Иезуитские миссионеры при Сэрцэ-Дынгыле сидели в изоляции во Фремоне, куда их поместили по распоряжению императора Минаса, постепенно вымирая. Сэрцэ-Дынгыль посылал письмо королю Испании Филиппу II через Дуарте де Мендеса, бывшего в Эфиопии. В этом письме император Эфиопии просил огнестрельное оружие и специалистов. Но ответа не последовало.

Тем временем бахыр нэгаш Йисхак сколотил антиимператорскую коалицию с турками и Харэрским султанатом. Султан последнего Мухаммед IV начал войну с Эфиопской империей в 1577 году. В битве у реки Уаби императорские войска разгромили армию султаната. В то же время набег галла разорил Харэр, и столица султаната была перенесена в оазис Ауса в пустыне Данакиль.

После победы над харэрцами Сэрцэ-Дынгыль направил армию на север империи, где концентрировались войска бахыр нэгаша и турок. По настоянию своей тётки Уолетэ император попытался договориться с Йисхаком. Бахыр нэгашу было предложено сохранение титула и владений, если он разорвёт союз с турками. Но Йисхак отказался. В ожесточённом сражении в ноябре 1578 года в Ынтичоу армия Сэрцэ-Дынгыля одержала победу. После поражения Йисхак попытался возобновить переговоры с императором. Но теперь от него потребовали участия в борьбе с османами, на что бахыр нэгаш не пошёл.

В новой битве у Адди-Коро в декабре 1578 года войска бахыр нэгаша были окончательно разгромлены. В этом бою бахыр нэгаш Йисхак и турецкий паша были убиты. А император занял резиденцию бахыр нэгаша Дыбаруа.

Несколько лет спустя турки дали титул бахыр нэгаша Уольдэ-Ысуму и передали под его управление Дыбаруа и Хамасен. В новом сражении с императорскими войсками Уольдэ-Ысум потерпел поражение и погиб. Сэрцэ-Дынгыль после этой победы попытался завоевать Аркико, но не преуспел. Удалось овладеть только Хамасеном. В 1589 году с турецким пашой Кадавертом был заключён мир. По его условиям Массауа и Аркико остались в турецких руках.

Вновь назначенный Сэрцэ-Дынгылем правитель северных территорий уже не получил титула бахыр нэгаша. Император приказал именовать Ыкубэ-Микаэля титулом уольдэ ныгусэ («сын царя»). С помощью этого манёвра Сэрцэ-Дынгыль ликвидировал титул бахыр нэгаша.

В 1597 году ныгусэ нэгэст Сэрцэ-Дынгыль скончался во время очередного похода против племён галла. То есть все 34 года своего правления император непрерывно совершал военные походы против мятежников, сепаратистов и агрессоров.

Сразу после смерти Сэрцэ-Дынгыля в империи развернулась борьба за власть. На престол был посажен Яыкоб – несовершеннолетний и незаконнорожденный сын императора Сэрцэ-Дынгыля. За него правила группа из ытеге Марьям-Сыны, раса Атнасыйоса из Бэгемдыра, раса Кыфле-Уахдома из Тигре и дэджазмача Зэсылласе. Эта группа придерживалась традиционного курса в отношении иезуитов – их полной изоляции. Но тут иезуиты решили активизировать проникновение в Эфиопию, и в 1603 году в империю прибыл их новый представитель, испанец П. Паес. Яыкоб, когда подрос, дал иезуитским миссионерам право открыть школы и обучать эфиопских детей, готовя их к службе при дворе. Подобное самовольство императора вызвало сопротивление придворной камарильи. В результате в 1603 году Яыкоб был низложен и сослан в Ыннарию.

На трон ныгусэ нэгэст взошёл Зэ-Дынгыль – внук императора Минаса. Иезуитские миссионеры стали просить у него подтверждения прав, данных им Яыкобом. Зэ-Дынгыль поставил своё решение в зависимость от ответа на свои послания римскому папе Клименту VIII и королю Испании и Португалии Филиппу III. В этих посланиях Зэ-Дынгыль предлагал им союз, принятие эфиопской церковью католицизма и захват турецких портов на Красном море. При этом Массауа доставался Испании, а Аркико Эфиопии. Также император просил прислать специалистов и военную помощь.

Разумеется, все эти предложения были совершенно фантастичны для европейских адресатов. Им в Африке нужны были не союзники, а колонии. Но император не знал Европы и по наивности думал, что это христиане. Как раз в это время в области Амхара явился человек, утверждавший, что он Христос. Пришлось посылать войска на подавление приверженцев этого движения. Данный лжемессия был схвачен и казнён. Сразу после подавления этого бунта Зэ-Дынгыль издал эдикт, по которому размер подати устанавливался в каждой области в зависимости от урожая, а не от желания местного правителя. Это мигом сделало всю знать врагами императора.

Кроме того, Зэ-Дынгыль участвовал в нескольких церковных собраниях, где иезуитские и эфиопские теологи спорили об истинности веры. Стали распространяться слухи, что император вместе с командующим армией дэджазмачем Лаыкэ-Марьямом принял католицизм. Абунэ Петрос отлучил Зэ-Дынгыля от церкви. Одновременно дэджазмач Зэсылласе поднял восстание в Годжаме.

В 1604 году в местности Барча в Дэмбии произошло сражение между армией отлучённого от церкви императора и войском феодалов, в котором вместе с солдатами сражались священники и монахи. Зэ-Дынгыль погиб в этой битве. Затем ревностные христиане выкололи еретику глаза и затоптали труп копытами лошадей. Истоптанные останки Зэ-Дынгыля повесили на дереве, запретив хоронить.

После убийства Зэ-Дынгыля императором сановники опять сделали Яыкоба. Но тут появился новый претендент на престол. Это был Сусныйос – сын Фасиледэса из Шоа. Он заключил союз с племенами галла. Решающее сражение между войсками претендентов на трон произошло в 1607 году. Армия Сусныйоса одержала победу. В этой битве император Яыкоб и абунэ Петрос были убиты.

Заняв императорский трон, Сусныйос с самого начала своего правления столкнулся с оппозицией духовенства из-за убийства абунэ. Для нейтрализации этой оппозиции ныгусэ нэгэст привлёк к себе феодалов, предоставив им полную свободу грабежа населения провинций. На ключевые должности при дворе и в империи Сусныйос назначил своих братьев: Афэ-Крыстоса, Йеманэ-Крыстоса, Малька-Крыстоса и Сахле-Крыстоса. Сусныйос основал город Дэнкэз в Дэмбии и сделал его императорской резиденцией. Племенам галла за поддержку в борьбе с Яыкобом были пожалованы земли в разных провинциях, например в Годжаме и Дамоте. Причем многие из этих земель были отобраны у монастырей.

В 1608 году на севере Сымена появился «чудесно спасшийся император» Яыкоб и начал собирать войска. В бою в Шире с войсками Сусныйоса самозванец погиб. Но население, обираемое феодалами, продолжало бунтовать. В 1616 году вспыхнуло восстание в Сымене, в 1617 году в Шире, в 1619 и 1620 годах в Бэгемдыре, в 1626–1627 годах опять в Сымене и в 1629–1632 годах в Ласте. И все их подавляли императорские войска.

Сусныйос позволил Паесу и иезуитским миссионерам свободно проповедовать католическое христианство в Эфиопии. Что ещё больше восстановило против него духовенство. Но и среди монофизитского духовенства произошёл раскол на сторонников тоуахдо из Шоа во главе с ычэге и сторонников кыбат из Годжама и Тигре во главе с абунэ.

Император Сусныйос собирает служителей церкви для обсуждения их разногласий. Миниатюра из ТАНАХа, начало XVII века