Учреждения для заботы о больных и несчастных стали одним из проявлений религиозного пыла католической реформации.

Таким же своеобразным было и отношение Венеции к еретикам. Инквизиции разрешалось действовать лишь при участии трех мирян. Еще одна группа мирян-магистратов подавляла богохульство, а главы Падуанского университета осуществляли повседневную цензуру. Хотя еретиков иногда приговаривали к смерти, казни проводили тихо, а не публично ради укрепления веры, как в Испании. Пропаганда протестантизма была запрещена, его терпели лишь в самой малой степени, как забаву интеллектуалов и скептиков или как религиозные обычаи немногочисленных иностранцев: немецких купцов, обитавших в Фондако-деи-Тедески, процветающей колонии немцев-пекарей и немецких студентов в Падуе. Что касается колонии православных греков, правительство Венеции добилось в Риме права для них пользоваться своим календарем. Евреи и мусульмане отправляли обряды в своих кварталах или на своих постоялых дворах. Венеция, конечно, отнюдь не была поборницей защиты свободы мысли. Когда папский нунций попросил выдать Джордано Бруно римской инквизиции в связи с его еретическими идеями относительно Троицы, сенат употребил свою власть, назначив следствие, а затем с готовностью согласился. Но людям с самыми разными взглядами так или иначе удавалось жить в Венеции, как им хотелось, думать, как им хотелось, лишь бы они не нападали на правительство. Если появлялись надписи, поносящие дожа, что случалось часто, Совет десяти налагал на неизвестных авторов ужасные наказания.

Разногласия с папой обострились в 1605 году, когда Венеция распространила на свои материковые владения обычаи, традиционные в лагуне. Совет десяти арестовал двух священников из области Венето, обвиненных в преступлениях, за которые, по словам папы, их должны были судить только церковным судом. Примерно в то же время приняли закон, ограничивавший владение церковью собственностью и ее приобретение. Церковные земельные владения в Венето заметно расширились и обогатились с тех пор, как материковая часть попала под власть Венеции, отчасти благодаря пожертвованиям, но, до значительной степени, благодаря хорошему управлению в монастырях, работам по мелиорации и ирригации. Правительство сочло необходимым ограничить церковное владение недвижимостью, как давно уже было сделано на побережье лагуны, чтобы доход от избыточных угодий не перешел под контроль Рима.

Папой в то время был Павел V, выдающийся знаток церковного права. Объявив, что действия Венецианской республики идут вразрез с каноническим правом, он потребовал отменить законы, касавшиеся церковной собственности, а криминальных священников передать церковным властям. В противном случае он угрожал отлучить правителей Венеции от церкви и издать интердикт, запрещавший отправление религиозных обрядов на территории республики. Такие же угрозы незадолго до того окончились усилением папской власти в Генуе, Ферраре и Лукке. И разве сама Венеция в прошлый раз, когда подверглась отлучению, а именно в 1509 году, во время войны с Камбрейской лигой, не подчинилась? Уверенный в своих правах и в поддержке Испании, Павел V ожидал, что Венеция быстро уступит.

В то время, когда папа недвусмысленно угрожал Венеции, там выбирали нового дожа. Им стал Леонардо Дона, чья карьера доказывает, что, несмотря на коррупцию, на которую ранее жаловался Марино Сануто и которая становилась все более всеохватной, некоторые венецианцы побеждали на выборах на высокие посты благодаря своему усердию и способностям. В молодости Леонардо Дона не командовал галерой и не ходил в торговые рейсы, как его младшие братья, но занимался государственными делами: он служил секретарем у своего отца, писал для него письма, когда стал членом Торговой палаты. Он сопровождал отца, когда тот стал губернатором Кипра. Подобно молодому Алессандро Магно, Леонардо Дона вел подробные записи во время путешествий; более того, Леонардо воспользовался поездкой и исследовал кипрские архивы, чтобы узнать все, что можно, о различных частях Кипра и тамошних учреждениях. Во время более поздней поездки в Вену он делал записи о языках, на которых говорят в местностях, по которым он проезжал по пути, и о дорогах, нуждающихся в ремонте. Мысли и записи Леонардо занимали государственные дела, а не торговля. К 40 годам он показал способности на многих должностях, славился красноречием и вошел во «внутренний круг» правительства, став членом совета «больших старейшин». 30 лет спустя, после выполнения многих щекотливых заданий и постоянного чередования важных постов в Венеции, в 70 лет он стал главой партии «молодых», и его избрали дожем благодаря их уверенности в том, что он сохранит суверенитет и независимость республики вопреки папе.

Леонардо Дона был человеком крайне набожным, им руководило суровое чувство долга, он остался холостяком и всю жизнь хранил обет целомудрия, принятый в юности. Он верил в то, что мирянин может руководствоваться собственным чувством справедливости, а не религиозными догмами. Его совесть была спокойна, и он нимало не беспокоился из-за того, что лично его отлучат от церкви. Много раз он представлял Венецию в Риме на спорах по мирским вопросам, где всегда присутствовала угроза того, что папа воззовет к своей духовной власти, как поступил Юлий II в 1509 году. Для таких людей, как Леонардо Дона, частности в 1606 году были не столь важны, сколь общий принцип: республика должна доказать, когда дошло до раскрытия карт, что такие угрозы не заставят ее подчиниться.

Под руководством Дона в противовес папскому интердикту приняли указы, запрещающие издание интердикта на территории Венецианской республики; священникам, которые намеревались ему подчиниться, угрожали смертью. На самом деле никого не казнили, хотя нескольких священников посадили в тюрьму и отправили в ссылку, но юридическая угроза смерти сделала повиновение республике простительным с клерикальной точки зрения. Помимо применения своей политической власти для принуждения к подчинению, республика бросала папе вызов на интеллектуальной и религиозной почве. Венеция официально подала протест, в котором утверждала, что интердикт недействителен, а извращение папской власти настолько сильное, что подчиняться такому интердикту – грех. Власть папы тогда находилась на подъеме, она возрождалась, и отважное сопротивление, оказанное ей в Италии, к тому же представителем общественной власти с помощью печатного станка, привлекло внимание всей Европы.

Правоту Венеции отстаивал выдающийся оратор Паоло Сарпи. Он был не аристократом, но выходцем из духовенства, представителем среднего класса граждан Венеции. Чудо-ребенок, который вначале отметился в изучении натурфилософии и лишь позже обратился к юриспруденции и истории, Сарпи принадлежал к группе людей, у которых сенат просил совета и юридических обоснований своим решениям. Составленные им сводки сенат нашел такими продуманными и подробными, что много лет полагался на него. Ему дали официально оплачиваемый пост советника теологии и церковного права. В Риме его и Леонардо Дону считали ответственными за введение Венеции в ересь, ведущие римские ученые вострили против него перья. Юристы Падуанского университета встали на сторону Венеции, представители Болоньи поддерживали Рим. Дабы удовлетворить широкий интерес к делу во всей Европе, издавались антологии, в которых содержались избранные произведения авторов с обеих сторон.