Новая экономическая политика, введенная большевиками как реакция на Кронштадтское восстание, получила самые негативные оценки со стороны анархистов. Так, принятая совещанием ВСАУ «Резолюция о Советах» охарактеризовала НЭП как государственный капитализм. Впрочем, здесь позиция анархистов была не столь однозначна. Так, активисты ВСАУ признавали замену продразверстки продовольственным налогом прогрессивным шагом, в определенной степени соответствующим интересам крестьян. Но они однозначно отвергли необходимость введения свободной торговли, указывая, что это противоречит интересам крестьянства и лишь развитие обмена через кооперацию и профсоюзы является достойной альтернативой НЭПу: «Имя такому методу, который в свободном своем развитии должен заменить обмен организованным обслуживанием потребностей, – свободная кооперация. Поэтому мы всегда боролись против государственной монополии и никогда не являлись сторонниками свободной торговли». Так, Якобсон указывал, что в условиях свободной торговли «крестьянин определенно попадает снова в капиталистические лапы», поскольку «излишки крестьянина идут в закрома концессионеров и торговцев». Восстановление свободы торговли, утверждал он, неизбежно приведет к восстановлению капиталистических отношений во всех секторах экономики: «Торговый капитал неизбежно пробьет дорогу промышленному капиталу. Неизбежно должно появиться частное капиталистическое производство, а за ним банки и полное восстановление частной собственности. […] Несомненно он найдет сильное подкрепление в иностранном капитализме, который вольется к нам через концессии». В качестве альтернативы НЭПу Якобсон выдвигал создание классовой организации крестьянства, подготовку «производственных рабочих союзов» к «овладению производством» и возрождение независимой от государства рабочей и крестьянской кооперации. Эту же позицию выражали и резолюции ВСАУ «О задачах профессиональных союзов» и «Тезисы производственной и потребительской рабочей кооперации».

Весьма важным было принятие анархистами-универсалистами лозунга создания крестьянских союзов, выдвинутого ранее крестьянами-повстанцами. В ряде следственных дел активистов анархистских организаций за этот год можно обнаружить рукописи, где развивается идея о необходимости создания всероссийской крестьянской организации, которая защищала бы социально-экономические интересы крестьянства, вела просветительскую и кооперативную работу. Так, Владимир Бармаш писал в очерке «В глуши Советской России», изъятом у него чекистами при аресте в мае 1921 г.: «Поднятие культуры, помощь хозяйству, организация показных, опытных хозяйств, выставки, доклады, премии передовым хозяйствам, поднятие всего сельского хозяйства в целом и развитие кооперативных начал в деревне – вот те задачи, которые стоят сейчас перед деревней с одной стороны, и организация в волостные, уездные, губернские и наконец во всероссийский крестьянский союз мужиков-земледельцев».

Анархисты-универсалисты открыто писали о необходимости восстановлении независимых профсоюзов: «Государство, возглавляемое партией большевиков, сделавшись вершителем политических и экономических судеб рабочего класса, уничтожило свободу и независимость профсоюзов, превратив их в органы власти, наделив их функциям проведения воинских и других повинностей. […] Профсоюзы остались жить юридически, но их нет фактически». Эта же позиция была выражена в резолюциях ВСАУ.

Наблюдается процесс роста рядов анархистских организаций, несмотря на репрессии. В основном это связано с массовым недовольством политикой «военного коммунизма», а затем и НЭПа, против которых последовательно выступали анархисты. Так, по данным ДонЧК, на почве «кронштадтских настроений» в феврале-сентябре 1921 г. численность анархистов в Донской обл. выросла в 5 раз. В конце 1920 – середине 1921 гг. в этом регионе действовала 21 анархистская группа.

На период Кронштадтского восстания пришелся пик деятельности подпольной анархо-максималистской организации в Ижевске, образованной весной 1921 г. Во главе нее стояли местные эсеры-максималисты, но в ее состав входили анархисты Т. Ивакина, Т. Силантьев и Ю. Перельман. Организация готовила восстание, переправляя в уезды оружие для недовольных политикой большевиков крестьян и дезертирских отрядов. Кроме того, группа осуществила экспроприацию кассы инструментальной мастерской ижевских заводов. Вскоре милиция вышла на след экспроприаторов, и двое максималистских боевиков погибли в перестрелке. В ответ в ночь на 27 марта Силантьев и максималист Плотников застрелили большевика С. Сайфутдинова, а остальные боевики провели обыски в квартирах членов РКП(б). Вскоре, создав фиктивную группу подпольщиков, чекисты вышли на анархо-максималистов. 6 апреля организация была разгромлена, но ее основные участники скрылись. В частности, анархисты бежали в Самару.

Во время и после Кронштадтского восстания чекисты приступили к операциям против анархистов в Петрограде и Москве. 28 февраля был издан приказ ВЧК «Об усилении борьбы с контрреволюцией», предписывавший всем губчека:

«1. Изъять в подведомственном вам районе всех анархистов, эсеров и меньшевиков из интеллигенции, особенно служащих в земотделах, продорганах и распределительных учреждениях.

2. Изъять активных эсеров, меньшевиков и анархистов, работающих на заводах и призывающих к забастовкам, выступлениям и демонстрациям».

Согласно «Акту о состоянии дел секретно-оперативной части Петроградской губернской ЧК» от 17 ноября 1921 г. в анархистские организации Петрограда были внедрены 8 осведомителей. Всего во время антианархистской операции, проведенной осенью 1921 г., были арестованы 104 анархиста, на которых завели 29 дел. 25 чел. были освобождены, но 78 оставлены под арестом. На учет было взято 60 анархистов.

Часто массовые аресты предпринимались как реакция на проходившие параллельно народные восстания. Так, реакцией на Кронштадтское восстание стали и аресты анархистов в Москве. 9 марта 1921 г. ВЧК арестовало сотрудников издательства «Голос труда» Т.А. Полозову и П.П. Герасимчика, а затем закрыли на время расследования принадлежавшие издательству книжные магазины, склад и типографию в Москве и Петрограде, обвинив анархо-синдикалистов в связях с ИБ РКАС и фактически запрещенной КАУ «Набат». Одновременно в Москве были проведены аресты среди анархистов всех течений по обвинению в контрреволюционной агитации вплоть «до открытого призыва к свержению Советской власти с оружием в руках». 8 марта были арестованы около 20 активистов РКАС и близких к ним организаций, в том числе Г. Максимов, для которого это был уже пятый арест, Е. Ярчук и Г.В. Горелик. Максимов тут же начал голодовку, требуя освобождения. В апреле 1921 г. в городе Уральске по доносу руководства членов губкома РКП(б) была арестована группа анархо-синдикалистов, насчитывавшая около 10 чел. Были исключены из РКП(б) и сочувствовавшие им большевики.

Во время Западно-Сибирского восстания за ведение анархистской пропаганды среди красноармейцев и курсантов и критику большевистской диктатуры 10–11 апреля 1921 г. были арестованы 10 активистов Омской федерации анархистов.

Зимой-весной 1921 г. власти начали чинить серьезные препятствия деятельности анархистов-универсалистов. В Москве политика ВЧК, как выразился в докладной записке о ВСАУ Самсонов-Бабий, была достаточно гибкой: «В отношении универсалистов наши репрессивные меры применяются, однако, чрезвычайно осторожно, позволяя себе, поскольку это нам необходимо, заигрывания». Зимой 1921 г. МЧК были закрыты Краснопресненский и Сокольнический районные клубы анархистов-универсалистов.