Мехмед Али укрепил свои позиции в Египте, и Махмуд был бессилен его сместить. Пост губернатора Фессалоник, предложенный ему в 1806 году, оказался недостаточно привлекательным, хотя в действительности Мехмед Али был просто необходим для того, чтобы восстановить поруганную честь Османской империи в Хиджазе, где экспансия ваххабитов была в равной степени нежелательна и для Мехмеда Али, и для центрального правительства. В 1811 году началась военная кампания, всю ответственность за проведение которой возложили на Мехмеда Али, хотя имелись некоторые сомнения в отношении того, насколько можно ему доверять, и не присоединит ли он к своим владениям Мекку и Медину. Кампания продолжалась до 1813 года, и к этому времени Мекку и Медину удалось отвоевать у ваххабитов. Сын Мехмеда Али, Ибрагим-паша, был назначен главнокомандующим вооруженными силами в Хиджазе. К 1818 году он захватил столицу саудитов Аль-Дирайя (ныне пригород Эр-Рияда) и сровнял ее с землей, а эмира саудитов отправил в Стамбул, где тот был обезглавлен. В качестве вознаграждения Ибрагима назначили губернатором Хиджаза.

В работах по истории Османской империи XIX века слишком часто говорится о возникновении национальных движений на Балканах как о неизбежном результате «плохого правления» турок в этом регионе и утверждается, что балканские христиане якобы столетиями оказывали героическое сопротивление османским завоевателям, ожидая, когда наступит подходящий момент, чтобы окончательно освободиться. Но такое мнение обходит стороной и сложные исторические процессы, которые привели к расчленению империи, и события, имевшие прямое отношение к формированию каждого из государств, появившихся на ее территории в XIX веке и в начале XX столетия. В данном случае важнее история того времени в целом, а не история сепаратистских националистических движений, участниками которых были христианские подданные, жившие на Балканах, входивших в состав Османской империи. Однако в исторических работах, появившихся в этих государствах, роль националистических движений настолько преувеличена, что мешает пониманию позднего периода империи.

Так, путь, который привел к созданию современного греческого государства, весьма отличался от той прерывистой череды событий, в результате которой появилась независимая Сербия. Жители Пелопоннеса, несомненно, помнили антитурецкое восстание 1770 года, но в начале XIX века у России были другие заботы, и теперь она уже не провоцировала волнения среди своих православных единоверцев, живших в этом отдаленном и отсталом регионе Османской империи, а оказывала помощь только сербам. Тепеделени Али-паша, который с конца 80-х годов XVIII века властвовал в Янине, обладал почти полной независимостью на подконтрольных ему территориях, которые в момент его наивысшего могущества включали в себя значительную часть сегодняшней континентальной Греции и Албании. Эти территории отличались здоровой экономикой, а такие социально опасные явления, как пиратство и бандитизм, находились под постоянным контролем. И хотя он преследовал свои собственные цели и часто проводил независимую экономическую и внешнюю политику, в целом он занимал примирительную позицию в отношениях со Стамбулом. Поэтому, вопреки проводимой султаном Махмудом политике подавления провинциальных аристократов, правительство, проявляя осмотрительность, не спешило на него набрасываться: когда в 1819 году османские политики обсуждали этот вопрос, некоторые из них, обнаружив признаки надвигающегося восстания на Пелопоннесе и Эвбее, опасались, что в такой ситуации вступление в борьбу с Тепеделени Али грозит непредсказуемыми последствиями. Однако в 1820 году после долгих обсуждений в государственном совете султан объявил Тепеделени Али мятежником и направил против него войска, что побудило его поднять антитурецкое восстание в Греции и Албании. Стремившаяся подавить сопротивление Тепеделени Али султанская армия стала испытывать большие трудности, но оставив без внимания советы главнокомандующего войсками в этом районе, Ахмеда Хуршид-паши, правительство настояло на том, чтобы он выполнял только поставленную перед ним задачу, а не посылал войска для подавления беспорядков на Пелопоннесе. Эти беспорядки приобрели форму нападений на мусульманские общины и на символы власти Османской империи. Помимо этого в регионе усилился бандитизм.

Принято считать, что 1821 год знаменует начало движения за независимость Греции от Османской империи. Верное своей политике подавления балканских аристократов, правительство в Стамбуле, похоже, не понимало, какими опасностями грозит вакуум власти на местном уровне. Не понимало оно и того, что, бросив все свои силы на подавление Тепеделени Али, оно оставляет в своем распоряжении лишь немногочисленные войска, которые могло использовать для подавления волнений в других местах. Теперь 25 марта греки ежегодно отмечают свою независимость в память о том дне 1821 года, когда в знак открытого неповиновения османским властям митрополит Старых Патр Герман поднял крест в расположенном на севере Пелопоннеса Калаврите. Неудовлетворенный реакцией своих министров на этот бунт Махмуд в конце марта отправил в отставку великого визиря и шейх-уль-ислама. Правительство призвало православного патриарха Григория V отлучить мятежников от церкви и использовать ее влияние для восстановления порядка. Однако как только масштабы беспорядков на Пелопоннесе стали ясны, его незамедлительно повесили (в пасхальную среду, 22 апреля 1821 года) у ворот патриархата в Стамбуле. Считалось, что он лишился доверия, которое султан оказал ему как лидеру православных подданных империи. Это стало нарушением договоренности между султанами и патриархами, восходившей к эпохе правления Мехмеда Завоевателя.

В марте 1821 года Тепеделени Али-паша оказывал сопротивление османским войскам на западе Балканского полуострова, и адъютант русского царя, генерал и князь Александр Ипсиланти, который заявлял, что его предками были представители благородного византийского рода Комнинов, возглавил небольшую армию, которая перешла Прут и двигалась на юг в надежде получить поддержку со стороны антитурецких элементов в Молдавии и Валахии. Когда известие об этом дерзком походе достигло Стамбула, патриарх предал анафеме и самого Ипсиланти, и его сподвижников, объявив их «безбожными командирами, безрассудными перебежчиками и вредоносными изменниками». Но его все равно повесили. Османское правительство было обескуражено и приняло меры, направленные на то, чтобы разоружить православных греков, которые составляли немалую часть населения Стамбула и Эдирне, а также других крупных городов. Впрочем, в то же самое время султан издал указ, направленный на то, чтобы оградить греков от нападений мусульман. Ипсиланти удалось ненадолго взять в свои руки управление Молдавией, но Валахия находилась в состоянии хаоса (вызванного антибоярским восстанием под предводительством командира ополчения Тудора Владимиреску), а в конце июня его малочисленные войска были разбиты османской армией. Русское правительство не оказало ему поддержку, а сербский князь Милош Обренович (преемник Карагеоргия) не смог ответить на предложение о совместном противодействии туркам. На самом деле неизвестно, была ли экспедиция Ипсиланти скоординирована с беспорядками на Пелопоннесе, или же это был донкихотский поступок человека, мечтавшего о воссоздании на территории османских Балкан Византийской империи, в которой на смену исламу придет православное христианство.