Окрестностям монастыря Никон дал палестинские названия. Так, гору, откуда царь любовался открывшейся панорамой, он назвал Елеонской, а реку Истру – Иорданом; возвышенность за Истрой, у подножия которой растилались поля и луга, – горой Фавор; рощу между рекой и обителью – Гефсиманским садом и т. д. Библейская тема нашла свое отражение и в названиях проездных ворот и башен возводившегося монастыря: Гефсиманская, Сионская, Дамасская башни и др.

Даже после своего отречения от патриаршества Никон по-прежнему обладал неограниченными экономическими возможностями и потому смог привлечь к устроению обители сотни талантливых мастеров со всей земли Московской и из соседних государств. Отсюда и новые художественно-эстетические принципы в архитектуре монастырского ансамбля. Так, ротонда собора завершалась грандиозным шатром, возведение которых Церковь не поощряла. Примечательно, что Никон, сам выступавший против шатрового завершения храмов как формы нецерковной, распорядился создать самый грандиозный каменный шатер в истории русского зодчества.

Неизгладимое впечатление производил Воскресенский собор и изнутри. Алтарь его имел 5 престолов – для пяти Вселенских патриархов. В глубине алтаря располагалось «горнее место», к которому амфитеатром поднимались ступени. В центре стоял патриарший трон, на котором должен был восседать в богатейшем облачении патриарх Никон, окруженный сонмом духовенства.

Недалеко от обители, за небольшим оврагом, располагался Никоновский скит. Через ворота Елизаветинской башни владыка по широкой каменной лестнице спускался в Гефсиманский сад, переходил Истру-Иордан и добирался до своей «пустыни», куда уединялся для молитвы и богомыслия – особенно в дни святых постов. Скит представлял собой постройку в 4 этажа – с выступами, башенками и плоской крышей, на которой стояла восьмигранная церковь во имя святых апостолов Петра и Павла, окруженная открытой террасой. К скиту относились маленькая звонница и келья патриарха – «палатка», куда выходила очень узкая винтовая лестница, соединявшая все этажи здания. В нижнем (полуподвальном) этаже размещались хозяйственные службы, на втором этаже – трапеза и две небольшие кельи, на третьем – домовая церковь во имя Богоявления Господня и три жилые комнаты, на четвертом – спальня с каменным ложем.

За 8 лет пребывания в Воскресенской обители патриарх Никон успел закончить почти весь храм, в котором освятил три церкви: Голгофскую (верхнюю) – свое любимое место служения; под ней – церковь во имя Иоанна Предтечи, в северной части храма – во имя Успения Пресвятой Богородицы.

В 1665 г. Воскресенский собор был украшен многоцветным изразцовым поясом «павлинье око», выполненным мастером Степаном Ивановым (по прозвищу Полубес). На монастырском холме, названном Сионом, кроме главной святыни – храма Воскресения Христова с Голгофой и Кувуклией, – патриарх Никон задумывал построить еще храм – наподобие того, что устроен в Вифлееме на месте Рождества Иисуса Христа. Однако из-за воздвигнутых гонений, суда и 14-летней ссылки он не успел всего этого осуществить, и это в конце XVII в. исполнили его ученики.

По низложении патриарха строительство «великой каменной церкви» остановилось на 13 лет, и все это время она была «в презрении». После посещения обители царем Федором Алексеевичем и во многом благодаря стараниям его тетки, царевны Татьяны Михайловны, в 1679 г. продолжилось строительство храма, и уже в 1685 г. он был освящен. В конце XVII в. деревянную ограду монастыря заменили каменной стеной с 8 многоярусными шатровыми башнями. Возводили стену под руководством талантливого зодчего Якова Бухвостова; и хотя стена не предназначалась для обороны, она имела переходы на арках и кровлю, что придавало ей неприступный вид.

Однако судьба Воскресенского храма оказалась трагичной: в 1723 г. рухнул кирпичный шатер, облицованный мраморными плитами, а три года спустя сильный пожар уничтожил внутреннее убранство собора. Только в 1749 г. по проекту знаменитого петербургского зодчего В. В. Растрелли началось восстановление шатра, которым руководил опытный московский архитектор К. Бланк. Каменный шатер заменили деревянным с 75 люкарнами (овальными слуховыми окнами), расположившимися в три яруса.

По проектам замечательных мастеров эпохи русского классицизма подверглись переделкам и некоторые из приделов собора. Особенно красивой получилась полуротонда в приделе святой Марии Магдалины, выполненная по проекту М. Казакова. Важно отметить, что при восстановлении внутреннего убранства собора строители XVIII в. бережно сохранили уцелевшие от пожара изразцовые отделки стен и несколько изразцовых иконостасов XVII в.

Восстановление главного собора монастыря после разрушения ротонды и случившегося пожара проходило в период управления обителью архимандрита Амвросия, которого называют «вторым устроителем обители». В 1744–1766 гг. он при помощи своего брата-художника и его учеников создал единственное в своем роде живописное убранство храма. В иконах и настенной росписи собора воплотилось православное учение о прообразовательном смысле Ветхого Завета по отношению к Новому. В то же время они служили пояснением к особенностям строения храма и чинопоследований, присущих ему как подобию иерусалимского храма Гроба Господня. От последнего он воспринял необычайно сложное строение, множество приделов (29 вместо 14), особенности Устава и богослужений, утвержденных еще патриархом Никоном.

В XIX в. у южных ворот в Воскресенский храм богомольцев встречала надпись:

«Всякая душа благочестивая, желающая пречудный храм Воскресения Христова, иже в Иерусалиме, видети и тамо в нем сущим святым местам поклонитися, но ради расстояния дальнего оного дойти не могущая, созерцая семо, вшедши и разумей внутр заключенных вещей душеполезную тайну, яже Спаситель твой тамо между неверными, здесь же среди благочестивых христиан в воспоминание Спасителевых страстей, смерти и тридневного Воскресения в сем храме Ново-Иерусалимском представляет».

И действительно, Воскресенский Ново-Иерусалимский храм стал местом паломничества всякой благочестивой души. Потому что ценность живописного убранства Воскресенского собора определялась не только художественными достоинствами икон и росписей, а еще их содержанием и связью, в которых излагалось поучение об истинах Веры и о Страстях Христовых. И сам Новый Иерусалим – это не топографическая копия, она подобна Святой Земле «не мерою», но «образом и добротою». Со времени своего основания и в течение 250 лет Воскресенский монастырь оставался таким, каким его задумывал патриарх Никон – духовным, богословским, культурным и паломническим центром. Он оставил обители богатейшее собрание рукописей и книг, собрал в ней немало ученых людей; заводил школы для детей, в которых они учились грамоте, иконописному, колокольному и другим ремеслам.

Бывший патриарх первым приходил на строительство и оставлял его последним. Он копал возле монастыря пруды, разводил в них рыбу, строил мельницы, разбивал огороды и фруктовые сады, трудясь наравне с работниками. Не забывал Никон и о делах милосердия: он повелел принимать всех странников и в течение трех дней держать их за счет монастыря. А когда в обитель приходили утомленные походом ратники, он сам угощал их и омывал им ноги, как того требует заповедь Евангельская.