29 мая войска выступили к Неаполю. Авангардом командовал Белли. 2 июня войска Белли и Руффо заняли Портичи и подошли к Неаполю. Один за другим перед ними сложили оружие гарнизоны трех фортов. Теперь впереди была река Себето. Через реку вел мост Святой Магдалины. Его прикрывала 6 орудийная батарея и бригада генерала Виртцема (2 тысячи). На фланге находилась флотилия итальянского республиканца Карачиолло. Русские с ходу начали бой, их пушки открыли сосредоточенный огонь по французской батарее. Моряки-канониры быстро сбили все шесть пушек, затем потопили два судна, а остальные отошли. Ободренные успехом матросы бросились в штыки.

3 июня Белли штурмовал уже самый Неаполь. В эти же дни кардинал Руффо со своим ополчением вступил в Неаполь, и к вечеру 4 июня почти вся столица была в руках роялистов. Засевшие в пригородах республиканцы после попытки к сопротивлению принуждены были заключить 9 июня перемирие на три дня, для выработки условий капитуляции. 12 го числа капитуляция уже была подписана на довольно выгодных для республиканцев условиях, на что имели свои основания согласиться и Белли и Руффо и английский представитель.

Когда Павел I получил донесение о взятии Неаполя десантом капитан-лейтенантом Г.Г. Белли, он с радостью воскликнул: «Белли думал меня удивить, так и я его удивлю!» и пожаловал капитан-лейтенанту орден Св. Анны 1 й степени, полагавшийся по статуту только отличившимся генералам.

13 июня к Неаполю подошла эскадра Г. Нельсона. Узнав о мягких условиях капитуляции, британский адмирал объявил их недействительными. Начались жестокие репрессии против сторонников республики. Русские тщетно пытались смягчить террор. В июле капитулировали осажденные союзниками Капуа и Гаэта. По приказу Ф.Ф. Ушакова отряд А.А. Сорокина вернулся в Корфу.

По просьбе А.В. Суворова и австрийского правительства Ф.Ф. Ушаков, почти одновременно с отрядом А.А. Сорокина, отправил эскадру контр-адмирала П.В. Пустошкина в Адриатическое море для блокады Анконы. О посылке этой эскадры Ф.Ф. Ушаков сообщил А.В. Суворову.

Порт и крепость Анкона была важной базой французов. Отсюда их суда осуществляли контроль над всей северной Адриатикой и затрудняли снабжение итальянских войск из австрийских портов.

На укреплениях и батареях крепости Анкона стояло до 700 орудий, гарнизон крепости состоял из трех тысяч человек под командованием генерала Монье. В 1799 г. в Анконе базировались четыре линейных корабля, вспомогательные суда и 8—10 каперских судов. Порт Пантелагоскуро в низовьях реки По, защищенный с юга и запада крепостями Феррара и Мантуя, использовался для укрытия каперской флотилии (350 лодок). В начале 1799 г. морские сообщения австрийцев были нарушены в результате действий каперов, от набегов которых сильно страдало побережье Далмации.

1 мая русские линейные корабли «Св. Михаил», «Симеон и Анна», фрегаты «Богородица Казанская» и «Навархия», бригантина и судно «Красноселье», а также турецкие: корабль, два фрегата, корвет и тартана снялись с рейда Корфу и пошли к Анконе.

Суда отряда 7 мая пришли на вид Анконы и блокировали крепость. Предложение о сдаче французы отклонили, союзные суда начали бомбардировку крепости.

С 12 по 27 мая блокада прерывалась, так как корабли уходили к берегам Истрии за пресной водой и провиантом. 27 мая корабли вновь пришли к Анконе. 2 июня десантом был взят город Фано. 7 июня десант в 200 человек овладел крепостью Сенигаллия вблизи Анконы. Эскадра П.В. Пустошкина уничтожила или изгнала с моря итальянских и французских каперов, грабивших торговые суда всех национальностей.

П.В. Пустошкин готовился к решительным действиям против Анконы, но 10 июня был отозван в Корфу, куда Ушаков стягивал все свои корабли, так как в Средиземном море появилась Брестская эскадра, и Нельсон, опасаясь решительных действий со стороны адмирала Брюи, просил о соединении русских и английских сил у Палермо. В связи с этим сам Г. Нельсон снял блокаду Мальты. 22 июня эскадра П.В. Пустошкина прибыла в Корфу и соединилась с эскадрой Ф.Ф. Ушакова.

Как только выяснилось, что франко-испанский флот не собирается выходить из Бреста, блокада Анконы была возобновлена отрядом капитана 2 го ранга Н.Д. Войновича. 26 июня фрегаты «Сошествие Св. Духа», «Богородица Казанская», «Навархия» (флагман) и два турецких фрегата вышли из Корфу в море и 12 июля подошли к Анконе. Для блокады крепости оставлены «Сошествие» и один турецкий фрегат, остальные суда направились к Пезарро, где 14 июля с отряда высажен десант (430 человек), который подошел к городу Фано. Еще 150 человек было высажено между Фано и Сенигаллией, чтобы прервать сообщение между ними. Эти крепости, взятые эскадрой П.В. Пустошкина, после ее ухода в Корфу вновь были заняты французами.

15 июля фрегаты подошли к Фано и начали бомбардировку крепости, десант на гребных судах был высажен на берег. 17 июля крепость Фано была взята. В этот день из Анконы на помощь гарнизону Фано вышел французский отряд (1000 человек), но так как Фано капитулировал до его прихода, отряд вернулся в Анкону.

После взятия Фано Н.Д. Войнович направился к Сенигаллии, куда берегом двигался десант. 22 июля эскадра подошла к крепости Сенигаллия и открыла по ней огонь. Не дожидаясь подхода десанта, французы оставили крепость.

Десант, взяв Сенигаллию, направился к Анконе. В помощь союзникам выступили войска итальянского ополчения, собравшиеся у Фермо (около 3000 человек под командованием генерала Лаоца). 28 июля десант и ополчение подошли с двух сторон к крепости. 1 августа начались осадные работы. Вокруг крепости было установлено семь батарей из 30 корабельных орудий. Осада длилась до ноября.

С 24 июля до 13 октября продолжалась бомбардировка крепости, но безуспешно, так как французские канонерские лодки препятствовали высадке десанта.

Австрийский генерал Фрелих, спешивший со своим корпусом (8000 человек) из Тосканы для занятия Рима, получив известие о прибытии туда русских, повернул к Анконе. Когда 3 октября корпус подошел к Анконе, положение французского гарнизона было уже тяжелым: численность осаждавших войск доведена до 900 человек (французов в крепости 1,5 тысячи), и многократные вылазки французов успешно отбивались, в городе ощущался недостаток продовольствия.

Фрелих не поддержал предложения Н.Д. Войновича о совместном штурме крепости. Без ведома союзников он повел переговоры с французами и 2 ноября 1799 г. подписал договор об их капитуляции на самых выгодных для французов условиях. Отпустив французский гарнизон с оружием и с воинскими почестями, Фрелих ввел свои войска в крепость и не допустил туда союзников. Отряд Н.Д. Войновича 13 октября пришел в Триест, где оставался до конца года.

Действия Фрелиха возмутили Ф.Ф. Ушакова, такое поведение австрийцев послужило одной из причин, вызвавших решение Павла I разорвать отношения с союзниками.

Пока русско-турецкие отряды действовали у берегов Италии, Ф.Ф. Ушаков с остальными судами стоял у Корфу.