При анжуйских правителях неаполитанская церковная архитектура развивалась в весьма самобытном направлении: в частности, строились размашистые храмы, некоторые из них сохранились в старом городе, особенно во францисканском монастыре Санта-Кьяра, основанном королем Робертом. Церкви эти представляют собой яркий пример того благотворного культурного взаимообмена, который наблюдался в Италии в те времена. На юге он происходил с другими средиземноморскими культурами, включая Испанию и Южную Францию, а также – по давней традиции – Грецию.

В VIII веке франкские правители предоставили на откуп папе большую часть Центральной Италии, но, не имея военной силы для устрашения и защиты, папский престол не мог установить контроль над территориями, находящимися за пределами Рима и близлежащих областей. Земли к востоку от Апеннин были фактически независимыми. Схожие проблемы возникли и с территориями, завещанными папе римскому благочестивой тосканской графиней Матильдой, которая умерла в 1115 году. Заметим, что правители Священной Римской империи всегда оспаривали законность этой передачи. В 1140-х и начале 1150-х годов Арнольд из Брешии, религиозный деятель, критиковавший богатство и власть папского престола, предпринял неудачную попытку создать новую римскую республику. В итоге в 1155 году он был казнен по приказу императора Фридриха Барбароссы – это был кратковременный период потепления отношений между папой римским и императором.

Судьба Папской области в период раннего Средневековья была весьма изменчива. При энергичном и амбициозном Иннокентии III (1198–1216) была предпринята серьезная попытка не только улучшить систему управления областью, но и конструктивно переосмыслить притязания папского престола на конкретные территории (а также отточить способы ведения идеологической полемики). Линию эту продолжали и преемники Иннокентия, обостряя политическое соперничество внутри Италии. Заполучив ряд земель после того, как императоры отказались от части своих земель в пользу папы, а также наладив систему выдачи «булл защиты», папская власть распространилась до Адриатики, а затем и на север вплоть до реки По. Хотя большая часть этой территории осталась под властью вассалов, папы римские стали более эффективно организовывать управление своими территориями, подразделяя земли на провинции. Папская власть была, несомненно, выше власти любого светского владыки, но у нее имелось несколько серьезных ограничений. Например, герцогство Сполето, дарованное в 756 году папе Стефану II франкским правителем Пипином Коротким, фактически было разделено на автономные города. Папство также столкнулось с недовольством народа, в том числе и в самом Риме. В 1347 году народный вождь Кола ди Риенцо смог убедить римлян восстать против аристократического правления. Затем он был изгнан, а в 1354 году при поддержке папы вновь попытался удержать власть в Риме, но был убит восставшими сторонниками аристократических семей.

За редким исключениием вроде Бонифация VIII (1294–1303), большинство средневековых пап после Григория VII (1073–1085) были людьми весьма добродетельными, особенно в отношении плотских соблазнов. Однако вовсе не обязательно быть таким же падшим человеком, как папа Александр VI Борджиа (1492–1503), чтобы содействовать карьере своих племянников, незаконнорожденных сыновей и других членов семьи, раздавая им церковные посты и земли и поддерживая во внутриполитической борьбе. Впрочем, папы вроде Иннокентия IV (1243–1254), автора увесистых трактатов по каноническому праву, а также инициатора Седьмого крестового похода (1244), также придерживались династической политики.

Бонифаций VIII стремился восстановить папское превосходство над мирскими державами, что возмутило короля Франции Филиппа IV, который в 1303 году совершил попытку похищения понтифика (политический ход, к которому прибегнет и Наполеон). В 1309 году французский преемник Бонифация Климент V (1305–1314) под давлением Филиппа IV перенес официальную папскую резиденцию в Авиньон. Папство вернулось в Рим только в 1377 году, а через несколько месяцев спорное избрание нового понтифика привело к очередному и особенно тяжелому расколу, продолжавшемуся до 1415 года. В «Божественной комедии», начатой приблизительно в 1307 году, Данте дал собирательный образ королей Франции как «великана», стоящего подле «шлюхи», под которой, очевидно, подразумевалось коррумпированное папство. Этот раскол, имеющий в своем основании легитимность завоевания Сицилии и Южной Италии Карлом Анжуйским, усугублял антифранцузские настроения. Примерно так же в XVII веке вся Европа не любила Испанию.

Другим результатом кипучей деятельности Церкви стало стремительное развитие монашеских орденов, самым влиятельным из которых стал основанный Франциском Ассизским орден францисканцев, утвержденный папой в 1210 году. Францисканцы практиковали деятельное пастырство в противовес отстранению от мира, характерному для традиционного монашества. Последнее играло важную роль для религиозной жизни Италии: так, крупными центрами христианской жизни были монастыри Монтекассино (основан в 529 году Святым Бенедиктом) и Монастеро Маджоре в Милане (IX век). «Золотым веком» Монтекассино стал период, когда настоятелем там был Дезидерий Беневентский, будущий папа Виктор III (1086–1087). Монастыри, соборы и церкви тех времен – прекрасные образцы романской архитектуры, среди которых можно выделить Duomo Vecchii («старые соборы») в Брешии и Верчелли.

В результате деятельности монахов в городах появились новые церкви и другие церковные сооружения, такие как базилика Сан-Франческо в Ассизи, посвященная святому Франциску и строившаяся с 1227 по 1367 год, а также церковь Санта-Корона в Виченце, законченная в 1261 году, в которой находилась редкая реликвия – часть тернового венца Христа. Эти и другие подобные строения обеспечили и пространство, и покровительство развивающейся живописи, поскольку требовалось расписывать фресками стены и оформлять алтари. Наиболее крупными мастерами того периода были Чимабуэ (ок. 1240 – ок. 1302) и его ученик Джотто (ок. 1266–1337). Эти живописцы произвели переворот в передаче человеческого облика, преодолев стереотипы и добавив изображениям индивидуальности. Стоит лишь взглянуть на фрески 1303–1305 годов в капелле Скровеньи в Падуе. Джотто стал автором многих фресок в церкви Ассизи. В Италии также было основано множество университетов, в частности в Болонье (1088), Виченце (1204), Ареццо (1215), Падуе (1222), Неаполе (1224), Риме (1245), Сиене (1240), Пьяченце (1248), Перудже (1308), хотя некоторым из них не было суждено просуществовать долго: университет Виченцы закрылся в 1209 году, а университет Пьяченцы просуществовал немногим дольше.

Наряду с монашеством развивалось такое явление, как мирское благочестие. Сообщества благочестивых мирян начали играть важную роль в жизни городов. В то же время мирское благочестие часто уличалось в еретических идеях. Так произошло с сектой катаров (альбигойская ересь), изначально появившейся во Франции и оттуда проникшей в Северную Италию. Создавались катарские церкви и школы.

Северная Италия номинально оставалась частью Священной Римской империи. Однако отдельные города, особенно Милан, долгое время пользовались особыми правами на самоуправление, что привело к развитию республиканских коммун. В поисках законного обоснования своих прав они оглядывались назад, на древние традиции независимости.