Антилютеранская кампания в голландских городах в следующие два десятилетия была повсеместным явлением (подобно лишь чуть менее острой вражде к меннонитам), вызванным тем, что большинство населения оставалось еще неконфессионализированным, и опасением, что если официальный контроль ослабеет, то альтернативное вероучение воспользуется этим и увеличит свое влияние. Между тем масштабы распространения лютеранства в конце XVI в. в сознании голландцев были крайне преувеличены по сравнению с действительностью. Беженцы из Антверпена основали свои общины лишь в нескольких городах северных Нидерландов. Многие голландские беженцы-лютеране нашли убежище в Гамбурге. Как уже отмечалось, лютеранство сыграло значительную роль в протестантской пропаганде в Оверэйсселе и Гелдерланде в 1566 г. В то же время глубокий антагонизм между лютеранами и кальвинистами все более нарастал в Германии и приближался к голландским границам. Так, Гамбург в 1570-х–1580-х гг. проводил политику резкой нетерпимости по отношению к кальвинистам. В 1591 г. после смерти последнего графа Восточной Фризии, придерживавшегося реформатского вероучения, ему наследовал фанатичный лютеранин, граф Эдцард II. В результате в Восточной Фризии, и особенно в Эмдене, разгорелась ожесточенная реформатско-лютеранская борьба, перебросившаяся затем в Амстердам, Гронинген, Мидделбург и Утрехт.

Лютеранство считалось и, возможно, действительно было угрозой стабильности нового порядка. В 1590-х гг. амстердамский городской совет продолжал преследования городских лютеран, и в 1595 г. ввел запрет на лютеранское богослужение, пригрозив лютеранам изгнанием, если они не прекратят своих собраний. На короткое время прерванные вмешательством немецких лютеранских князей в 1597 г., репрессивные меры вскоре возобновились как раз в то самое время, когда Гамбург смягчил свое отношение к реформатскому культу, — и достигли апогея во время вспышки чумы 1602 г., которой воспользовался Планций для разжигания вражды к лютеранам. Только после 1602 г. Амстердам изменил свою религиозную политику и, по примеру Гамбурга, позволил сосуществование реформатской и лютеранской Церквей. Начиная с этого времени, лютеранская община в Амстердаме постепенно выросла с 76 человек в 1600 г. до 248 в 1617 г. Но из-за того, что община подвергалась гонениям и оставалась малочисленной вследствие официального давления до 1600 г., она потеряла свой первоначальный нидерландоязычный характер и постепенно стала «иностранной» конгрегацией немецкоязычных лютеран.

В Утрехте призыв лютеран к терпимости в 1589 г. встретил такую же реакцию, как и в Амстердаме. В Мидделбурге лютеране столкнулись даже с еще более нетерпимым отношением, чем в Амстердаме и Утрехте. В 1589 г. лютеранское богослужение в Мидделбурге было запрещено; община уцелела, но оставалась очень небольшой. Даже в Харлеме и Лейдене, городах, которые до 1618 г. оставались несколько более либеральными, чем Амстердам, и где лютеране имели более прочные позиции, они подвергались нажиму, сдерживавшему рост их общины. В 1596 г. лютеранский проповедник был изгнан из Лейдена, а новый был допущен в город только в 1606 г. Лютеранские общины, основанные в 1580-х гг. в Роттердаме, Гааге, Дордрехте, Гауде, Зволле и Кампене, переживали застой или росли лишь незначительно. Единственным местом в Соединенных Провинциях, где лютеране пользовались официальной терпимостью, был Вурден. В 1603 г. Штаты Голландии нехотя согласились, что лютеране в Вурдене могут продолжать свои церковные службы, но только до тех пор, пока будут воздерживаться от всяких диспутов с реформатами, проводить богослужение в разное время и не привлекать к себе излишнего внимания, угрожая в противном случае отменить их привилегии.

После 1605 г., когда в Амстердаме состоялся первый лютеранский синод, на котором присутствовали представители из Мидделбурга, Утрехта и нескольких голландских городов, нажим ослабел. В 1613 г. проарминианский городской совет Лейдена даже позволил лютеранам построить «общественную» церковь. В Харлеме городской совет (в 1596 г. запретивший лютеранское богослужение) позволил лютеранам открыть «общественную» церковь в 1615 г. Но такие уступки имели место лишь в городах, поддержавших ремонстрантов, а также в Амстердаме. На других территориях, даже в нескольких голландских городах, лютеране продолжали подвергаться притеснениям. В Дордрехте к 1613 г. лютеранам не возбранялось регулярно собираться в частных домах, но их петиция об «общественной» церкви, поданная в 1620 г., была отвергнута. Когда лютеране Энкхёйзена в 1623 г. построили церковь без соответствующего разрешения, городской совет приказал ее закрыть. В Утрехте ремонстранты пришли к власти еще до 1618 г., но только в 1620-х гг. тамошние лютеране смогли учредить свою церковь.

Анабаптисты также столкнулись с официальной нетерпимостью, особенно в первые четыре десятилетия существования Республики. Наиболее ожесточенной была антименнонитская кампания, развернувшаяся после публичного диспута между меннонитским проповедником Питером ван Кёленом и кальвинистом Йоханнесом Акронием в 1596 г. В мае 1598 г. Штаты Фрисландии издали декрет, запрещавший публичное отправление анабаптистского богослужения по всей провинции. Город Гронинген последовал этому примеру в 1601 г. Ряд суровых указов, направленных против меннонитов, появился в Леувардене, Снеке, Гронингене и соседних городах в 1599–1601 гг. В городском совете Амстердама в 1597 г. произошел раскол, вызванный тем, что «отцы города» так и не смогли прийти к единому мнению относительно того, как им реагировать на толпы людей, собиравшиеся на проповеди меннонитского проповедника из общины «молодых фризов» Любберта Герритса. В рамках стратегии на притеснение меннонитского богослужения в городе реформатская консистория вызвала Герритса на публичный диспут, на котором предполагалось заставить его отречься от теологических заблуждений в интересах «истины и спокойствия». Эта цель стала причиной беспорядков и заставила городские власти принять решительные меры по их пресечению.

Положение евреев не отличалось от других диссентеров. Небольшая община португальских евреев обосновалась в Амстердаме в конце 1590-х гг., и мелкие группы немецких евреев начали оседать с 1570-х гг. в некоторых частях Оммеландов. Но иудейское богослужение нигде официально не признавалось и не разрешалось. В 1604 г. группа португальских евреев из Амстердама, которые за несколько лет до этого жили в Венеции и Салониках, соблюдая все обрядовые предписания иудаизма, обратилась к городскому совету Харлема, тогда более либеральному, чем амстердамский, за разрешением на открытие «общественной» синагоги. Муниципалитет удовлетворил их ходатайство, но затея потерпела неудачу, отчасти из-за сопротивления реформатов. В 1610 г. португальские евреи предприняли новую попытку в Роттердаме, снова получили разрешение и сформировали свою конгрегацию. Но несколько лет спустя городской совет пошел на попятную, и жившая здесь группа из семи семей вернулась в Амстердам. В 1612 г. португальские евреи в Амстердаме при поддержке нескольких членов городского совета попытались построить синагогу, но (к немалому облегчению испанских священнослужителей в Брюсселе), реформатская консистория подняла вокруг этого такой шум, что совет был вынужден запретить это начинание.

Успехи католического возрождения и прогресс конфессионализации заметно отличались в той или иной местности. Верность католицизму в Республике (за исключением земель Генералитета) в XVII и XVIII вв. была на редкость неравномерной, отражая ту решающую роль, которую играли местные политические обстоятельства в оформлении процессов конфессионализации в первые полвека после Революции, когда население посредством убеждения и обучения выходило из состояния первоначальной духовной растерянности. В таких городах, как Утрехт, Харлем, Хорн, Алкмар, Амерсфорт и (на более позднем этапе) Амстердам и Роттердам, где политические условия позволяли трудиться, не скрываясь, существенному числу католических священников, сохранились численно крупные католические меньшинства. Напротив, католицизм оставался слабым там, где священникам было сложнее жить и поддерживать контакт со своей паствой.