Но в то время, как реформатская конфессионализация неуклонно продвигалась, католики также отвоевывали утраченные позиции, хотя и более медленно. Когда Сасбаут Восмер, великий голландский миссионер, душа католического возрождения в Соединенных Провинциях, был назначен папой первым апостолическим викарием и главой голландской миссии, прибыл в страну в 1583 г., он доверительно сообщал своему брату, что католицизм в Делфте практически исчез. Несколько лет спустя, впрочем, хотя и признав, что большинство населения города придерживается свободомыслия и вообще не посещает церковь, и что католиков было меньше, чем реформатов, он уже не считал, что последние численно подавляют католиков. В Дордрехте и Амстердаме католическое возрождение также постепенно набирало силу. К 1600 г. в Дордрехте насчитывалось приблизительно 500 католиков, и они представляли собой небольшую, но растущую группу.

Зарождающееся католическое возрождение в Нидерландах, к северу от речной системы Рейна и Мааса, было частью более общего явления в западной и центральной Европе, которое наблюдалось в северо-западных немецких землях, граничивших с Нидерландами, особенно в городах князей-епископов Кельне, Мюнстере, Оснабрюке и Падерборне, где с 1580-х гг. благодаря усилиям властей католицизм начал контрнаступление на протестантские Церкви. Католическое возрождение было также заметно в Ахене, где в результате поддержанного испанцами переворота 1598 г. к власти снова вернулся католический режим.

В конце XVI в. большую часть голландского населения, как и большинство жителей соседней Вестфалии и земель по северному Рейну, нельзя было однозначно причислить ни к католикам, ни к протестантам. Это большинство составляло не принадлежавшую (или редко принадлежавшую) к какой-либо определенной конфессии массу, нерешительную и аморфную, вызывавшую искреннее осуждение со стороны истинно верующих людей с обеих сторон. Бодли был устрашен широким распространением склонности «ко всем религиозным вероучениям» и ни к одному. Французский посол Бузанваль выражал сожаление по поводу того, что значительная часть населения «предается либертинизму, так сказать, находя для себя приемлемой любую обувь» («suit le libertinisme, c'est a dire s'accommode a toute chaussure»). В такой неопределенной ситуации намерения провинциальных и городских властей Соединенных Провинций формально запретить католическое, также как лютеранское и меннонитское богослужение, подобно обратной ситуации в соседних немецких церковных княжествах, где протестантизм подвергался притеснениям, оказали решительное влияние на процессы конфессионализации. Реформаты, католики, лютеране и меннониты разом стремились конфессионализировать тех, кто прежде держался в стороне, и таким образом, все конфессии набирали силу. Но в голландских провинциях, как в Вестфалии и на северном Рейне, та конфессия, которая заручалась поддержкой правящих властей, увеличивала число своих последователей более быстрыми темпами.

Первый синод голландской реформатской церкви в Нидерландах состоялся в Эдаме в августе 1572 г. На этом собрании, как и на втором североголландском синоде в Алкмаре в марте 1573 г., и первом заседании южноголландского синода в конце того же года, были заложены основы голландской системы синодов, классисов и консисторий. Первый национальный синод голландской реформатской церкви прошел в Дордрехте в 1578 г. Впоследствии традиция созыва отдельных синодов для северной и южной Голландии сохранилась, но из всех Соединенных Провинций только здесь имелось больше одного синода. В других провинциях синодальная юрисдикция соответствовала провинциальным границам. Каждый провинциальный синод сразу после его учреждения проводил ежегодные заседания для управления делами Церкви внутри провинции и координации политики и деятельности между провинциями. Предполагалось, что они будут действовать под надзором Национального синода, созывавшегося каждые три года. Второй Национальный синод был созван в Мидделбурге в 1581 г. Позже, однако, политические осложнения, особенно сопротивление Штатов Голландии, заставили отказаться от принципа регулярного созыва Национального синода.

Провинциальным синодам подчинялись региональные классисы, или собрания проповедников каждой области, выступавшие связующим звеном между городами и сельской местностью. Деревенские проповедники часто были изолированными и хуже обученными, чем их более высокооплачиваемые коллеги в городах, и классисы служили своего рода форумом, на котором они могли получить должные наставления и быть в курсе того, что происходит «во внешнем мире». Классисы также несли ответственность за учреждение новых консисторий и координацию действий в сфере образования и благотворительности, а также в собственно церковных делах. К 1581 г. в Северной Голландии существовало шесть классисов — в Харлеме, Амстердаме, Алкмаре, Хорне, Энкхёйзене и Эдаме. В подчинении у синода Южной Голландии находилось восемь классисов, и четыре, включая самый крупный в Республике — на острове Валхерен — у синода Зеландии. Тому или иному из зеландских классисов были подчинены некоторые соседние консистории, в том числе консистории северной Фландрии и Берген-оп-Зома (последняя подчинялась Валхерену). Под началом синода Утрехта действовали три классиса — Утрехта, Амерсфорта и Вейк-бей-Дюрстеде, а в Гелдерланде первоначально было четыре классиса, по одному в каждом округе-четверти. Фрисландия была разделена на три классиса, опять-таки по одному на каждый (сельский) округ — Остерго, Вестерго и Зевенволден. Напротив, три округа («четверти») Оверэйссела были разделены между пятью классисами: каждый из трех главных городов провинции — Девентер, Зволле и Кампен — должен был иметь свой классис, но все эти города находились в Салланде, что повлекло за собой необходимость учреждения еще двух классисов для Волленхове и Твенте. Дренте был разделен на три классиса — Эммен, Меппел и Ролде, — в конечном счете образовавших отдельный синод.

Но фундаментальным институтом голландской реформатской Церкви, как и всех кальвинистских Церквей, была консистория. В крупных городах эти церковные советы (herberaden) представляли собой довольно многолюдные органы, которые часто собирались для управления церковными делами своей общины. Если классисы состояли только из проповедников, то в консисториях заправляли старейшины и диаконы из мирян, занимавшиеся благотворительностью, а также читавшие проповеди. Амстердамская консистория, начиная с 1578 г., собиралась дважды в неделю, но затем перешла к еженедельным собраниям, не считая дополнительных заседаний, вызванных какими-либо неотложными обстоятельствами. Консистории надзирали за жизнедеятельностью общины и всем тем, что было связано с образом жизни ее членов, так же как и за собственно церковными делами и работой проповедников. Между городскими советами и консисториями прямая официальная связь отсутствовала, но часто случалось так, что один или больше членов городского совета входили также в состав церковного совета, который был во многих отношениях тождественен ему. Если у проповедников вызывала возмущение какая-либо сторона общественной жизни, они мобилизовали консисторию для оказания давления на городской совет.

Эта трехуровневая — или, с Национальным синодом, даже четырехуровневая структура прекрасно соответствовала федеральной модели государственного устройства Голландской Республики (т.е. Республики Соединенных Провинций — прим. ред.). Будучи официальной и единственной Церковью, находившейся под защитой и покровительством городских советов, провинциальных и Генеральных Штатов, и опираясь на поддержку всех семи провинций, голландская реформатская церковь имела в некотором роде статус государственной. Главная разница между ней и государственными Церквями в других протестантских странах заключалась в том, что она не обладала необходимой властью для принуждения людей к обязательному посещению церковных служб и не была представлена в Генералитете или провинциальных коллегиях и ассамблеях. Даже в Утрехте коллегия первого сословия представляла пять «секуляризованных» капитулов провинции, а не официальную Церковь.