После смещения Гримани венецианский флот действовал более успешно под руководством Бенедетто Пезаро, государственного деятеля и бывшего торговца, обладавшего опытом морских перевозок. Его критиковали за то, что он возил с собой любовницу, хотя ему было уже за семьдесят, и за то, что он обезглавил подчиненных, совершивших преступления, в том числе близкого родственника дожа Леонардо Лоредана. Но его восхваляли, когда под его водительством Венеция завершила завоевание островов в Ионическом море. Ради заключения мира он отказался от некоторых завоеваний. Можно лишь гадать, насколько изменилось бы положение Венеции, если бы венецианцы последовали призывам Пезаро восстановить свое владычество в Нижней Адриатике и на Ионическом море, где в то время оснащали галеры из городов, принадлежавших Венеции в Апулии, а не заключать мир с турками, чтобы оспорить с папой земли в Романье и с французами из-за владычества на севере Италии.

Турки считали флот придатком к сухопутной армии. Как только последняя завершала кампанию против венецианских крепостей (как в 1470, так и в 1500 году), флот отходил к Константинополю. Следовательно, ни Пьетро Мочениго, ни Бенедетто Пезаро не вели морских сражений с турецким флотом; ни у одного из них не появилось возможности доказать, что он способен действовать лучше, чем Николо да Канал, человек ученый, или Антонио Гримани, финансист, в сочетании действий легких галер, больших галер и «круглых» кораблей против такого же разнообразного флота противника.

Самый прославленный генуэзский адмирал следующего поколения, Андреа Дориа, их почти не превзошел. Он служил Карлу V, который был союзником Венеции в следующей войне с турками, и командовал союзным флотом во время битвы при Превезе в 1538 году. Его маневры в той битве стали результатом тайных указаний Карла, который надеялся избежать сражения и переманить на свою сторону турецкого флотоводца Хайреддина, однако оказалось, что делалось то же самое, что намеревался предпринять Гримани, а именно воспользоваться артиллерийским огнем с больших «круглых» кораблей для того, чтобы ослабить врага, и лишь потом бросить в бой легкие галеры. Отчасти Дориа удалось добиться успеха, так как с венецианской точки зрения единственным блестящим положением во всех отношениях обескураживающей битвы была оборона, предпринятая венецианским большим кораблем нового типа, называемым «галеоном». Его отрезали и окружили турецкие галеры, но галеон отбивался пушечными залпами. Маневрирование Дориа в тот день в целом было неудачным, ибо, хотя его флот и не был уничтожен, он вынужден был в беспорядке отступить, а моряки были деморализованы. В течение следующих 30 лет турки считали себя хозяевами на море. Под водительством таких флотоводцев, как Хайреддин, флот Османской империи стал не просто придатком армии, но независимым оружием.

Конечно, сложные проблемы создавались благодаря сочетанию гребных галер и судов, зависевших всецело от ветра, в едином флоте в то же время, когда пушки становились все более эффективными. Однако стоит отметить, что ни в одном крупном морском сражении, где участвовало сочетание обоих типов судов, венецианские флотилии не находились под командованием самых опытных адмиралов Сиятельнейшей. Венецианская политическая система действовала так, чтобы в решающие годы поручить высшее командование на море людям, чьи способности проявились не на военном или морском поприще, а в других сферах деятельности. Теоретически главного капитана выбирал Большой совет, но этот совет просто одобрял кандидата, предложенного сенатом. В начале войны, когда велики были надежды на победу, к командованию флотом стремились те, кто уже добился успеха в административной и дипломатической сферах; они надеялись стяжать и военные лавры, чтобы позже выиграть выборы на пост дожа. Такие люди терпеть не могли укреплять дисциплину наказаниями, так как из-за строгих мер могли нажить себе врагов в важных семьях.

Обязанности на посту главного капитана в самом деле требовали, наряду с талантами полководца и моряка, искусства дельца и дипломата. Например, в распоряжениях, отданных Виченцо Капелло, опытному флотоводцу, который был главным капитаном в 1538 году, подробно оговаривались три пункта: 1) как ему взаимодействовать с Андреа Дориа и папским адмиралом; 2) он должен был обсудить два контракта на поставку необходимого количества корабельных сухарей, и 3) как ему распределять вверенные ему монеты, около 100 тысяч дукатов. Судя по содержимому инструкций, политическая и финансовая составляющие его положения больше всего заботили сенат и Совет десяти. Куда больше подчеркивалось надлежащее администрирование, чем военная тактика или боевой дух.

В самом деле, роль управления все больше возрастала. Размер флота, который выслал в 1470 году из Константинополя Мехмед Завоеватель, поразил венецианцев и вынудил подготовить флот, почти вдвое превышающий размерами те, что снаряжались в начале века. В следующем столетии, после того как Османская империя и Испания расширили морское владычество, венецианские флотилии снова увеличились вдвое. Каждую осень многие разоружались, но значительное количество судов держали на море в течение всего года. Флотилии такого размера, к тому же постоянные, требовали наличия военно-морских баз с большими запасами сухарей, пороха, весел и других припасов. Цепь таких баз от Корфу до Кандии и далее до Фамагусты достаточно четко очерчивала воды, в которых действовали венецианские флотилии. Наличие главной базы в конце цепи упрощало стратегическую задачу сосредоточения сил и защиты линий снабжения, однако усложняло логистическую проблему хранения надлежащих запасов продовольствия и боеприпасов в отдаленных поселениях (на аванпостах).

Самым разительным успехом Венеции в ответе на турецкую угрозу стало увеличение выпуска продукции на главной базе. Арсенал стал вдвое больше по сравнению с тем временем, когда кишащие там толпы и грязь вдохновили Данте Алигьери. В 1473 году, проявив дальновидность, несмотря на войну, сенат приказал построить дополнительное здание, названное Новейшим арсеналом, чтобы, помимо строительства и оснащения торговых галер, в Арсенале можно было сооружать и хранить под крышей резерв кораблей, способных тягаться с внезапно появившимися многочисленными турецкими флотилиями. Резерв, как правило 25 галер, в XV веке увеличился до 50. Позже, когда для войны 1537–1540 годов оснащались флотилии, состоявшие более чем из 100 галер, резерв состоял из 100 легких галер, 4 (позже 10) больших галер, 8 бирем и 16 связных и разведывательных легких судов. К тому времени в Новейшем арсенале было построено достаточно крытых ангаров и бухт, и почти все резервные галеры хранились под крышей. 25 вооруженных и оснащенных галер должны были стоять в бухтах, чтобы их можно было быстро укомплектовать и выпустить в море. Остальные суда «законсервированного флота», как называют его в современных США, хранились на суше, их можно было спускать на воду после того, как их проконопатят. По мере того как торговые галеры выходили из употребления, содержание этого резерва в 100 галер стало главной целью деятельности Арсенала, и так было до 1633 года, когда количество резервных судов сократили до 50.

100 законченных, но неиспользуемых галер, ждущих в резерве, составляли идеал, который достигался редко – если достигался вообще. Пик деятельности Арсенала пришелся на 1560-е годы, когда Арсенал старался поддерживать такой резерв и в то же время в течение многих лет должен был спускать на воду от 40 до 60 галер из-за размера турецкого и испанского флотов, которые, как надеялись в Венеции, должны были воевать друг с другом, но цели которых всегда оставались сомнительными. В те годы в Арсенале, чья территория занимала 60 акров, трудились около 2 тысяч человек; в случае необходимости их количество увеличивали до 3 тысяч, а в самые спокойные времена число работников не было меньше тысячи человек. Арсенал был самым крупным промышленным предприятием во всех христианских странах, а может быть, и во всем мире.