21 сентября борьба перешла в финальную стадию. В тот день Ельцин издал указ № 1400 «О поэтапной конституционной реформе». Согласно ему в стране вводилось прямое президентское правление, а парламент распускался до 11 декабря – дня выборов в Государственную думу. В сущности, это был государственный переворот. После этого здание Белого дома, где находился Верховный Совет, было лишено электричества, воды и заблокировано войсками. Конституционный суд в тот же день признал указ № 1400 неконституционным, а Верховный Совет лишил Ельцина президентских полномочий. Ими был наделен находившийся в Белом доме Руцкой. 23 сентября X съезд (чрезвычайный) назначил и новое правительство. Действия парламента были поддержаны большей частью местных советов в разных концах страны. Да и в столице положение было неустойчивым. Были заметны колебания в армии и внутренних войсках. 3 октября парламентская сторона, чувствуя некоторую неуверенность президентской стороны, перешла к открытым военным действиям, захватив здание московской мэрии, а затем атаковав телецентр в Останкино, хотя и безуспешно. Указом Ельцина в столице было объявлено чрезвычайное положение, в Москву начали вводить войска. Утром 4 октября танки начали обстрел здания парламента, где вскоре вспыхнул пожар. К вечеру защитники Белого дома сдались, а руководители парламента были арестованы. Почти сразу же после победы над парламентом Ельцин распустил советы всех уровней, что означало ликвидацию советской власти. В ноябре 1993 г. государственным гербом стал двуглавый орел. Победа над парламентом позволила Ельцину не считаться с оппонентами, оспаривавшими правомерность установления президентской республики. В новой послеоктябрьской редакции конституции огромные права президента были даже расширены. Чтобы уже точно достичь намеченной цели, было решено утвердить конституцию не во вновь избранной Государственной думе, а прямо в ходе референдума при выборе депутатов Думы. Это означало, что с конституцией избиратели не были знакомы, но при этом в ходе голосования 58,4 % главный документ страны одобрили. В России была утверждена президентская система власти с колоссальными полномочиями главы государства, получившего широкие законодательные права, а также право назначения и отставки правительства, роспуска Думы и т. д.

Конец 1995 – начало 1996 г. стал тяжелым испытанием для Ельцина. Система думских выборов не позволяла ему полностью взять под контроль парламент. Проправительственные партии («Выбор России» в 1993 г., «Наш дом – Россия» в 1995 г.) не сумели получить в Думе не только большинства, но хотя бы более-менее значительного количества мест. Более того, на выборах 1995 г. коммунисты КПРФ под руководством Г. Зюганова заняли свыше трети мест в парламенте. Партия Гайдара («Демократический выбор России») даже не попала во вторую Думу. Поэтому весь период 1995–1999 гг. проходил под знаком противостояния Кремля и Охотного ряда (где размещалась Дума) со всеми атрибутами острой политической борьбы, широковещательными популистскими заявлениями, а также интригами, беспардонным лоббированием, подковерной борьбой, подкупом, махинациями и даже драками в зале заседания. Ситуация этого времени явно была не в пользу Ельцина. Страна болезненно переживала социальные последствия экономических реформ, хроническими стали невыплаты зарплат, пенсий. Начатая в конце 1994 г. первая Чеченская война против сепаратистов генерала Дудаева, названная «операцией по восстановлению конституционного строя», оказалась кровопролитной бойней, которая стала уносить сотни жизней солдат и мирного населения.

К лету 1996 г. рейтинг президента упал до предела. Но Ельцин вступил в предвыборную кампанию, которую провел на удивление с необыкновенным подъемом, при полной поддержке прессы и местных властей, и в июле 1996 г. победил вышедшего во второй тур лидера коммунистов Г. Зюганова, хотя все были убеждены, что Зюганов победил, но испугался взять власть в свои руки. Второе президентство Ельцина оказалось для него крайне сложным. Экономика поддерживалась во многом за счет огромных кредитов международных финансовых организаций, стояли огромные заводы, экономическое положение большинства жителей страны оставалось тяжелым. Власть ждали серьезные неудачи и на Кавказе. В августе 1996 г. чеченские боевики заняли Грозный, и вскоре в Хасавюрте секретарь Совета безопасности А. Лебедь и начальник штаба чеченских формирований А. Масхадов подписали документы о выводе федеральных войск из Чечни, что означало победу сепаратистов и поражение федералов. В 1996 – первой половине 1997 г. Ельцин много болел, ему сделали операцию на сердце. В то время в обиходе появилось понятие «олигархия», которым стали обозначать группу крупных бизнесменов, активно вмешивавшихся в политику. В околокремлевских кругах резко возросла политическая роль предпринимателя Б. Березовского, входившего в т. н. «семью» – влиятельную группу родственников президента, высших чиновников и банкиров, определявших политику во время болезни президента, что не могло не вызывать недовольства легальных политических сил.

Весной 1999 г. Ельцин, по-видимому, начал думать об уходе из власти и стал подыскивать себе преемника, который, с одной стороны, был бы способен продолжить начатый в 1991 г. курс и, с другой стороны, согласился бы гарантировать неприкосновенность интересов «семьи». В роли возможного преемника летом 1999 г. рассматривался С. Степашин, но в августе этого года, когда чеченские отряды напали на Дагестан, он не проявил необходимой в той ситуации воли и мужества и был заменен 9 августа 1999 г. председателем ФСБ В. В. Путиным, человеком дотоле малоизвестным. С этого момента особенно отчетливо проявилась уже сложившаяся на базе конституции 1993 г. система т. н. закрытой (или управляемой) демократии, при которой президентская власть диктует условия политической жизни в стране, а многие демократические процедуры и свободы становятся формальными. Но в истории возвышения Путина сыграли роль не только задействованные на полную мощность административный ресурс и другие методы «раскручивания» кандидата. Нужно признать, что Путин, поднятый из политической безвестности, был точно угадан Ельциным. Назначенный и. о. премьера, Путин сумел быстро сориентироваться в обстановке того времени и стал поступать так, как от него ожидали миллионы людей, обеспокоенные положением в стране. Своими энергичными и жесткими действиями в Дагестане по отражению нападения чеченских формирований, а затем успешным наступлением на Чечню он добился быстрого реванша над чеченскими сепаратистами, смыл с России позор Хасавюртовского соглашения. Одновременно своими резкими заявлениями Путин приобрел популярность в обществе как «державник». В целом успехи во второй Чеченской войне, проходившей во время выборов, и принесли Путину в конечном счете победу. В то же время он вообще понравился людям своей решительностью, серьезностью, молодостью, живостью, целеустремленностью и даже прошлой своей принадлежностью к таинственному клану «рыцарей плаща и кинжала», которых в народе всегда боялись, но и уважали.

Выборы в Думу в декабре 1999 г. стали полем битвы на подступах к президентскому креслу. Битва эта в целом закончилась победой прокремлевского «Единства» (Путин публично выражал ему свои политические симпатии). После победы на парламентских выборах Путин утвердился во власти: из исполняющего обязанности премьер-министра стал премьер-министром. Парламентские выборы, как и вторая Чеченская война, стали испытанием для Путина. Он в глазах Ельцина и «семьи» испытание это выдержал. 31 декабря 1999 г. в 12 часов дня президент выступил по телевидению с обращением к народу. Попросив у граждан России прощения за допущенные им ошибки, Ельцин заявил о сложении с себя полномочий и о передаче власти и. о. президента В. В. Путину. В мае 2000 г. Путин, поддержанный аппаратом, почти всей прессой и огромной массой избирателей, легко победил коммуниста Зюганова и многих других кандидатов уже в первом туре.