В Новгороде, который с 16 июня 1611 г. оказался под властью шведов, по его сведениям, было решено избрать на престол шведского принца Карла-Филиппа, младшего брата шведского короля Густава II. Ему было только 10 лет, поэтому, повзрослев на Руси, он мог стать «своим» для русских людей. Большинство ополченцев согласились поддержать кандидатуру юного принца. Во главе посольства в Новгород были поставлены князь И. Ф. Троекуров, дворянин Б. С. Собакин и дьяк С. Васильев. Однако казакам во главе с И. М. Заруцким это решение не понравилось. Они надеялись посадить на царский престол Марину Мнишек с сыном Иваном, чтобы самим править за них.

Следует отметить, что шведы не ограничились одним Новгородом. Они захватили Иван-город, Ям, Копорье, Ладогу, Тихвин, Старую Руссу, Порхов, Гдов, Орешек. Во всех этих городах они посадили своих воевод.

Видя безвыходность своего положения, А. Гонсевский решил с помощью обмана внести раскол в ряды ополченцев. По его указу была изготовлена подложная грамота, якобы составленная П. П. Ляпуновым. В ней писалось о том, что городовым воеводам следует убивать всех казаков, оказавшихся в их городах. С помощью одного из пленных казаков она была доставлена в лагерь ополченцев.

Естественно, что казаков страшно возмутило содержание этой грамоты. Поэтому они приняли решение убить Ляпунова. Они созвали круг и потребовали, чтобы воевода пришел к ним. Но Прокопий сразу заподозрил недоброе и решил вообще уехать из подмосковного стана.

Узнав об отъезде Ляпунова, ополченцы бросились вслед за ним. Около Симонова монастыря они догнали его и уговорили вернуться. Казаки же продолжали бушевать. Утром 22 июля они послали к Прокопию Сильвестра Толстого и Юрия Потемкина, которым удалось уговорить воеводу выйти на казачий круг. Сопровождать его взялся Иван Ржевский.

Во время прений с казаками Ляпунов пытался оправдаться и доказать, что не писал грамоты в города с наказом убивать донцов, но его никто не захотел слушать. Заранее подученные атаманами казаки набросились на Прокопия и саблями зарубили его. Вместе с ним погиб и Иван Ржевский. После этого было разграблено все имущество рязанского воеводы и его сподвижников.

Самоуправство и жестокость казаков настолько возмутили городовых воевод, что многие из них со своими отрядами тут же покинули Подмосковный стан. Это были представители следующих городов: Кашина, Дмитрова, Ростова, Мурома, Владимира, Юрьева-Польского, Нижнего Новгорода, Пошехонья, Вологды, Галича, Архангельска, Костромы, Переславля, Брянска, Воронежа, Волхова, Звенигорода, Рязани. Естественно, что их уход ослабил силы ополченцев.

Правда, Д. Т. Трубецкой, желая восполнить потери, с помощью своих сторонников провел агитацию среди жителей юго-западных городов. В итоге в конце лета прибыли отряды из Алексина, Медыни, Белой, Дорогобужа, Козельска, Вязьмы и Боровска. Кроме того, после взятия поляками Смоленска жители из его окрестностей начали в массовом порядке отъезжать к Москве. По указанию руководителей ополчения их направили в Арзамас и Малоярославец.

Но в целом обстановка в лагере ополченцев была очень нездоровой. Трубецкой старался держаться в тени и не спорить с Заруцким и Просовецким, которые стали заправлять всеми делами. Об обстановке в подмосковном стане в это время дает представление «Сказание» Авраамия Палицына: «По неправедном же оном убиении Прокопиеве бысть во всем воиньстве мятеж велик и скорбь всем православным христианом. Врагом же поляком и русским изменником бысть радость велика. Казаки же начашя в воинсьстве велико насилие творити, по дорогам грабити и побивати дворян и детей боярских; потом же начашя и села и деревни грабити и крестьян мучити и побивати. И токоваго ради от них утеснениа мнози разыдошяся ис-под царьствующаго града. Литовский же гетман Сапега, тогда стоя под градом Переславлем-Залесским, слыша о убиении Прокопиеве и нестроение велико усмотрив в воинстве православных, и прииде вскоре на помощь поляком со множеством воинства и запасы. И от Олексеевской башни и до Твеских ворот Болыпово Белово города взяли и в Замосковье острошки все высекли и запасы в город привезли… И тем стали литовсеие люди силны». (Сказание Авраамия Палицына. Указ. изд. Стб. 309.)