Вскоре, однако, из-за стремительного распространения лютеранства отношение поменялось. На проведенном в том же году втором соборе было объявлено, что в делах религиозных каждый город должен решать за себя. Необходимо лишь избегать любых мятежей против существующей власти. На самом деле Ганза, в соответствии со своими традициями, больше не вмешивалась в религиозные дела, за исключением 1535 г., когда она заняла активно враждебную позицию по отношению к анабаптистам, и в 1563 г., когда она выступила против кальвинизма, утвердившегося в Бремене. Последнее вмешательство лишний раз продемонстрировало слабость Ганзы. Бремен, исключенный из Ганзейского союза, пришлось заново принять 14 лет спустя без каких-либо серьезных уступок с его стороны.

Быстрее всего Реформация утвердилась на востоке Германии. В Пруссии ее ввел великий магистр Альбрехт Гогенцоллерн, который в 1525 г. секуляризировал прусские владения ордена к собственной выгоде. Поскольку за новую веру высказались епископы, она утвердилась мирно даже в балтийских округах, где ландмейстер сохранил верность католицизму.

В Данциге, который находился под властью короля Польши, волну протестантизма сдерживало противодействие бургомистра Фербера, городского совета и короля: в 1526 г. он распустил городской совет и заново ввел католицизм силой. Однако такая реакция была лишь временной. Распространение лютеранства было непреодолимым, ив 1557 г. король издал указ, в котором разрешал свободу вероисповедания.

На Западе католицизм оборонялся более стойко, особенно в церковных владениях. В Кёльне и других рейнских городах католицизм никогда не подвергался серьезной угрозе. Зато в Вестфалии Реформация одержала сравнительно легкую победу в Дортмунде, а позже в Зосте, хотя последний в какой-то степени был привержен прежней вере. В 1531 г. реформаторы утвердились в Мюнстере, несмотря на сопротивление епископа. Верх там одержали анабаптисты из Нидерландов, которые устроили в Мюнстере «царство Христово» «двенадцати апостолов пророка Матиса», место которого после его смерти занял Иоанн Лейденский. В городе на год утвердилось теократическое правление, и Мюнстер на время стал ареной бесчисленных религиозно-фанатических выходок. После этого город был взят войсками мюнстерского архиепископа, и в нем восстановили католицизм. Этот знаменитый эпизод не остался без последствий для Ганзы. Страх, который он породил, помог поддержать или восстановить патрицианский режим в других городах и ускорил крах демократического правительства Любека.

В саксонских и вендских городах Реформацию распространял Бугенхаген, ученик и друг Лютера. Он покинул Виттенберг, чтобы устроить новую церковь сначала в городе Брауншвейге (1528), затем в Гамбурге (1529), Любеке (1531), Померании, Дании (1537) и, наконец, в герцогстве Брауншвейг.

Почти во всех городах религиозная реформа сопровождалась политическими и социальными изменениями. Средний класс воспользовался возможностью, чтобы ограничить и контролировать влияние городских советов. Оппозиция обычно действовала через комиссию, в которую входило от 40 до 60 членов. Ее поддерживало более многолюдное собрание, избираемое лютеранскими приходами. Уже в 1524 г. такую комиссию, состоящую из 40 человек, создали в Висмаре; ее власть в основном распространялась на финансовую сферу. В комиссию включили 23 нечленов гильдии, в том числе 8 пивоваров, судовладелец, купец, мельник и еще 11 человек, которых называли просто «бюргерами». Из 20 членов гильдий в комиссию входили розничные торговцы, ткачи, кузнецы, пекари и четыре государственных служащих. Судя по этим цифрам, революционное движение в основном ограничивалось гильдиями. Подобно конфликтам XIV–XV вв., к борьбе против патрициев примкнули некоторые купцы. Примерно такой же состав был и в комиссии Ростока 1533–1535 гг., куда вошло 64 человека. В ней состояли 10 пивоваров и по крайней мере 5 купцов, причем некоторые из них были родственниками членов городского совета. Если же распределить их по семи классам налогоплательщиков, 12 членов комиссии принадлежали к первым трем классам, 41 – к четвертому и пятому, и 10 – к двум последним.

В Бремене религиозные перемены носили более радикальный характер. Возможно, из-за своей враждебности по отношению к архиепископу, феодальному правителю города, городской совет благосклоннее отнесся к лютеранству. Несмотря на это, уже в 1526 г. реформаторы требовали политических преобразований, а пять лет спустя городской совет вынужден был работать вместе с «комиссией сорока», которую позже заменила «комиссия шестидесяти четырех», избранных приходами. Почти все советники бежали из города, когда революционеры выказали откровенную враждебность по отношению к крупным купцам. Новая власть ограничила экспорт зерна отдельными гражданами 10 ластами (5 ластами, если речь шла о Португалии). Участие всех иностранцев в экспорте зерна и леса было запрещено. Тем временем архиепископ объединился со ссыльными ив 1534 г. напал на город, который вскоре сдался. Две комиссии распустили, их главу казнили. В городе восстановили власть городского совета, а гильдии признали недействительными. И все же, несмотря на все это, восстановить католицизм не удалось.

Распространение Реформации и даже общественные волнения, вызванные ею, не представляли реальной угрозы для Ганзы. Но как и в начале предыдущего века, события в Любеке, повлиявшие на международную политику города, привели к кризису в Ганзейском союзе.

С самого начала городской совет Любека был настроен к новому вероучению резко отрицательно. Отчасти все объяснялось врожденным консерватизмом и страхом оскорбить императора. Но главным образом члены городского совета боялись, что их кузены могут потерять свои пребенды и церковные посты. По мере того как лютеранство продвигалось вперед, городской совет выслал двух проповедников, объявил сочинения Лютера вне закона и штрафовал тех, кто их распространял. В 1528 г. совету, которому требовались деньги на войну с Данией, пришлось согласиться на образование комиссии из 64 человек, которая надзирала за тем, как тратятся доходы. В комиссию входил Юрген Вулленвевер, который вскоре возглавил оппозицию. Комиссия неоднократно требовала отменить меры, враждебные Реформации, и в 1530 г. городской совет вынужден был вернуть двух сосланных проповедников и позволить им «читать проповеди» во всех церквах. Через несколько месяцев совет уступил народным угрозам и отменил католические обряды. В город приехал Бугенхаген, чтобы учредить новую церковь. Он назначил руководителя, которому помогали присяжные. Монастыри были секуляризированы. «Комиссия шестидесяти четырех» приказала убрать из церквей все золотые и серебряные украшения (весившие 96 центнеров). Они пошли на финансирование войны. Кроме того, комиссия составила подобие конституции в 26 статьях, по которой она получала власть в городском совете. Городской совет больше не имел права заключать союзы, провозглашать указы или делать займы без согласия комиссии. В будущем город должен был управляться совместно советом, «комиссией шестидесяти четырех» и собранием, куда входили 100 человек, избранных приходами. В следующем году совет ратифицировал новый церковный устав.

Беспомощность отцов города отчасти стала результатом слабости любекского патрициата, который к тому времени состоял главным образом из владельцев имений и рантье. Патрициат почти перестал кооптировать в свои ряды купцов, разбогатевших собственным трудом. Поэтому оппозиция пользовалась поддержкой не только гильдий, но и ряда купцов. Важно, что «комиссию шестидесяти четырех» возглавляли два купца, одним из которых был Вулленвевер, а также пивовар и якорщик, которые представляли две самые влиятельные гильдии. Если Вулленвеверу и удалось на время преуспеть в своем начинании, то только потому, что он пользовался поддержкой самых активных элементов среди городского населения Любека.