В 1805 году, испытывая нехватку войск, которые можно было бы выставить против России, султан предпринял решительный шаг, объявив общий призыв в новый корпус, заменивший обычную систему добровольного набора рекрутов. Призывалось не только население, но и сами янычары, самые лучшие и молодые воины из которых должны были переводиться в ряды новых войск. Хотя янычары — благодаря райя — были разгромлены в Белграде, они по-прежнему свирепствовали в других провинциях, а в Адрианополе даже оказали декрету султана открытое сопротивление. Чиновник, который попытался его навязать, был схвачен и задушен. Отряд новых войск из Анатолии, которыми командовал паша Карамании, поддерживавший реформы султана, был атакован крупными силами янычар на Дунайском театре военных действий и разбит наголову.

Это столкновение вызвало протесты янычар в Стамбуле, которые были активно поддержаны реакционерами в диване и улеме. Чтобы избежать восстания и возможного распространения гражданской войны на столицу во время войны с Россией, султан был вынужден приостановить реформы, распустить анатолийские войска, уволить несколько советников-реформистов и доверить должность великого визиря аге янычар.

Но в начале лета 1807 года, вскоре после ухода английского военно-морского флота, ямаки, вспомогательные войска, составлявшие гарнизоны артиллерийских батарей на Босфоре, получили приказ принять новую форму и боевую технику европейского образца. В ответ на это войско взбунтовалось и отправилось на ипподром в Стамбул, где к нему присоединилось несколько сотен янычар. Они по традиции переворачивали свои походные котлы в знак того, что больше не примут пищу от султана. Объединившись с каймакамом вице-губернатором Муса-пашой, чиновником, печально известным своими интригами и склонностью к предательству, и с согласия недавно назначенного главного муфтия, восставшие учредили трибунал, чтобы судить тех советников и министров султана, кто поддерживал реформы, и подняли против них толпу горожан. Многие сторонники реформ были убиты — в своих домах либо на ипподроме, и головы семнадцати реформаторов были с гордостью пронесены перед теми, кто возглавил восстание.

К несчастью для султана Селима, его преданный союзник, прежний муфтий, скончался в начале года, а основная часть улемы всегда сопротивлялась реформам. Вынужденный уступить, султан издал указ об отмене своего «нового порядка». Но было уже слишком поздно, чтобы он смог спасти свой трон. В ответ на требование депутации офицеров-янычар великий муфтий заявил, что, поскольку правительство султана «распространяло среди мусульман манеры „неверных“ и проявило намерение подавить янычар, истинных защитников закона и Пророков», султан должен быть смещен с трона, в интересах мусульманской религии и дома Османа. Его смещение было объявлено в фетве, войска «нового порядка» были распущены, а главный зачинщик мятежа получил под командование крепости Босфора. Селим тем временем отправился в «Клетку», где он почтительно поклонился своему юному кузену Мустафе как султану, советуя тому быть более осмотрительным в любых его начинаниях, не дать себя увлечь великими переменами и желая ему более счастливого правления, чем его собственное. Затем Селим попытался принять яд, но Мустафа выбил из его рук чашу, уже поднесенную к губам, поклявшись, что сохранит ему жизнь. Селим с покорным достоинством удалился в свои тюремные апартаменты, из которых вышел новый султан, чтобы взойти на трон под именем Мустафы IV.

Но правил Мустафа IV всего лишь несколько месяцев. У Селима еще оставались друзья и сторонники, в первую очередь Мустафа Байрактар, или Знаменосец, независимый паша из Рущука, что на Дунае. Сторонник программы реформ, он был обязан своей карьерой Селиму и теперь решился на государственный переворот, чтобы вернуть Селима к власти. Подписание в это время перемирия с русскими высвободило его крупную армию, состоявшую в основном из боснийцев и албанцев, позволив ей, вместе с воинами лояльного великого визиря в Адрианополе, поход на Стамбул под знаменем Пророка.

Целью Мустафы Байрактара в Стамбуле было устрашение янычар, захват дворца, смещение султана Мустафы и восстановление власти Селима. Потребовавший возможности увидеть «подлинного султана Селима», но не допущенный к нему дворцовой стражей, Байрактар ворвался во дворец вместе со своим войском. Однако незначительное промедление оказалось роковым. Опасаясь за свой трон, султан Мустафа приказал немедленно задушить Селима и своего брата Махмуда, со смертью которых он остался бы последним из живых представителей дома Османа.

Убийцы Селима натолкнулись на отчаянное сопротивление, но силы оказались неравными. С криком «Получи султана, которого ты хотел видеть!» тело Селима было брошено под ноги Байрактару, когда тот вошел в ворота внутреннего двора. С помощью албанцев он стащил Мустафу с трона, крича в гневе: «Что ты здесь делаешь? Уступи место более достойному!» Убийцы между тем не смогли найти Махмуда, который был спрятан верным слугой султана в топке бани. Там его нашли победители-албанцы, и еще до наступления темноты, под аккомпанемент салюта из Сераля, было объявлено, что Мустафа IV смещен и султаном Османской империи стал Махмуд II.

Мустафа Байрактар стал его энергичным великим визирем. После казни убийц, фаворитов Мустафы и предводителя мятежных ямаков он решительно возобновил начатые Селимом реформы. Махмуд воссоздал войска «нового порядка» с европейскими методами боевой подготовки под давним названием сеймены. Он пересмотрел и дополнил разные эдикты, касавшиеся реформ, и впервые созвал со всех концов империи консультативную ассамблею высших государственных чиновников. Ассамблея заседала в императорском дворце, где в зажигательной вступительной речи он огласил конкретную программу реформ. Она включала в себя широкую реорганизацию корпуса янычар, направленную на искоренение старых злоупотреблений. Одновременно он подтвердил привилегии и права могущественных аянов и деребеев.

После оживленных дебатов между провинциальными чиновниками, из среды которых вышел сам великий визирь, и центральным правительством было достигнуто соглашение. Их договоренность представляла собой в правовом и политическом отношениях важнейшую веху в определении соответствующих долей ответственности имевшихся в стране землевладельцев. Усмотрев в этом посягательство на собственную неограниченную власть, султан Махмуд согласился на это с большим нежеланием. Янычары и улема сначала сделали вид, что согласны, и Байрактар, рассчитывая на поддержку сейменов и других местных сил, опрометчиво отправил по домам свои албанские и боснийские армии.

Воспользовавшись ситуацией, янычары вновь подняли восстание. Они напали на Байрактара в его дворце, подожгли здание и взорвали башню, в которой великий визирь постарался укрыться. В результате пожара Байрактар сгорел заживо. Силы реакции торжествовали победу. Старая расстроенная система со всеми ее злоупотреблениями, казалось, была вновь восстановлена и стала сильнее, чем прежде.

В результате реформаторское движение, начатое султаном Селимом, на какое-то время оказалось приостановленным. Единственный до того времени среди султанов Османской династии, он полностью посвятил себя делу реформирования империи. То, чего двести пятьдесят лет назад достиг Сулейман Законодатель, ориентируясь на восточный менталитет и традиции, Селим хотел добиться, опираясь на опыт Запада и дух секуляризации. Султан Селим потерпел неудачу и испытал горькое разочарование, отчасти из-за некоторых недостатков характера, которые препятствовали осуществлению его намерений. Бесспорно, Селим был правителем просвещенным, альтруистичным и искренним в своем стремлении повернуть Османскую империю на путь развития в направлении западной цивилизации. Но султан был слеп в отношении психологии большей части своего собственного народа, обеспечить благосостояние которого он стремился, но который он не захотел — или не смог — повести в бой, как это делали его великие предшественники. Поэтому Селим не сумел добиться доверия и преданности своего народа. Напротив, своей неосмотрительностью и чрезмерным усердием в культивировании западных идей он позволил антиреформаторам в своих рядах вновь разжечь в людях глубоко укоренившиеся реакционные предрассудки и усилить их сопротивление всем новшествам.