В 1919 г. в Приленском крае действовал отряд бывшего подчиненного Каландаришвили, анархиста С.И. Карасева. На партизанском Шиткинском фронте сражались командиры-анархисты Бусурманин, С. Дерюжкин и Я. Пепул. Летом-осенью 1919 г. в Тулунском уезде Иркутской губ. вел боевые действия отряд анархиста Полина. Первое партизанское формирование в Бурятии основал анархист Балтахинов. Многие из них входили в состав создаваемых партизанами чрезвычайных органов власти – повстанческих штабов и ревкомов. В декабре 1919 г. анархисты приняли участие в организации антиколчаковсих восстаний в Иркутске и Томске. Их представитель входил в состав Томского ВРК.

Приход к власти в Сибири большевиков после победа над Колчаком прошел при благожелательном нейтралитете или прямой поддержке партизанских командиров из числа анархистов. Так, еще в декабре 1919 г. Каландаришвили поддержал Советскую власть как политическую платформу объединенного партизанского движения. Также он выразил готовность подчиняться приказам Иркутского подпольного коммунистического штаба при условии согласия с ними бойцов своего отряда. Но и это не спасло харизматичного анархистского лидера от претензий и нападок со стороны большевистского руководства, добровольно признанного им же.

В конце декабря 1919 г. Каландаришвили при поддержке партизан провозгласил себя главнокомандующим партизанских сил, действовавших в районе Иркутска. Но в ситуации, когда назревало антиколчаковское восстание в Иркутске и предстоящая борьба за власть с сибирскими эсерами, большевики не были настроены провоцировать анархистов и постарались замять конфликт. Но на этом события не завершились.

21 января 1920 г. бойцы Каландаришвили по его приказу реквизировали 5 заводских лошадей на государственных конюшнях, а затем 36 бочонков масла в одном из магазинов. Иркутский Военно-революционный комитет 22 января постановил расследовать эти случаи, вернуть лошадей и наказать виновных. Было принято решение отстранить Каландаришвили с командных постов и «в случае его дальнейших дезорганизаторских действий арестовать и предать суду». 31 января 1920 г. на его бойцов в ревком поступила жалоба от Иркутского продовольственного комитета. Утверждалось, что 7 января каландаришвилевцы реквизировали под расписку продовольствие «и другие материалы» на городских дровяных заимках. Вскоре партизаны захватили на той же заимке 31 воз сена, на сей раз не оставив бумаг со своими автографами.

9 февраля поступила жалоба на действия 1-го эскадрона партизан, оставивших свою позицию. Каландаришвили в ответ на это приказал провинившемуся отряду отправиться на позицию и искупить вину, взяв на себя «самые опасные задачи». В противном случае он грозил эскадрону разоружением. Бойцы в ответ на это заявили, что отказались выполнять заведомо преступный приказ. Проигноировав их предложение занять деревню Патронную, когда в ней был лишь небольшой отряд каппелевцев, им приказали атаковать ее после сосредоточения там 3-тысячной группировки противника. При этом другие отряды красных были оставлены в тылу. Тогда бойцы заявили командиру эскадрона, анархисту Кожану, что наступление не имеет смысла и приведет лишь к большим потерям. В итоге было принято решение об отходе в Иркутск. Исходя из бессмысленности данного распоряжения, они обвиняли командира отряда, бывшего капитана Пальчикова, в предательстве. На следующий день, впрочем, эскадрон занял без боя Патронную и отбил ряд соседних деревень, захватив трофеи.

Вскоре поступила жалоба от командиров интернациональных частей. 10 февраля венгерский отряд находился в деревне Пешки. Оказавшись без обоза, «интернационалисты» безуспешно пытались найти продукты в окрестных разоренных деревнях. Отчаявшись реквизировать продовольствие, они обратились за съестными припасы к проходившему мимо отряду Каландаришвили, на что партизаны «ответили ироническим отказом». В итоге незадачливые мадьярские бойцы, предпочитавшие выступать в поход без обоза, вынуждены были вернуться в Иркутск.

12 февраля последовала жалоба начальника Конной разведки 2-го Конного Советского полка, сообщившего, что 13 февраля бойцы Каландаришвили на его глазах производили обыски в деревне Грудининой, якобы разыскивая деньги. Разделив продукты, хранившиеся на двух подводах сопровождаемого разведчиками обоза 1-й пехотной дивизии, они начали избивать находившихся в селе пленных колчаковских офицеров.

14 февраля командарм Зверев, обвинив партизан Нестора Каландаришвили в расхищении продовольствия других советских частей, обратился к Иркутскому ревкому с требованием «принять самые строгие и репрессивные меры наказания ко всему отряду Каландаришвили, в особенности к командному составу». Ревком отреагировал на это, постановив разоружить данное партизанское соединение, арестовать и подвергнуть суду ревтрибунала его командный состав, конфисковать имущество. Сопротивляющихся предлагалось расстреливать.

В итоге Центросовет Северо-Восточного фронта поручил командующему фронтом большевику Д.Е. Звереву разоружить отряд Каландаришвили. Но в поддержку популярного командира выступили Верхоленский совет, Качугский ревком и Окинский добровольческий полк. Вполне возможен был вооруженный конфликт и восстание Каландаришвили, который мог бы стать настоящим сибирским Махно. Но конфликт вновь замяли.

В результате знаменитый партизанский командир оказался не годен на роль вождя народного восстания, предпочтя военную карьеру. Он стал красным командиром, возглавив отряд, вошедший в состав Красной армии и состоявший из двух полков (1-го Таежного и 1-го Кавказского). В феврале 1921 г. в районе Верхоленска Каландаришвили разбил отряд каппелевцев. Но все же долгое время он оставался анархистом. Весной 1920 г. Каландаришвили выступил инициатором Сибирского съезда анархистов, работу по организации которого развернули Омская и Иркутская федерации. Столкнувшись с анархистской деятельностью популярного красного командира, командование 1 мая отправило его отряд на Дальний Восток для борьбы против войск атамана Г.М. Семенова. Успехи в военной карьере сделали свое дело, и 15 января 1921 г., Каландаришвили вступил в РКП(б), пополнив число ренегатов.

На Дальнем Востоке также проявлялось сильное влияние анархистов в партизанском движении. По данным Ермакова, прежде всего это относится к отрядам Богданова, Иванова, Паутова, Перцевого, Савицкого, Туманова, Шевченко, Шевчука и др. Не входивший в какие-либо организации, но называвший себя анархистом Я.И. Тряпицын, с ноября 1919 г. входил в Военно-революционный штаб партизанских отрядов и революционных организаций Хабаровского и Николаевского районов. Затем он становится командующим Нижнеамурской партизанско-повстанческой армии, с января 1920 г. преобразованная в Красную армию Николаевского фронта. Один из полков этой армии получил название анархо-коммунистического. Анархисты также заняли посты руководителей военного трибунала, следственной и реквизиционной комиссий. После взятия партизанами Николаевска-на-Амуре попытка эсеров-максималистов установить коалиционную власть леворадикальных сил, включая анархистов, большевиков и ССРМ, не удалась. В этом районе была установлена Советская власть во главе с Исполкомом, подконтрольным большевикам. Коалиционным был и состав Военно-революционного штаба, получившего всю полноту власти на Сахалине и в районе устья Амура. Хотя он и возглавлялся Тряпицыным, но состоял из двух большевиков, максималистки и беспартийного.