Какое-то время руководство Ганзы не ведало об опасности. Столетием раньше ганзейские купцы быстро тревожились при наступлении нюрнбергских конкурентов, но сейчас они не предприняли срочных мер для противодействия швабской компании. Скорее всего, граждане Любека считали Фуггеров в первую очередь банкирами, которые заняты переводами денег в интересах папского двора. Их слепота, возможно, объясняется коварством Якоба Фуггера. Действуя по чьему-то наущению, он скрывал свои истинные намерения, вел дела через ганзейских и нюрнбергских корреспондентов, покупал их соучастие, когда нужно, и отступал там, где это было целесообразно.

Однако вскоре стало ясно, что Фуггеры захватили всю торговлю медью. В венгерской меди признали опасного конкурента шведской меди, которую ганзейцы вывозили на запад. Незадолго до того любекская фактория, по инициативе гражданина Годерта Виггеринка, провела широкомасштабные торговые операции на Востоке, особенно с воском. В 1511 г. Ганзейский собор в Любеке, в ответ на жалобу Дерпта, постановил принять контрмеры. Он запретил транзит через ганзейские города товаров, принадлежащих крупным неганзейским компаниям. Аугсбург, Нюрнберг, Ульм, Лейпциг и герцога Померании призвали изъять товары, принадлежащие этим компаниям, из ганзейских городов, и в имперский суд направили жалобу: вопреки закону Священной Римской империи предпринята попытка учредить монополию.

Все понимали, что меры окажутся неэффективными, поэтому одновременно решено было применить силу. С 1509 г. вендские города воевали с Данией и ее союзниками, голландцами. В августе 1511 г. Любек напал на голландскую флотилию возле Данцига, потопил несколько кораблей, а остальные захватил. Среди захваченных товаров была партия в 102 ласта меди, принадлежащей Фуггерам и оцененная в 9 с лишним тысяч любекских марок.

Вскоре последовал ответный удар. Чтобы вернуть свою медь, Якоб Фуггер убедил короля Венгрии подать жалобу; он также, хотя и тщетно, просил папу Юлия II наложить на Любек папский интердикт. Обратился он и к императору Максимилиану, который не мог отказать своему банкиру. Император дважды приказывал Любеку вернуть партию меди, угрожая конфисковать его товары на всей территории Священной Римской империи. Любек предложил компромисс: представить дело на имперском сейме. Его доводом было «порицание Фуггеров, которые создали нелегальную монополию». Не желая представать перед судом, Фуггеры довольствовались тем, что выкупили свою медь за 8 тысяч марок.

Дело окончилось успехом Ганзы, однако он стал единственным. При поддержке Данцига Фуггеры продолжали свою деятельность на Балтике. В Ливонии они импортировали серебро и экспортировали воск, купленный у местных аристократов. Русские продавали им меха, воск и смолу в обмен на серебро, специи и стеклянную посуду. Кристиан II, король Дании, предоставил им свою защиту и позволил купить медеплавильный завод в Ольдесло, у самых ворот Любека. В обмен Фуггеры оснастили Кристиану шесть кораблей для войны против Густава Васы. Им удалось сохранить и дружбу с новым королем Дании Фредериком I. Карл V был еще больше расположен к Фуггерам, чем его дед Максимилиан; для Любека не оставалось надежды вновь представить дело перед верховным судом Священной Римской империи.

Ни Любеку, ни Ганзе не удалось воспользоваться слабостью своих врагов. Они ничего не предприняли, когда в 1525 г., после смерти Якоба Фуггера, медные рудники захватил король Венгрии. Во всяком случае, поскольку Краков и Бреслау уже не были членами Ганзы, в тех краях едва ли можно было вести активную политику. Под руководством Антона Фуггера фирма продолжала вторгаться в ганзейские владения. Товаропоток по Эльбе, который попадал в Гамбург через Люнебург, становился все важнее для Фуггеров. Любеку, почти не получавшему поддержки со стороны других городов в попытках противостоять этому натиску и ослабленному внутренними кризисами при Вулленвевере, пришлось столкнуться с неприятной истиной: запрещая Фуггерам пересекать свою территорию, он помогает своим конкурентам и не слишком мешает врагам. Поэтому Любек в 1538 г. довольствовался тем, что подписал с Фуггерами конвенцию, по которой они могли «перевозить свободно и без помех все товары, в том числе медь, из Данцига или других мест, в наш город и через него, в гавань и по внутренним водам, и отправлять его по своему желанию в Гамбург и другие места». Тем самым Любек признавал свое поражение и отказывался от долгой кампании, которую город вел против сильных противников из Аугсбурга. Последние, однако, приближались к собственному падению. Восемь лет спустя Антон Фуггер отказался от аренды месторождений в Банска-Бистрица и постепенно ушел из Северной Европы, сосредоточившись на торговле с Нидерландами и Испанией.

Борьба между Фуггерами и Ганзой была лишь эпизодом, однако она продемонстрировала неполноценность союза. Вторжение компаний из Нюрнберга и Аугсбурга – которое продолжалось еще некоторое время после ухода Фуггеров – разрушило экономическую систему Ганзы. Были проложены новые торговые пути вдоль границ ганзейских владений. Ганза перестала играть роль важного посредника в торговле между Восточной Европой, с одной стороны, и Западной Европой и Средиземноморьем – с другой. Приток компаний с юга Германии, которые в каком-то смысле вносили вклад в процветание отдельных ганзейских городов, подчеркнул расхождение интересов внутри Ганзейского союза. Данциг, Штеттин и Гамбург отказались помогать Любеку в его борьбе против новичков, которые находили в каждом городе ревностных помощников. Ганзейская солидарность пережила еще одну неудачу. В этом смысле, возможно, был прав Клаус Нордман, сказавший, что «эпоху Ганзы сменила эпоха Фуггеров».

Реформация, которая началась почти одновременно во всех северогерманских городах около 1522 г., была откровенно пагубной для Ганзы, поскольку давала дополнительный повод для раздоров как во всем союзе, так и в отдельных городах. Распространение нового учения часто вело к общественным и религиозным беспорядкам. Городские советы и патрициат, по крайней мере вначале, были настроены враждебно по отношению к лютеранству, зато гильдии с воодушевлением поддержали новое учение. Патрициат поддерживали церковь и правители, которые некоторое время хранили верность старой вере. Это давало им новый предлог для вмешательства во внутренние дела городов и утверждения над ними своей власти. Наконец, подавление католицизма привело Ганзу к конфликту с Карлом V в такое время, когда имперская поддержка сделала бы возможным расширение экономических отношений Северной Германии и Испании в ущерб голландцам.

Столкнувшись с религиозными и общественными конфликтами, которые вспыхивали в разных городах, Ганза, как обычно, не сумела выработать единую политику. Из-за того что, по сути, Ганза была рупором городских советов, вначале она была настроена враждебно по отношению к любой религиозной реформе. В 1525 г. собор в Любеке предложил меры против сторонников Лютера и его учения, но только Гамбург, Росток и Люнебург согласились опубликовать соответствующие указы. Делегаты от других городов заявили, что они не уполномочены решать такие вопросы. Указ выражал враждебность по отношению к «Мартиновой секте», запрещал печать и продажу сочинений Лютера, а также тайные собрания его сторонников, под угрозой тюремного заключения.