Осада крепости Наполеоном длилась два месяца, осложняясь господством англичан на море. Эскадра английского адмирала сэра Сиднея Смита перехватила французскую флотилию, доставлявшую ему столь необходимую тяжелую артиллерию. Смит высадил на берег собственных артиллеристов и моряков со своих кораблей и наконец перебросил морем турецкие подкрепления. В них входил контингент новых войск Селима, хорошо вооруженных мушкетами и байонетами. Хотя Наполеон нанес поражение крупной армии из Дамаска, направленной на прорыв осады, он не смог одержать верх над гарнизоном Акры. «В этом жалком форте, — признался он, — заключена судьба Востока». Французы были вынуждены отступить, понеся тяжелые потери, через пустыню обратно в Египет.

Здесь войска Наполеона столкнулись со второй османской армией, которую с Родоса сопровождала эскадра сэра Сиднея Смита. Эта армия была быстро разбита в сражении у Абукира. Не выдержав штыковой атаки, турецкая армия была сброшена в залив, поверхность которого покрылась тюрбанами турок, тысячами утонувших в его водах. Эта победа восстановила престиж Наполеона в глазах мамлюков. Но благодаря главным образом явному военно-морскому превосходству англичан, эфемерная мечта Наполеона об империи на Востоке была похоронена навсегда. Передав командование армией генералу Клеберу, французский главнокомандующий бросил ее, тайно отплыв со своим штабом во Францию. Там, выдавая себя за добившегося триумфа завоевателя, Наполеон переключился на альтернативные имперские мечты относительно Запада, тем временем свергнув Директорию и утвердив себя в качестве первого консула с помощью государственного переворота.

Двумя годами позже в Египте высадилась англо-турецкая экспедиция под командованием генерала сэра Ральфа Аберкромби, имея целью заставить сдаться в плен деморализованную французскую армию и доставить ее обратно, в Европу. Это привело в 1802 году к подписанию Амьенского мирного договора, условия которого были сепаратно согласованы между Англией и Францией и, к выгоде обеих сторон, между Францией и Портой. Был официально признан суверенитет султана над Египтом и его другими владениями, на какое-то время правление мамлюков было заменено правлением пашей, назначаемых из Стамбула. Английские войска покинули Египет.

Однако эскапада Наполеона вновь подвигла Англию на проведение активной военной опережающей политики в Красном море и далее, за его пределами. С местным султаном из Адена был подписан договор, в качестве прелюдии к последующей аннексии. Англия дала понять, что если в Индию можно вторгнуться из Египта, то и в Египет можно будет вторгнуться из Индии. Аналогичные предосторожности были предприняты в прибрежных районах других османских владений. В Персидском заливе Ост-Индская компания не пустила французов в Оман, учредила свое представительство в Багдаде на постоянной основе и взяла на себя функции британского консула в Басре в качестве «политического агента в Турецкой Аравии». Провал Наполеона вдохновил англичан и обеспечил их успех.

Согласно недолговечному Амьенскому договору Франция отказывалась от претензий на Ионические острова и близлежащие территории материка, которые пока оставались под протекторатом России и Турции, причем русские контролировали острова, а турки — города на материке и укрепленные пункты. Некоторые из них уже были незаконно присвоены грозным Али-пашой из Янины, коварным и безжалостным албанцем, располагавшим собственным крупным отрядом бандитов. Скромный слуга Порты, он истребил большую часть соседних племен, включая мятежных христиан-сулиотов, чтобы править с большой степенью автономии внутренними районами Эпира и Нижней Албанией.

Снова в мире с Францией, вдвойне защитив свою гордость, Порта освободила всех французских пленников и вернула французскую собственность. Было возобновлено действие французских капитуляций в их прежней форме, с дополнительными правами в части торговли и навигации в Черноморском бассейне. Подобное оживление торговой деятельности французов вызвало озабоченность как русских, так и англичан. После трехлетнего перерыва в Стамбуле снова торжествовала Франция, парадоксально повысившая свой престиж благодаря быстрым успехам наполеоновской армии и очевидной терпимости правления Наполеона в Египте. Союз расцвел, как в прежние времена. Новый французский посол упорно трудился, чтобы утвердить в Порте влияние своей страны. Новому послу Османской империи в Париже было нелегко скрыть свой интерес ко всему французскому.

Султан, который таким образом получил короткую передышку от чужеземца, столкнулся в это же время с серьезными внутренними беспорядками в Сербии. Они стали результатом тиранического режима, установленного янычарами, которые присвоили себе полномочия центральной власти в районе Белграда, во многом аналогично тому, что делали мамлюки в Египте. Янычары убили официального губернатора города, низвели его преемника до ничего не значащего уровня и поделили страну между четырьмя своими военачальниками. Они присваивали себе земли сипахов, турецкой феодальной кавалерии; они обирали и подчиняли себе райя, христианское крестьянство, которое обратилось к султану с просьбой о защите, направив в Стамбул депутацию. «Царь ли ты наш все еще? — взывали они. — Тогда приди и освободи нас от этих злодеев, а если ты не спасешь нас, тогда хотя бы скажи нам, следует ли нам бежать в горы и леса или же искать в реках конца нашего жалкого существования».

Стремясь восстановить свою власть, султан тем не менее не располагал достаточными силами, с которыми мог бы сокрушить своих собственных янычар. Угрозы в их адрес спровоцировали только массовые убийства христиан, и Селим, вместе с лишенными собственности местными сипахами, армией паши Боснии и небольшим числом рекрутов из мусульман и турок, поддержал восстание самих сербов против янычар. Это крестьянское восстание оказалось необыкновенным зрелищем христианского меньшинства, восставшего не против, а от имени его мусульманского суверена. Янычары пользовались поддержкой мятежного паши Видина и наиболее фанатичных мусульманских элементов в городах. Тем не менее они были полностью разбиты, и их тирания безжалостно разрушена, закончившись гордой демонстрацией христианами четырех кровоточащих голов военачальников янычар в лагере сербов. Вся Сербия была теперь в руках самих сербов, за исключением Белграда и нескольких других крепостей, все еще занятых гарнизонами султана.

Добившись своих целей, султан потребовал, чтобы христиане-райя сложили оружие и вернулись к стадам и отарам. Но победа пробудила в сербах националистические чувства, которые было не так-то просто успокоить. Приобретя военный опыт и пройдя крещение огнем от армии австрийского императора, оккупировавшего Сербию двадцать лет назад, сербы успели воспитать в себе гордый боевой дух. Это с удивлением обнаружили турецкие уполномоченные, направленные туда, чтобы снова занять страну, после того как был заключен мир. Привыкший относиться к сербам как «безоружному и покорному стаду», один из уполномоченных, с некоторой озабоченностью, спросил австрийского офицера: «Соседи, что вы сделали с нашими райя?» И сербские полки были немедленно распущены.

Подтвердив таким образом свое рвение действовать в интересах султана, они теперь считали себя имеющими право на определенную степень автономии. Сербы объединились вокруг избранного правителя, Кара Георгия, или Черного Георгия, сына крестьянина, который ранее торговал свиньями. Презирая знаки различия, всегда одетый как пастух, Кара Георгий обосновался в горах, чтобы оттуда вести против янычар жестокую партизанскую войну. Вдохновленные его примером, сербы обратились с петицией о поддержке к русским, как к единоверцам. Царь, тогда находившийся в союзе с турками, посоветовал им предъявить свои претензии Порте и обещал им в этом поддержку. В результате сербы направили депутацию к султану с требованием не только прощения долгов по дани, но и передачи им Белграда и окружающих город крепостей.