В 1621–1622 годах и 1622–1623 годах были созваны два собора, которые не смогли принять никакого решения. Тогда окончательное решение против абунэ принял сам Сусныйос. Тем более что в это же время сам император Сусныйос, его брат Сахле-Крыстос и группа придворных сановников были крещены Паесом по католическому обряду. Когда это стало известно, абунэ Сымон отлучил императора от церкви. Начались беспорядки, переросшие в религиозную войну. В генеральном сражении армия императора Сусныйоса сумела одержать победу, а абунэ Сымон погиб на поле боя. После этого в Эфиопию стало прибывать ещё больше иезуитских миссионеров. Они отменили празднование субботы и оставили эфиопам только празднование воскресенья, как в католицизме.

В 1622 году внезапно умер католический креститель Эфиопии Паес, и через пару лет из Рима прибыл назначенный римским папой новый патриарх Эфиопии – фанатичный член ордена иезуитов Афонсо Мендес. Он, в отличие от Паеса, стал обращаться с эфиопскими сановниками как с дикими язычниками, в частности требуя вставать на колени при его появлении. Наконец, 12 февраля 1628 года император Сусныйос объявил о введении в Эфиопии католической веры. В ответ в стране вспыхнула война. Монофизитские священнослужители, не желавшие принимать католицизм, подвергались пыткам и казням. В ходе войны с мятежниками погиб сын императора Маркос и дочь ныгусэ нэгэст, княжна Мэлекотауит. Духовенство называло императора Алауи-Ныгусе («Еретический царь»).

После четырёх лет войны Сусныйос признал свою ошибку с введением в Эфиопии католицизма и отрёкся от престола в пользу своего сына Фасиледэса. 14 июня 1632 года на трон взошёл новый император и принял тронное имя Алам Сагад («Тот, перед которым склоняется мир»). Католическая вера в Эфиопии была отменена. После чего в Гондэре был созван собор. На нём теологический спор вели: Мендес от католиков и ычэге Бэтрэ-Гийоргис от эфиопских христиан. Последний обратился к Фасиледэсу с просьбой выдать Мендеса и прочих иезуитов эфиопскому духовенству для расправы. Но император только приказал разоружить католиков и сослать их во Фремону в Тигре. Оттуда иезуиты бежали к бахыр нэгашу Йоханнысу. А когда Фасиледэс потребовал их вернуть, Йоханныс отказался это сделать, но передал католиков туркам.

Фасиледэс впервые в истории Эфиопии построил каменную резиденцию в Гондэре, хотя большую часть времени проводил в разъездах. Продолжался мятеж в Ласте. Её правитель Мэлька-Крыстос стремился к независимости от империи. В местности Либо в Бэгемдыре в 1632–1633 годах армия Ласты разгромила войска Фасиледэса, и ему пришлось бежать. В 1634–1635 годах против императорских войск сражались уже армии правителей Ласты и Тэмбена. Однако наступивший в Эфиопии голод временно прекратил военные действия. Император Фасиледэс восстановил обычай заточать принцев на горе Уохни-Амба («Тюремная гора»). Регулярно приходилось Фасиледэсу отражать нападения на территорию Бэгемдыра и Годжама племён галла. Такие нападения были в 1636, 1639, 1643, 1649, 1652, 1658 годах. Фасиледэс предоставил в распоряжение монахов толка тоуахдо («единобожие») Дэбрэ-Либаноса монастырь Азэзо в Дэмбии, где господствовал толк кыбат («елеосвящение»). При нём же состоялось два церковных собора. Но если на соборе 1654 года в Барча в Бэгемдыре победил кыбат, то на соборе в Аринго в 1664 году, где против представителя кыбат Зэийесуса из Дэмбии выступал сторонник тоуахдо Адам из Ынфыраза, верх одержал толк тоуахдо. Около 1660 года императору удалось победить правителя Ласты Мэлька-Марьяма, и тот согласился платить дань и взять в жёны дочь Фасиледэса.

После смерти Фасиледэса в 1667 году на трон взошёл его сын Йоханныс I, принявший тронное имя Айлав Сагад («Тот, перед кем склоняются десятки тысяч»). Он являлся последователем тоуахдо. Йоханныс I издал указы с предписаниями последователям каждой религии жить отдельно и не контактировать друг с другом. Таким образом, его можно считать родоначальником апартеида. В 1669 году все католики, не принявшие монофизитство, были изгнаны из Эфиопской империи. При Йоханнысе I были казнены шесть францисканских миссионеров, присланных римским папой Александром VII для обращения эфиопов в католичество. Всё правление Йоханныса I прошло в распрях между тоуахдо и кыбат. Под давлением монахов монастыря Азэзо 20 октября 1681 года был созван новый собор. На нём тоуахдо представлял абба Николаос, а кыбат – абба Акале-Крыстос. Победа была присуждена аббе Николаусу, и собор предал анафеме кыбат.

Летом 1682 года ныгусэ нэгэст Йоханныс I скончался и на престол был посажен император Иясу I. Он объявил решение последнего собора обязательным и принял ряд мер для поднятия авторитета тоуахдо Дэбрэ-Либаноса. Для этого император дал право ычэге (главе тоуахдо) носить корону и роскошные одеяния. Также Иясу I ввёл обычай, по которому при торжественных выходах императорская свита следовала в следующем порядке: впереди шёл ычэге со священнослужителями, за ними на лошади ехал император, а замыкали процессию светские сановники.

Сразу после воцарения Иясу I провёл большой шум шыр. Уойзэро Ылени, сестра императора, получила под управление Сымен, дэджазмач Аныстасйос получил чин раса битоуддэда и Дамот в управление, фитаурари («атакующий во главе») Фысыха-Крыстос стал правителем Годжама а аггафари (придворный чин типа церемониймейстера) Асрат – правителем Бэгемдыра. Абба Ассэрэ-Крыстос стал акабе сэатом, а абба Хырьяксо получил сан ычэге.

В 1684–1685 годах император Иясу I воевал с галла в Уолло и Годжаме. А в 1687 году по настоянию сторонников кыбат был созван новый собор, но и он подтвердил правоту тоуахдо. Однако для разрешения разногласий Иясу I приказал наиболее авторитетным богословам обеих групп отправиться в монастырь Дэбрэ-Марьям на острове в озере Тана и там спокойно решать вопрос о природе Христа. Спор на острове продолжался целый год.

Святой Марк переписывает Евангелие. Фреска XIV века. Монастырь Дэбрэ-Марьям на острове в озере Тана

А в Годжаме в это время (1687–1688) вспыхнуло народное восстание под руководством кузнеца Йисхака-Уорення («Йисхака-Поджигателя»). Он провозгласил себя императором и сражался с армией в Годжаме, Амхара-Сайнт и Шоа. Убежище ему предоставили галла-тулома. Под угрозой разорения их земель Иясу I удалось принудить галла к выдаче Йисхака. Созванный специально императорский трибунал в присутствии Иясу I приговорил Йисхака-Уорення к смертной казни.

А после этого завершились богословские сидения на озере Тана, и в 1688 году в Йибабе был созван новый собор. На нём аббы тоуахдо Бетэ-Крыстос и Уольдэ-Крыстос опять препирались с аббами кыбат Космосом и Тэбданом о природе Спасителя. Собор снова предал анафеме кыбат.

В 1689 году взбунтовалось население округа Уаг, отказываясь платить дань императору. Во главе восстания стояли крестьяне Абрам, Сэбхай, Сэрцэ-Кыссос, Ынкуай и Уольдэ-Хуарьят. Бунт был подавлен самым кровавым образом.

В 1689–1690 годах Иясу I реорганизовал мыкыр бет – совещательный орган при императоре. Теперь порядок выступлений был строго определён. Сановники выступали по мере возрастания степени их чина, а завершало заседание мыкыр бета выступление императора, который объявлял о принятом решении. Право выступать последним перед императором получил рас битуоддэд.