Уникальная федеративная структура Нидерландского государства и мощное влияние гражданских автономий внутри Республики позволили создать абсолютно новый тип организации коммерции — акционерную монополию, сильно поддерживаемую государством, которая в то же самое время была разделена на палаты, хранившие свой капитал и совершавшие коммерческие операции отдельно друг от друга, но следуя общему курсу и установкам федерального совета директоров. Именно эта новая форма организации стала результатом длительного процесса переговоров. На конференции в Гааге в декабре 1601 г. директора предложили, что Амстердамская палата новой компании должна получить половину мест в будущем совете директоров, потому что в целом амстердамские компании привнесли чуть больше половины общего начального капитала. Но Олденбарневельт, чей силовой блок лежал за пределами Амстердама, и штаты Голландии и Зеландии считали, что Амстердам должен получить меньше половины голосов в федеральном совете. Поэтому в конце концов Амстердам получил 8 из 17 мест в этом совете, ставшем известным как «Семнадцать господ» (Heren XVII). Из оставшихся голосов 7 принадлежали Зеландии и по два северным и южным городам Голландии. Каждая из палат городов Голландии была разделена еще на две: северная — на Хорн и Энкхёйзен, южная — на Делфт и Роттердам, каждая из которых выдвигала одного директора в федеральный совет. Семнадцатый директор по очереди выдвигался тремя меньшими палатами. Хотя изначально элитные купцы, не являющиеся регентами, играли большую роль в работе амстердамской палаты, было неизбежно, что регенты должны были иметь превосходство в управлении новой организацией, и особенно в случае меньших палат. Более того с течением времени влияние регентов на работу амстердамской палаты только увеличивалось.

Штаты Голландии и Зеландии обсуждали договорённости с купцами. Тем не менее, говоря формально, именно Генеральные штаты создали новую Голландскую Ост-Индскую компанию (Verenigde Oostindische Compagnie или ОИК). Потому что только Генеральные штаты могли присвоить ей делегированные, суверенные права на содержание войск и гарнизонов, экипировать военные корабли, назначать губернаторов в Азии и вести дипломатические переговоры с восточными монархами, а так же подписывать договоры и создавать альянсы. Как только в 1602 г. привилегии вошли в силу, ОИК стала пользоваться свободой действий. Тем не менее оставался элемент контроля Генералитета. Договоры, союзы и инструкции для губернаторов в Азии должны были быть одобрены Генеральными штатами, и ОИК должна была сдавать периодические отчеты об общем состоянии дел в Ост-Индии. Также изначальные привилегии пересматривались и обновлялись Генеральными штатами после 21 года. Военные и военно-морские главы ОИК в Азии и дипломатические агенты компании были обязаны давать двойную присягу на верность, одну их работодателю — компании, и вторую Генеральным штатам Республики Соединённых провинций.

С самого начала новая организация была тяжело вооружена и настроена на достижение доминирующей позиции в торговле в Ост-Индии. Компания сделала свои первые завоевания в 1605 г., когда силой отобрала индонезийские «Острова пряностей»: Тернате, Тидоре и Амбон у португальцев. Но только с началом двенадцатилетнего перемирия в 1609 г. «Семнадцать господ» решили назначить генерал-губернатора и создать Совет, чтобы управлять торговлей и их завоеваниями в Азии. Изначально главное управление нидерландской торговой империи на востоке находилось в Бантаме, на восточном конце Явы. Первый генерал-губернатор Питер Бот (см. табл. 11) не был ни голландцем, ни зеландцем, а был из Амерсфорта, что, возможно, было одной из причин его назначения на пост, так как никто не мог считать его связанным с любой из региональных палат. Он был первым из длинного списка генерал-губернаторов голландской Ост-Индии под руководством ОИК, осуществляющим контроль над колониальной империей и зоной морской активности, тянущейся от Мыса Доброй Надежды до берегов Японии и Филиппин. Хотя и в некоторых нидерландских источниках Бота называют «вице-королём», по примеру вице-королей колониальных империй Испании и Португалии, он никоим образом не был вице-королём в точном смысле этого слова. Он не был ни доверенным лицом короля, ни главой квазимонархического двора, ни даже дворянином, не то чтобы вельможей. В остальном также его статус и функции отражали тот факт, что Нидерланды были Республикой, чья форма политического правления не была аналогичной европейским монархиям. Так, согласно инструкциям, он был обязан принимать важные решения и подписывать договоры, указы и отчёты только вместе со своим советом — Советом Индий, состоящим из его главных подчиненных в военной, морской и торговой сферах. Официально он владел властью только тогда, когда работал вместе со своим советом. Более того, Совет состоял далеко не из людей без собственного мнения, и когда последующие генерал-губернаторы проявляли тенденции к авторитаризму и происходили споры между Советом и генерал-губернатором, в общем и целом работала система коллективной ответственности и управления. Было логично, что в этой ситуации «Семнадцать господ» не сильно стремились выбирать родственников принца Оранского или других крупных дворян на пост своих генерал-губернаторов в Ост-Индии. Первые преемники Бота были выбраны из элитных купеческих семей среди регентов. После стало обычным делом выбирать генерал-губернатора среди долго работающих, занимающих высокие посты работников компании. «Семнадцать господ» интересовали компетенция, опыт и знание Индий, а не социальный статус. Поэтому список генерал-губернаторов Голландской Ост-Индии в XVII в. (см. табл. 11) был уникальным, будучи единственным набором главных правителей европейских колониальных империй того времени, который не состоял из дворян.

Таблица 11.

Генерал-губернаторы Голландской Ост-Индии в первый век существования ОИК

Генерал-губернатор Даты Место рождения Социальное происхождение Питер Бот 1609–1614 гг. Амерсфорт Регент Герард Рейнст 1614–1615 гг. Амстердам Регент Лауренс Реаль 1616–1619 гг. Амстердам Регент Ян Питерсон Кун 1619–1623 гг. Хорн Торговец Питер де Карпентье 1623–1627 гг. Антверпен Беженец с юга Ян Питерсон Кун 1627–1629 гг. Хорн Торговец Жак Спекс 1629–1632 гг. Дордрехт Беженец с юга Хенрик Браувер 1632–1636 гг. Антони ван Димен 1636–1645 гг. Кулемборг Торговец Корнелис ван дер Лейн 1645–1650 гг. Алкмар Карел Рейнирс 1650–1653 гг. Амстердам Торговец Ян Мацуйкер 1653–1678 гг. Амстердам Служащий католической церкви Рейклоф ван Гуне 1678–1681 гг. Рес Военный Корнелис Янсон Спелман 1681–1684 гг. Роттердам Торговец Йоаннес Камфейс 1684–1691 гг. Харлем Ремесленник Виллем ван Ауторн 1691–1704 гг. Амбон Чиновник ОИК Ян ван Хорн 1704–1709 гг. Амстердам Торговец Абрахам ван Рибейк 1709–1713 гг. Кейптаун Чиновник ОИК

В 1610 г., когда Бот добрался до Ост-Индии, главными нидерландскими территориями были Тернате, Тидоре, Амбон, острова Банда и Бантам. Тем не менее в 1619 г. четвёртый и очень известный генерал-губернатор Ян Питерсон Кун (1587–1629 гг.) захватил Джакарту и перенёс главное управление ОИК в Азии туда. Кун хотел назвать вновь завоёванные территории «Новый Хорн» в честь места своего рождения, но «Семнадцать господ» предпочли название с объединительной коннотацией для всей Республики и выбрал название «Батавия». Батавия быстро превратилась в самую главную европейскую военную, морскую и торговую базу в Азии, намного опережая Гоа и Малакку, и оставалась таковой до конца XVIII в. Нидерландцы перестроили город и возвели здесь серьёзные укрепления. Хотя город развил большую часть сухопутных взаимодействий с остальными частями Явы только в конце XVII в., с самого начала он исполнял роль главного места встреч нидерландских кораблей и грузов, сходящихся в одной точке из отдалённых частей Индонезийского архипелага, Индии, Китайских морей и Японии. Также Батавия была главным нидерландским военным гарнизоном в Ост-Индии и в XVII и большей части XVIII вв. являлась местом наибольшей концентрации европейцев во всей Азии.