С самого начала отношения между официальной Церковью и городскими властями, особенно в Голландии, были довольно сложными. Не кто иной, как регенты Голландии и Зеландии низвергли старую Церковь, конфисковали ее собственность, изгнали ее духовенство и отстранили от преподавания в школах ее учителей. Именно они узаконили «очищение» храмов от предметов культа и передачу их новой Церкви, пусть и под народным давлением. Но между кальвинистскими проповедниками и регентами существовали глубокие расхождения во взглядах на сущность Реформации — пункт, на который позднее делал упор Гроций. По выражению Гроция, если священнослужители следовали Кальвину, то регенты предпочитали Реформацию в духе Эразма (Роттердамского). Они тоже ненавидели «суеверия», коррумпированную церковную власть, злоупотребления духовенства и т.п. Они также стремились возродить духовную жизнь личности. Но если проповедники хотели подчинить личность и общество жесткому теологическому контролю и поставить под управление новой Церкви, регенты в большинстве своем (как и Вильгельм Молчаливый, отмечает Гроций) склонялись к мягкому, недогматичному протестантизму, который предусматривал существование только одной официальной Церкви, находившейся под защитой государственной власти, но избавлял общество и личность от ее всепроникающего строгого контроля.

К 1590-м гг. едва ли хоть один регент оставался открытым католиком. Но лишь незначительное меньшинство из них были ревностными кальвинистами, которые поддерживали чаяния реформатских проповедников. Большинство регентов были умеренными протестантами, которые внешне подчинялись правилам официальной Церкви, но не проявляли особого религиозного пыла, или даже, как Олденбарневельт, принадлежали к ней лишь формально. Это большинство выступало также решительно против того, чтобы позволить официальной Церкви установить подобие контроля над системой образования, книгопечатания, лицами, не принадлежавшими к ней, и регламентацией образа жизни, на что, по мнению проповедников, официальная Церковь имела полное право. В некотором смысле они были также более толерантными. Не соглашаясь с Корнхертом, считавшим, что свободу отправления церковных обрядов следует распространить на католиков, лютеран и меннонитов, они в то же время не шли на поводу у проповедников, настаивавших на принятии жестких мер для пресечения частных собраний анабаптистов, лютеран, евреев, спиритуалистов и католиков. Другими словами, они были более склонны попустительствовать католикам и диссентерам (противостоящим официальной конфессии — прим. ред.). Это принципиальное расхождение ярко проявилось в разногласиях по поводу интерпретации Революции. Для регентов это была борьба за свободу от гнета и тирании. Медали, выпущенные Голландскими Штатами в первые годы Революции, содержали изображение фригийского колпака (символ свободы) и превозносили борьбу за «свободу», но не провозглашали триумф реформатской церкви. На монетах, отчеканенных лейденским городским советом во время великой осады, имелись надписи «haec libertatis ergo» («Все ради свободы» (лат.)) и «pugnopropatria» («Я борюсь за свою страну» (лат.)), вызвавшие неодобрение у проповедников, считавших более уместным изречение «haec religionis ergo» («Все ради веры» (лат.)).

В конечном счете, официальная Церковь нуждалась в синодах и классисах ради того, чтобы блюсти доктринальную чистоту и не допускать теологических отклонений в своих рядах. Но голландские регенты также не собирались уступать эти прерогативы. Первые синоды объявили доктринальной основой Церкви кальвинистский Гейдельбергский катехизис и наделили консистории правом контроля над назначением проповедников и их поведением. Однако ни Штаты Голландии, ни Вильгельм Оранский не признали этого, и в 1576 г. Штаты разработали более эрастианский[86] «церковный порядок», передававший большую часть власти в назначении и смещении проповедников городским советам. Затем Национальный синод в Мидделбурге в 1581 г. вновь утвердил автономию официальной Церкви от гражданской власти в вопросах доктрины и назначений, в соответствии с актами Эмденского синода 1571 г. Эта проблема все еще остававшаяся нерешенной, когда прибытие Лестера в 1585 г. привело к временному уходу в тень Штатов Голландии. Лестер созвал новый Национальный синод в Гааге, на котором был принят строго кальвинистский «церковный порядок», направленный на то, чтобы отнять у городских советов власть в церковных делах, одновременно усилив государственную поддержку официальной Церкви. Несколько кальвинистских городов в Голландии, вставших на сторону Лестера — в особенности Амстердам, Дордрехт и Энкхёйзен, — приняли «церковный порядок» 1586 г., но большинство голландских городов его отвергли. После отъезда Лестера Штаты договорились о компромиссе, достижение которого во многом стало заслугой Олденбарневельта. Но это только обострило проблему, поскольку большинство городов, с одной стороны, и консисторий, с другой, отказались принять формулу Олденбарневельта. В Штатах Голландии отныне сложились три блока в отношении церковных дел: кальвинистские города, антикальвинистская эрастианская группировка — Гауда, Хорн, Делфт и Роттердам, — и умеренные, которые поддерживали Олденбарневельта, главным образом Харлем и Лейден.

На протяжении десятилетий после 1572 г. между регентами и синодами неоднократно происходили конфликты из-за не слишком ортодоксальных проповедников официальной Церкви. Наибольшую известность получили дела Каспара Колхаса, Хермана Хербертсзона и Хюберта Дёйфхёйса, в Лейдене, Гауде и Утрехте соответственно. Колхас, бывший монах немецкого происхождения, был свободомыслящим протестантским проповедником в Девентере в 1566 г., а затем реформатским проповедником в Лейдене. В 1579 г. он был вовлечен в спор по поводу того, должен ли городской совет принимать участие в выборе старейшин в консисторию, заняв при этом строго эрастианскую позицию. Он выражал также частичное несогласие с кальвинистской доктриной, в том числе о предопределении, и выступал за налаживание дружеского диалога с анабаптистами и лютеранами. Однако в глазах реформатов он еще больше опорочил себя тем, что сдружился с Корнхертом, разделяя его неприятие догматической теологии и его призыв к терпимости. Городской совет Лейдена попытался взять Колхаса под свою защиту, но был вынужден отказать ему в ней в 1581 г., когда Национальный синод в Мидделбурге формально осудил Колхаса и его учения.

Хербертсзон был проповедником схожего типа, в 1582 г. подвергшимся изгнанию из Дордрехта за неортодоксальные взгляды. В Гауде он отклонился от учения Гейдельбергского катехизиса, отвергал предопределение и, подобно Колхасу, приветствовал дружеский диалог с другими протестантами. Синод южной Голландии всячески пытался изгнать его из Гауды, но городской совет (который во многом одобрял деятельность и учение обоих проповедников) настоял на том, чтобы он оставался в городе в качестве ведущего священнослужителя до самой его смерти в 1607 г. Между тем в Утрехте отношения между кальвинистами и «вольнодумцами» были еще более враждебными, чем в Лейдене и Гауде. Хюберт Дёйфхёйс (1531–81), вдохновенный проповедник и уважаемая в городе личность, которому благоволил городской совет, был в прошлом католическим священником с протестантскими наклонностями, который придерживался либерального недогматического протестантизма с сильной примесью спиритуализма, и противостоял кальвинистской теологии. В политике Дёйфхёйс поддерживал линию Вильгельма Оранского, направленную на достижение терпимости и «религиозного мира». Его конгрегация в церкви Св. Иакова пользовалась покровительством городской элиты, но встретила яростное сопротивление со стороны кальвинистских цехов и ополчения. С приездом Лестера и победой кальвинизма в утрехтском городском совете в 1586 г. конгрегация Дёйфхёйса была распущена, а его духовное наследие подверглось гонению. Однако, после победы в 1588 г. «вольнодумцев» его память и влияние были официально реабилитированы.