Трения между регентами и консисториями с течением времени не потеряли былой остроты. Напротив, по мере того, как продвигалась конфессионализация и все больше простых людей подпадали под влияние проповедников, кальвинисты получили больше свободы для того, чтобы настроить общественное мнение против регентов. Особое значение имел наплыв протестантских беженцев из Южных Нидерландов после 1585 г. Главная причина напряженных отношений между консисториями и регентами или между кальвинистской ортодоксией и менее догматическим протестантизмом, конечно, была не в иммигрантах. Но они определенно усугубили положение, упрочив кальвинистскую ортодоксию и добавив к противоречиям, существовавшим преимущественно на политической и религиозной почве, еще и социальную составляющую. Таким образом, кальвинистская ортодоксия стала идеологией тех, кто противостоял регентам — зачастую это были члены городских гильдий, ополченцы и полуобразованные ремесленники.

В начале Революции регенты провозгласили принцип свободы вероисповедания. Собрание Штатов Голландии в Дордрехте в июле 1572 г. постановило соблюдать «свободу вероисповедания» и не препятствовать кому бы то ни было «свободно исповедовать» либо реформатскую, либо католическую веру. Но «свобода вероисповедания» скоро оказалась благополучно предана забвению, и после 1573 г. лишь немногие среди регентов или в голландском обществе в целом были готовы ее соблюдать. Великий поборник терпимости, спиритуал и полемист Дирк Волкертсзон Корнхерт оспаривал такой исход, настаивая на том, что свобода совести, закрепленная в статьях Утрехтской Унии, неизбежно подразумевает также свободу отправления культов. Но Штаты Голландии выступили против, и в 1579 г. осудили его как нарушителя общественного мира (rustverstoorder).

Страх перед свободой вероисповедания среди регентов был вполне объясним. Казалось, что разброд и шатание в церковной сфере неизбежно поставят под угрозу политический, социальный и моральный порядок. Опасение, что скептицизм, никодемизм и вольнодумство подорвут устои порядка и морали, было всеобщим. Лишь немногие пытались найти альтернативную опору. Одним из пунктов, в отношении которого сходились во мнении Корнхерт и его оппонент, великий ученый Юст Липсий, была настоятельная необходимость в новой морали, отвечающей общечеловеческим ценностям и покоящейся на нерелигиозном фундаменте. Липсий стремился создать светскую этику, основанную на древнеримской стоической философии. Корнхерт в своем «Zedekunst» (1587 г.), трактате на голландском языке, написанном в ответ на «Constantia» Липсия (речь идёт о работе Липсия «De Constantia» («О постоянстве») — прим. ред.), предлагал секуляризованную внеконфессиональную библейскую этику. Оба отделяли мораль от религии, представляя этику как социальную и политическую категорию, «искусство», как называет ее Корнхерт, позволяющую каждому человеку улучшить свою жизнь, как только он осознает, что воздержание от излишеств и беспорядочного образа жизни принесет пользу в первую очередь ему самому.

Предложение «философски» обосновать необходимость добродетельного образа жизни и дисциплины имело значение для общества, охваченного религиозными распрями и жаждой порядка, но трудно было отрицать, что это значение было весьма ограниченным. В конечном итоге, не было альтернативы наружному согласию с официальной Церковью, как настаивал в своем трактате «Гражданская жизнь» («Het Burgherlick Leven») (1590 г.) математик Симон Стевин, фламандский иммигрант и протеже принца Морица. Стевин язвительно отвергал «философское учение» в качестве практического средства насаждения дисциплины, в которой нуждалась молодая Республика. Стевин, гений в области алгебры и геометрии, в своем отношении к религии был «политиком», который рассматривал религию как незаменимую опору общественного порядка. Он соглашался, что большинство людей не верят в доктрины Голландской Реформатской Церкви, но призывал их прийти к согласию с ней, даже несмотря на это. Он настаивал, что «философия» ничего не значит для детей и простых обывателей, так что если родители — даже когда они сами неверующие — не сумеют привить своим чадам должное почтение к Церкви и «страх Божий», их нравственность, а вместе с ней и общественный порядок, неизбежно окажутся под угрозой. Его книга была написана в форме диалога со скептиками и вольнодумцами. Он выступал против свободы вероисповедания и призывал тех, кто был убежден в истинности других церковных доктрин, кроме той, которой официально придерживались Соединенные Провинции, оставаться никодемитами вместо того, чтобы открыто выражать несогласие, которое, по его убеждению, могло только ослабить общество и государство. Подобно Липсию, Стевин убеждал людей внешне примириться с вероучением, в которое они не верили — ибо Липсий также выступал апологетом конформизма с официальной Церковью — ради блага общества и государства. Тем лицам, которые в силу нравственных убеждений не могли пойти на такую сделку с совестью, Стевин рекомендовал уехать в другую страну, где официальная Церковь отвечает их верованиям.

Соответственно, даже в самых либеральных городах, таких как Харлем, Лейден и Гауда, взгляды Корнхерта не нашли поддержки. Для эразмиански настроенных регентов и «политиков» терпимость была чем-то практически недостижимым. Конечно, притеснения католического богослужения и образования в одних городах носили более ярко выраженный характер, чем в других. Но даже в самых либеральных городах все католические церкви, монастыри и другие учреждения были закрыты, а католическое образование жестко притеснялось. Небольшая католическая школа и жилье для студентов-католиков, открытые Виллемом ван Ассенделфтом в Лейдене в 1580 г., влачили жалкое существование, пока не были окончательно закрыты одиннадцать лет спустя. Многие регенты были огорчены тем, что Национальный синод в Мидделбурге осудил Колхаса, но магистральный призыв последнего к терпимости, «Синод свободы совести» (1582 г.), в равной мере не снискал симпатий.

Таким образом, «свободомыслящие» регенты, подобно своим коллегам-кальвинистам и знаменитому кальвинистскому политическому мыслителю из Вестфалии Иоганну Альтузию в его трактате «Политика» (1603 г.), одобряли «свободу совести», но отвергали свободу богослужения для католиков, диссентеров и евреев. Они также горячо желали урегулировать доктринальные разногласия внутри самой официальной Церкви. После своего первого столкновения с кальвинистской ортодоксией в 1591 г. Якоб Арминий, занимавший тогда кафедру проповедника в Амстердаме, был вызван изложить свои взгляды перед бургомистрами. Среди тех, кого заставил задуматься его диспут с другим проповедником, фламандским иммигрантом Петром Планцием, были несколько из наиболее либерально настроенных регентов в Амстердаме, включая Корнелиса Питерсзона Хофта и Лауренса Реала. Они не одобряли фанатизма Планция, но еще больше опасались тревожных для общества последствий ссоры. Бургомистры выразили пожелание, чтобы такие теологические расхождения были «преданы забвению», и чтобы Арминий и Планций «скрепили братскую гармонию» и помешали распространению своих аргументов среди верующих обеих конгрегаций.

Даже самые либеральные регенты были обеспокоены успехами лютеранского вероучения. Регенты не хотели препятствовать лютеранам-иммигрантам, будь то из Антверпена или Германии, селиться в своих городах. Но они опасались, что именно острое соперничество, которое разделяло реформатов и лютеран в Антверпене до 1585 г., ослабило сопротивление города католицизму и Испании, и поэтому годами отказывали «мартинистам», как их называли, в разрешении создавать свои конгрегации. В Амстердаме в 1587 г. и Утрехте в 1589 г. лютеране подвали прошения регентам с просьбой «дать им возможность иметь свою церковь» и свободно проповедовать свою доктрину. В ответ регенты начинали кампанию устрашения и давления, ограничив публичное исповедование лютеранства и позволив только негласные собрания небольших групп в частных домах.