Уже в августе 1611 г. И. Заруцкий начал усиленно агитировать за то, чтобы ополченцы признали будущим царем сына Лжедмитрия II и Марины Мнишек Ивана, которого в народе прозвали Воренком. Узнав об этом, патриарх Гермоген решил сделать все возможное, чтобы эти планы не реализовались. Во время церковной службы он публично проклял ставленника казаков и стал рассылать грамоты по всем городам о том, чтобы «отнюдь на царство проклятого Маринки паньина сына не благословляли… что отнюдь Маринкин на царство не надобен, проклят от святаго собора и от нас».

Кроме того, патриарх просил жителей городов написать «казацкому войску», так он стал называть ополченцев после убийства Ляпунова, чтобы те отстали от Воренка, «уняли грабежи, корчму, имели чистоту душевную и промышляли б, как реклись, души свои положити за пречистый дом и за чудотворцев, и за веру».

В конце лета 1611 г. положение и ополченцев, и поляков было сложным. У каждой из сторон не хватало сил, чтобы нанести противнику окончательный удар. Но небольшие военные стычки были почти каждый день. Они возникали во время вылазок за солью на Соляной двор, который находился на территории Белого города, походов за сеном или дровами. Во время стычек все прятались за обгорелые остовы печей или в погреба и оттуда пытались не только обстрелять противников, но и забросать кирпичами.

Хотя ряды ополченцев уменьшились из-за ухода городовых воевод, польский гарнизон тоже таял на глазах. Часть воинов вернулась под Смоленск, часть примкнула к П. Сапеге, уехавшему собирать продовольствие. В итоге к концу августа в городе было не больше 3000 польских воинских людей.

Ополченцам стало об этом известно, поэтому они решили ночью начать штурм городских укреплений. К воротам Китай-города были приставлены лестницы, и смельчаки по ним стали взбираться на стены. Вскоре завязался бой. Наиболее ожесточенно ополченцы штурмовали угловую башню у Москва-реки. Когда они уже почти ее захватили, поляки получили подкрепление. Ценой больших потерь, они смогли выбить ополченцев из этой башни.

Еще одно сражение разгорелось у Никитских ворот. Там ополченцы с помощью огненных стрел подожгли кровлю башни, внутри которой находились эти ворота. В итоге она обрушилась и заставила оборонявших ее шведских наемников отступить. Никитские ворота оказались в руках ополченцев. После этого к концу дня все башни и ворота Белого города оказались в руках патриотов. На следующий день они выбили поляков и их союзников-иноземцев из Новодевичьего монастыря.

Таким образом, к концу августа в руках у поляков остались только Китай-город и Кремль. Сами они оказались в плотном блокадном кольце, не имея ни малейшего шанса выбраться из него. Блокада продолжалась шесть недель.

Когда «осадные сидельцы» уже начали отчаиваться, к ним пришла помощь — войско Сапеги. Хотя ему не удалось отбить какие-либо крепостные ворота, его воины решили переплыть Москва-реку и так добраться до осажденных. За рекой они быстро сломили сопротивление засевших в острожках ополченцев, засыпали выкопанный ров вдоль стен Кремля и переправились вплавь. На той стороне их уже ждали А. Гонсевский с остатками московского гарнизона. Объединившись, поляки начали отчаянное сражение за Арбатские, Никитские и Тверские ворота Белого города. Отбить им удалось только Арбатские.

Несомненно, что потери несли не только поляки, но и патриоты. Это снижало их боевой дух и наводило уныние. Д. Т. Трубецкой, опасавшийся окончательного развала Первого ополчения, обратился за помощью к Троицким старцам. Они посоветовали организовать торжественное шествие иконы Казанской Богоматери из Казани в подмосковный стан. По их замыслу эта святыня должна была стать небесной покровительницей освободителей столицы.

В Новом летописце так описано это событие: «Принесоша же ис Казани образ Пречистые Богородицы, список с Казанские иконы. Все же служивые люди поидоша пешие, той же Заруцкой с казаками встретил на конех. Казаки же служивых людей лаяху и поносяху их. Они же в великой ужасти быша от них, чаяху такова же убойства на себя, как на Прокопья». Было ясно, что дальнейший раскол в Первом ополчении неизбежен.

Не было согласия и у осажденных поляков. Часть из них решила уехать на Сейм, который должен был собраться в Польше осенью. Там они хотели потребовать от короля жалованье за свою службу. «Седьмочисленные» бояре тоже намеривались отправить на Сейм своих делегатов для окончательного выяснения вопроса о воцарении Владислава. Но по указанию Сигизмунда их задержали, поэтому в Польшу они прибыли уже после завершения работы Сейма.

Воспользовавшись отъездом делегатов на Сейм, ополченцы обстреляли Китай-город калеными ядрами и подожгли его строения. Это заставило поляков и их сторонников перебраться в Кремль. В Китай-городе остались только оборонявшие башни и ворота воины.

В октябре 1611 г. на помощь польскому гарнизону пришел гетман Ходкевич. Но у него было не более 500 воинов, которые не смогли причинить особого вреда ополченцам. В итоге гетман отошел к Рогачеву, намереваясь собрать продовольствие. Наступали холода, и надвигался голод. Чтобы предотвратить бунт воинов польского гарнизона, бояре были вынуждены отдать им в залог уплаты жалованья часть ценных вещей из царской сокровищницы: золотую корону с драгоценными камнями, подаренную императором Максимилианом Ивану Грозному, корону Лжедмитрия I, посох, изготовленный из рога единорога с драгоценными камнями, два целых и одну половинку рога единорога, царское седло.

Сапеженцы получили две царских шапки из золотой парчи с драгоценными камнями, золотые державу и скипетр одного из царей. Все это должны были вернуть после присылки королем жалованья своим людям. Сигизмунд обещал прислать его к 6 января 1612 г.

Однако король обманул и своих подданных, и московских бояр. Поэтому значительная часть гарнизона вместе с А. Гонсевским и гетманом вернулись в Польшу. В Москве остались самые упорные во главе со Струсем.

Не слишком благополучная обстановка была и в стане ополченцев. Им также не хватало продовольствия и боеприпасов. По просьбе Трубецкого троицкие старцы рассылали по всей стране грамоты и просили горожан помочь воинам из подмосковного стана. В них они писали о том, что из-за голода воинские люди могут разойтись по домам, и тогда общее дело — борьба за Веру и Отечество — будет порушено.

Сложным был и вопрос о будущем государе. Казаки категорически отказались вести переговоры с новгородцами об избрании царем шведского принца Карла-Филиппа. Многих не устраивала и Марина Мнишек с малолетним сыном Иваном. Этим воспользовался еще один авантюрист из Иван-города, который назвался спасшимся царем Дмитрием Ивановичем. Он быстро собрал вокруг себя таких же любителей острых ощущений и легкой добычи и начал громить шведские гарнизоны в небольших новгородских городках. О нем стало известно псковскому воеводе Ф. М. Плещееву, который решил раздуть новую самозванческую авантюру. Он пригласил Лжедмитрия III в Псков, сформировал около него подобие царского двора и послал грамоту о нем в подмосковный стан. Казаки с энтузиазмом встретили известие о воскрешении «царя Дмитрия Ивановича» и в марте 1612 г. ему присягнули.