После неудачи 1543 года римские папы и пожизненный генерал ордена иезуитов Игнатий Лойола отнюдь не оставили планов обратить Эфиопию в католицизм. При церкви Сан-Стефано деи Мори в Риме была открыта спецшкола для иезуитских миссионеров, готовившая кадры для работы в Эфиопии. В этой школе изучали язык, традиции и обычаи африканской империи. В 1554 году папа Юлий III своей буллой назначил патриархом Эфиопии Нуньеса Баррето. Чтобы обеспечить подобающий назначенцу викария Христа приём, в Эфиопию в 1555 году был направлен иезуит Гонсало Родригеш. Но переходить в католицизм Гэлаудеуос и эфиопское духовенство отказались. Родригеша лишь заверили, что патриарха Баррето примут при дворе.

В 1556 году Баррето с группой иезуитских миссионеров выехал в Эфиопию. Сам он остался в Гоа, а в Африку отправил епископа Андреса де Овьедо. Епископ Овьедо прибыл ко двору ныгусэ нэгэст в 1557 году, где его приняли с почётом. Сам император с абунэ («наш отец» – титул главы эфиопской церкви) Йесуфом проводил дискуссии с Овьедо. Потом был созван синод, на заседаниях которого присутствовал Гэлаудеуос. В конце 1558 года Овьедо оставил двор, не добившись принятия Эфиопией католицизма. Он получил только разрешение иезуитам вести проповедь евангелия на территории империи.

А пока при эфиопском дворе дискутировали на религиозные темы, войсками Османской империи в 1557 году были захвачены порты на побережье Красного моря, и прежде всего Массауа. В это время в Харэрском султанате к власти пришёл племянник имама Ахмеда Граня Нур-ибн-Муджахид. Есть легенда, что на войну с Эфиопией его подстрекала вдова Граня Дыль-Уонбэра.

Как бы там ни было, но Нур-ибн-Муджахид выступил в поход против Эфиопии и атаковал Фэтэгар. Гэлаудеуос, не успевший собрать всю армию, двинулся навстречу мусульманскому войску. Не прислушавшись к мнению своих военачальников, отговаривавших от сражения до подхода подкреплений, 23 марта 1559 года ныгусэ нэгэст начал битву, закончившуюся полным разгромом имперской армии. В этом сражении погибли ныгусэ нэгэст Гэлаудеуос, ычэге Йоханныс, акабе сэат и множество других феодалов. Часть эфиопского духовенства считала смерть императора в бою божьей карой за позволение иезуитам проповедовать евангелие.

Но и мусульманам эта победа тоже не принесла ничего хорошего. Сразу после неё в Харэрском султанате начался голод. Три года подряд не было дождей. И народ стал считать, что это именно выставленная на столбе у городских ворот Харэра отрубленная голова императора Гэлаудеуоса вызвала бедствия в землях мусульман.

После гибели Гэлаудеуоса императором стал его брат Минас, выкупленный из мусульманского плена. Он начал своё правление с того, что отобрал титул ытеге (титул жены императора после коронации) у Сэбле-Уонгель, матери своей и Гэлаудеуоса, которая имела поддержку на севере страны и популярность по всей Эфиопии. Низложив мать, Минас сделал ытеге свою жену Сыллус-Хайла, получившую тронное имя Адмас-Могэса. Представители эфиопского духовенства – абба Зыкыре и абба Паулос – протестовали против этого, но тщетно.

В Эфиопии стал нарастать сепаратизм. Подняли мятеж фалаша в Сымен. А бахыр нэгаш Йисхак, правитель Тигре и Хамасен, стал готовить свержение Минаса. Для этого он составил коалицию с потомками сына императора Либнэ-Дынгыля Яыкоба. В 1559 году ныгусэ нэгэст Минас отправился с войском в Сымен на подавление мятежа фалаша. Сражение с войском фалаша под командой Рэдета победы не принесло, а сразу после произошло неудачное покушение на Минаса. В 1560 году император вел войну с войсками бахыр нэгаша Йисхака и его ставленника на императорский трон Тэзкарэ-Каля, внука Либнэ-Дынгыля. Сначала императорская армия потерпела поражение, и её командующий Зэра-Йоханныс был убит. Но затем войска возглавил сам Минас и в июле 1561 года в сражении в Уогэра одержал победу. Взятого в плен племянника Тэзкарэ-Каля по приказу императора сбросили в пропасть с вершины горы Лемалемо в Бэгемдэре.

Но бахыр нэгаш Йисхак не отказался от своих планов. Для укрепления своих позиций он провёл переговоры с Земуром, турецким пашой в Массауа. И в обмен на поддержку в борьбе с Минасом передал туркам прибрежные земли от Массауа до Дыбаруа. Йисхак провёл и переговоры с иезуитскими миссионерами, которым Минас запретил проповедовать католицизм и поселил строго изолированно в Фремоне. За предоставление военной помощи из Европы для борьбы с императором Йисхак обещал иезуитам перейти в католицизм вместе со страной. На пост императора бахыр нэгаш подобрал новую кандидатуру – брата покойного Тэзкаро-Каля Фасиледэса.

Решительное сражение состоялось 20 апреля 1562 года. В нём коалиция Йисхака потерпела поражение. Однако у императора не хватало войск, чтобы окончательно покончить с мятежным бахыр нэгашем. Он был вынужден отправиться на юг, в Шоа. Там император Минас дал несколько победных сражений вторгшимся племенам галла, но в 1563 году неожиданно умер от жёлтой лихорадки.

После смерти Минаса началась борьба за власть между группами знати. Первая группа, в которую входили ытеге Сыллус-Хайла, императрица Сэбле-Уонгель, командующий императорской гвардией Ананья, аззаж Кумо и церковники Кыфле-Марьям, Ацкэ-Дынгыль, Сыбхат-Леаб, поддерживала кандидатуру 13-летнего Сэрцэ-Дынгыля («Отрасль Девы») – сына Минаса. Вторая группа, в составе правителя Годжама Зэра-Йоханныса, управителя Дэмбии Харбо и других крупных феодалов, подсаживала на трон племянника Либнэ-Дынгыля Хамэльмаля.

Первая группа сразу провозгласила Сэрцэ-Дынгыля императором. Тогда их оппоненты решили прибегнуть к силе оружия. Решающее сражение произошло 13 февраля 1564 года, и победа была одержана сторонниками Сэрцэ-Дынгыля. После этого некоторые феодалы были брошены в тюрьму, другие смирились. Хамэльмаль получил в управление Годжам, но скоро умер. А Харбо примкнул к бахыр нэгашу Йисхаку.

Тогда на трон стал претендовать Фасиледэс, внук Либнэ-Дынгыля из Шоа. В 1566–1568 годах шла война с этим претендентом. И в сражении с его войсками императору удалось одержать победу. После подавления сторонников Фасиледэса армия Сэрцэ-Дынгыля покоряла округ Ыннарию и добилась от него выплаты дани.

Монастырь в Фремоне, недалеко от Адуа. Гравюра из португальской книги XVII века

Затем, до 1569 года, император предпринимал военные походы в округа Гураге, Кулло, Кэмбата, Шоа и Хадья. В последнем он расправился с исламским правителем и назначил наместником дэджазмача («командующий у императорского шатра») Тэкле-Гийоргиса. Следующие три года Сэрцэ-Дынгыль сражался с племенами галла, вторгавшимися в Шоа и Бэгемдыр. И хотя император выиграл много сражений, но не смог остановить миграцию галла на земли Эфиопской империи.

В 1580-х годах Сэрцэ-Дынгылю удалось победить правителя фалаша Гошена и подчинить империи эти племена. После этого ему пришлось опять подавлять восстания в Ыннарии и других юго-восточных областях. В этот раз ныгусэ нэгэст заставил правителя Ыннарии Бандэчо принять христианство.