая в него торпеда).

Немцы, конечно же, обвинили в этой атаке республиканское правительство и, невзирая на его протест (во время атаки все правительственные подлодки находились в портах), потребовали от остальных держав проведения совместной карательной акции (вроде той, что они устроили в Альмерии), а также, чтобы испанское правительство выдало все свои подводные лодки. Поскольку Великобритания и Франция категорически отказались принять участие в подобном мероприятии, Германия и Италия с 23 июня отказались от участия в морском контроле.

«Неизвестные» (как позже выяснилось, франкистские) подводные лодки действовали также против республиканского торгового флота. Так, 1 июня они потопили в 50 милях от Барселоны теплоход «Ciudad de Ваrсеlоnа» (это сделала лодка «General Sanjurjo»), а 26 июня в 30 милях от Аликанте судно «Саbо Palos» стало жертвой субмарины «General Моlа».

В ответ каталонское правительство заявило 10 июня о формировании противолодочной флотилии района Каталонии. Аналогичное решение двумя днями позже приняло центральное правительство, которое создало противолодочную флотилию в районе Картахены.

Обе воюющие стороны действовали в июне довольно вяло. 7―8 и 27 июня крейсеры «Canarias» и «Baleares» обстреливали Паламос, Сан-Фелиу-де-Гиксольс, Калелью и Сагунто, а республиканские корабли (2 эсминца) 9 июня обстреляли Сеуту.

В июне республиканский флот понес серьезные потери. Сначала 6 июня транспорт «Magallanes», который снова отправился в СССР за оружием, протаранил во время смены курса охранявший его эсминец «Galiano». Это произошло примерно в 45 милях от африканского берега. Потеряв радиосвязь с транспортом, командование республиканского флота послало на разведку самолет. Экипаж самолета принял серьезно поврежденный эсминец за крейсер мятежников, в связи с чем было послано звено бомбардировщиков, едва не разбомбившее незадачливые корабли. Но в конце концов подошли четыре эсминца и успешно отбуксировали оба поврежденных корабля назад в Картахену.

17 июня, около полудня, на ремонтировавшемся в Картахене линкоре «Jaime I» произошел взрыв пороха в одном из погребов, а вспыхнувший от этого пожар вызвал детонацию снарядов зенитной артиллерии. Срочное затопление остальных погребов спасло корабль от полного уничтожения, однако он сел на дно гавани с креном на правый борт. На линкоре погибли (по разным данным) от 80 до 170 человек и еще 150―200 получили ранения или ожоги.

Причиной взрыва, скорее всего, стала не диверсия, а неосторожное обращение с боеприпасами. Так республиканский флот потерял свой самый сильный корабль, поскольку до окончания войны никакие ремонтные работы на нем уже не производились.

У мятежников 18 июня в Малаге погиб в результате пожара торпедный катер «Falange».

Падение Бильбао и Сантандера

Несмотря на июньские победы под Уэской и Гвадараммой, облегчившие положение республиканской армии, ситуация на северном фронте в целом оставалась очень тяжелой. Мятежники перешли здесь в наступление и 21 июня взяли Бильбао (при этом погиб республиканский сторожевик «Аraba», а сторожевики «Iruna» и «Gazteiz» попали в руки противника).

Развивая успех, франкисты повели наступление на Сантандер, но 5 июля были остановлены под Кастро — Урдиалес. В прибрежной зоне это наступление поддерживали крейсеры «Canarias», «Baleares» и «Сегvега», поскольку, используя развязанную итальянцами подводную войну на коммуникациях в Средиземном море. командование франкистов смогло направить в Бискайский залив основные силы своего флота.

После падения Бильбао республиканские корабли перебазировались в Сантандер. В этом порту не было ни запасов топлива, ни ремонтных средств, ни зенитных батарей. Несмотря на это, эсминцы «Diez» и «Ciscar» при поддержке сторожевиков решали поставленные перед ними задачи; охраняли побережье от высадки десантов, конвоировали суда, идущие в Хихон и Сантандер. Республиканские подлодки тоже пытались ослабить блокаду, безуспешно атакуя крейсеры мятежников (в частности, «Cervera» был неоднократно атакован лодкой «С-6», но из-за скверного качества торпед все атаки оказались напрасными).

Ввиду массированных авианалетов, а также многочисленных расправ франкистов с жителями захваченных ими городов, басконское правительство решилось на эвакуацию значительной населения, обратившись за помощью к великим державам. 3 июля британское правительство информировало франкистов и басконские власти, что оно удовлетворит эту просьбу и что британский флот обеспечит охрану судов, проводящих эвакуацию (до конца июля англичане вывезли более 12 тысяч человек, преимущественно женщин и детей). Французское правительство тоже объявило о своей помощи.

Одновременно, учитывая угрозу быстро приближающегося падения басконской автономной Республики Эускади, республиканцы начали вывозить в заграничные банки золото и государственные ценности.

Трудному положению республиканцев на севере могли помочь лишь решительные действия на других фронтах, прежде всего на центральном участке. Поэтому 5 июля началось наступление в районе Брунете, которое вынудило франкистов на месяц приостановить действия против Сантандера. А с 27 июля обозначился перерыв в боевых действиях, который обе стороны использовали для мобилизации резервов и подготовки последующих наступлений.

В это время в Бискайском заливе продолжалась борьба с блокадой мятежников (так, между 13 и 27 июля их корабли задержали три британских парохода — «Molton», «Mirapanu», «Candleston Castle»). Например, 1 августа, после боя с «Canarias», эсминцам Фуэнтеса удалось провести в Хихон танкер «Valetta» и насколько судов с продовольствием и углем. Спустя два дня оба эсминца угрозой торпедной атаки отогнали «Canarias», преследовавший республиканский танкер «Campuzano».

Третий такой бой произошел 14 августа в районе Хихона, где эсминец «Ciscar» атаковал минный заградитель «Jupiter» и сторожевик «Ciudad de Cadiz», несшие блокадную службу. Бой закончился серьезным повреждением заградителя «Jupiter», но никак не повлиял на ослабление блокады. Кроме того, на следующий день республиканский самолет нанес незначительные повреждения крейсеру «Cervera».

14 августа мятежники, подтянув резервы, начали штурм Сантандера и захватили его 26 августа. После этого республиканские корабли перешли в Хихон. Уже с первых дней здесь они стали объектом непрерывных атак франкистских бомбардировщиков. 16 августа они повредили два британских судна, стоявших на рейде, а 27 августа еще три. Двумя днями раньше (25-го) в результате очередной бомбежки получили повреждения эсминец «Diez» и подводные лодки «С-2» и «С-4».