В то же время среди донских казаков раскольники до того умножались, особенно по реке Медведице, что отсюда начали действовать вооруженной рукой. В 1688 году против них двинулся донской атаман Кутейников с отрядом и осадил построенный ими городок Кузьмин (названный по имени их расколоучителя Кузьмы Косого). Осада, однако, была неуспешна, и только в следующем году атаману Аверкиеву удалось взять и разорить городок, а защитников его перебить. Другие толпы раскольников, теснимые войском, ушли с Дона в землю тарховского шамхала и там поселились. Вообще немало русских приверженцев старой веры начали тогда спасаться от гонений в соседние страны, особенно польские и шведские пределы.

Меж тем как приверженцы старой веры обвиняли русскую иерархию в искажении православия разными ересями, заимствованными от латин и новогреков, в самой этой иерархии не было единодушия. Среди нее обозначались два главных течения: латино-польское и собственно греческое. Проводниками первого были киевские ученые домогилянского периода, с известным иеромонахом Симеоном Полоцким во главе; а во главе грекофилов явились известный старец Епифаний Славинецкий, киевский ученый домогилянского периода, и патриарх Московский Иоаким. Латинствующая партия была сильна не числом своим, а значением при дворе, где, кроме личного влияния царского наставника, то есть С. Полоцкого, во время Федора и Софьи преобладало вообще польское культурное влияние. После кончины Полоцкого главным представителем латинствующей партии является любимый ученик его даровитый Семен Медведев, постригшийся в монахи под именем Сильвестр. Благодаря своему учителю, Медведев приобрел покровительство царя Федора и получил видную и хорошо оплачиваемую должность справщика Патриаршей типографии (т. е. редактора или, собственно, корректора печатаемых там церковных книг); а по смерти Полоцкого к нему перешло придворное значение последнего как ученого деятеля и стихотворного панегириста; тогда же он занял важное место строителя или настоятеля Заиконоспасского монастыря. При Софье он стал в ряды наиболее усердных ее сторонников, заодно со своим другом и бывшим товарищем по службе в приказе Тайных дел, а теперь начальником стрельцов и доверенным лицом правительницы Федором Шакловитым.

Столкновение двух указанных течений в особенности ярко проявилось по поводу так называемой «хлебопоклонной ереси».

Уже в Средние века в западной, или латинской, церкви утвердилось мнение о пресуществлении Святых Даров в тело и кровь Христову во время произнесения слов: «примите, ядите» и прочее. С Запада это мнение вместе с богословской наукой перешло в киевские школы, а отсюда проникло и в Москву; чему способствовало и вообще польское культурное влияние того времени. Но Греческая церковь держалась другого мнения о времени пресуществления, отнеся его к словам: «и сотвори убо хлеб сей». В Москве эти два мнения уже в конце Алексеева царствования вызвали спор между Симеоном Полоцким и Епифанием Славинецким. После них этот спор горячо продолжали, с одной стороны, Сильвестр Медведев как последователь Полоцкого, то есть хлебопоклонной ереси, а с другой – инок Евфимий, ученик Славинецкого. Ефимия поддерживал патриарх с некоторыми приближенными лицами из духовенства; а Сильвестр опирался на сочувствие Софьи, князя Голицына и прочих полонофилов. Слишком полагаясь на их покровительство, он неуважительно относился к патриарху Иоакиму и в своем кружке позволял себе отзываться о нем как человеке малого образования. («Учился мало и речей богословских не знает».) Латинствующую партию втайне подстрекали и снабжали аргументами иезуиты, которые при Софье и Голицыне проникли в Москву, завели здесь свою школу и занялись пропагандой. Но партия православных нашла себе сильных поборников в двух ученых греках.

Задуманное при царе Федоре II учреждение в Москве высшего училища или Академии, наподобие Киевской, теперь было приведено в исполнение, однако не без некоторых препятствий и осложнений.

Уже в 1682 году, как скоро утихло в столице мятежное движение, поднятое стрельцами и раскольниками, иеродиакон Чудова монастыря Карион Истомин подал царевне Софье изложенную виршами просьбу о совершении дела, начатого ее братом. Однако просьба эта пока не имела успеха. Спустя с небольшим два года (в январе 1685 г.) то же ходатайство и также в стихах возобновил влиятельный при дворе Сильвестр Медведев, который, очевидно, рассчитывал стать во главе проектированного высшего училища. Но патриарх Иоаким отнюдь не желал поручить его своему латинствующему противнику. Делу грозила новая отсрочка, если бы случайно в том же 1685 году в Москву не приехали греческие наставники, о присылке которых просил восточных патриархов московский двор еще при Федоре Алексеевиче. То были два брата иноки Иоанникий и Сафроний Лихуды. Они происходили из знатной византийской фамилии, переселившейся на остров Кефалению, а образование свое получили в Венеции и Падуе, после чего занимали на родине должности преподавателей и проповедников. В Москве они встретили ласковый прием при дворе и нашли себе покровителя в лице князя В.В. Голицына, большого почитателя ученых людей. При его помощи в Заиконоспасском монастыре было выстроено обширное здание для будущей академии. В следующем, 1686 году высшее училище было торжественно открыто в присутствии патриарха и Освященного собора. Сюда были переведены ученики из типографской школы; кроме того, поступило в учение несколько десятков из дворян и детей боярских, из монахов, священников и прочих. Лихуды начали преподавать, отчасти на греческом, отчасти на латинском языке, обычные тогда науки, а именно: грамматику, пиитику, риторику, логику и физику.

Уже при самом начале своей московской преподавательской деятельности братья Лихуды принуждены были принять близкое участие в помянутом споре о времени пресуществления. Патриарх Иоаким воспользовался сими учеными греками, чтобы противопоставлять их латинствующей партии и ее главе Медведеву. Последний, обманувшись в своих расчетах на место блюстителя или ректора академии, очень недружелюбно отнесся к Лихудам и даже завел с ними тяжбу о земле, которая отошла от его монастыря под академию. Почти одновременно (1687 г.) Медведев в защиту своего мнения написал довольно обширное сочинение, озаглавленное «Манна» (собственно: «Книга о манне хлеба животнаго»); а Лихуды в опровержение сего мнения сочинили «Акос, или Врачевание, противополагаемое ядовитым угрызениям змиевым». Полемика не замедлила разгореться. Один из сторонников Медведева дьякон Афанасий против «Акоса» выпустил «Тетрадь на Иоанникия и Софрония Лихудов», а последние в ответ ему «Диалоги Грека учителя к некому Иисуиту». Эта полемика о священном таинстве Евхаристии – полемика письменная, а еще более устная – возбудила живейший интерес в московском обществе, которое своею чуткостью к отвлеченным вероисповедным вопросам напоминало общество византийское первой половины Средних веков. По современному свидетельству (книги «Остена», изданной под руководством Иоакима), не только мужчины, но и женщины принялись обсуждать момент пресуществления, заводить о нем собеседования и словопрения при всяком случае, даже на торжищах и на пирах, кстати и некстати («временно и безвременно»). «И от такого их нелепого любопрения прозябоша свары и распри,