Покаянное настроение охватило и самого царя. Спустя несколько лет, обращаясь к митрополиту Макарию и другим владыкам, съехавшимся в Москву на церковный собор, он вспоминал о своем душевном потрясении:

Встав на путь покаяния, царь сделал щедрые пожертвования в крупнейшие монастыри. Прекратились опалы и бессудные расправы. В такой обстановке в феврале 1549 года в кремлевских палатах собрались члены государевой Думы (бояре и окольничие) и Освященного собора (церковные иерархи) в полном составе, а также некоторые дворяне и дети боярские. Историки называют это многолюдное собрание «собором примирения» и считают первым в истории России земским собором.

Здесь необходимы, однако, некоторые уточнения. Во-первых, термин «земский собор» является позднейшим изобретением: его предложил славянофил К. С. Аксаков в середине XIX века, после чего это понятие стало активно использоваться в общественной и исторической мысли. При своем появлении в середине XVI века подобные собрания еще не имели обобщающего названия. В XVII столетии, когда они созывались сравнительно часто, их стали именовать «соборами» — выражение «на соборе» («а на соборе были») применительно к подобному заседанию впервые употреблено в 1598 году. Использовались также слова «совет», «земский совет» и др. Слово «собор» имело, несомненно, церковное происхождение: до начала XVII века так назывались обычно собрания высшего духовенства («освященный собор»). В этом, как и во многом другом, проявилось влияние богатой церковной традиции на формирование российской государственности.

Во-вторых, собор 1549 года можно считать первым только условно. Ключевым моментом в появлении подобных совещаний расширенного состава стало приглашение государем на совет не только своих думцев (бояр, к которым позднее добавились окольничие, а еще позднее — думные дьяки и думные дворяне), но и членов церковного (Освященного) собора во главе с митрополитом. Эпизодически такие совместные совещания светских и церковных сановников проводились еще в XV веке.

Так, Дмитрий Шемяка в 1446 году, став временно великим князем и нуждаясь в поддержке, созвал епископов, архимандритов и игуменов «со всей земли». На этом импровизированном церковном соборе присутствовали и великокняжеские бояре.

В 1471 году Иван III, задумав поход на Великий Новгород, совещался не только с митрополитом Филиппом и своими боярами, но и «розосла по братию свою и по все епископы земли своея и по князи и по бояря свои, и по воеводы, и по вся воа своа (т. е. все свое воинство. — М. К.). И яко же вси снидошася к нему, — продолжает летописец, — тогда всем возвещает мысль свою, что ити на Новъгород ратью». Великий князь был уверен в своей правоте, но сомневался в успешности задуманного похода ввиду наступления летнего времени, когда многочисленные реки, озера и болота делали Новгородскую землю труднопроходимой для войска. Именно этот вопрос он и предложил для обсуждения собравшимся. «И мысливше о том немало, и конечное упование положиша на Господа Бога и Пречистую Матерь Его, и на силу честнаго и животворящего креста». В итоге решение о походе было принято.

«Собор примирения» 1549 года отличался от предшествовавших церковно-государственных совещаний более широким составом участников: там помимо митрополита Макария, членов Освященного собора, бояр, окольничих и прочих сановников присутствовали также воеводы, дети боярские и «большие дворяне». Перед собравшимися с прочувствованной речью выступил царь, причем, судя по летописному рассказу, сначала он обратился к боярам и, в присутствии высшего духовенства, напомнил им о злоупотреблениях («продажах и обидах великих»), которые они творили по отношению к детям боярским и простым людям в период малолетства государя, и потребовал впредь так не поступать под страхом опалы и казни. Бояре в ответ, естественно, заверили царя в своем намерении служить ему «во всем вправду, безо всякия хитрости». Милостивое прощение было им даровано, а затем (возможно, на следующий день) Иван Васильевич обратился отдельно с аналогичной речью к воеводам, детям боярским и дворянам: им он «то же говорил, и пожаловал их, наказал всех (т. е. дал всем наказ. — М. К.) с благочестием умилне».

Есть основания полагать, что повестка дня собора 1549 года не ограничивалась «умильными» речами и всеобщим примирением: судя по последующим упоминаниям, именно тогда было объявлено о подготовке нового Судебника. Кроме того, сразу после окончания собора состоялось заседание Думы, на котором было принято решение о выводе из юрисдикции наместников детей боярских по большинству видов преступлений, за исключением самых опасных: душегубства (убийства), татьбы (кражи) и разбоя с поличным. Так была продолжена линия на ослабление социальной напряженности между столичной верхушкой (из которой в основном происходили наместники) и уездным дворянством.

В 1551 году в Москве заседал церковный собор, который по сборнику его постановлений, разделенному на 100 глав, получил в исторической традиции название «Стоглавого». Центральное место в его работе заняла регламентация всех сторон церковной жизни, но в речи царя на соборе поднимались и вопросы государственного управления, и на рассмотрение иерархов был представлен текст нового Судебника.

Вообще трудно провести четкую грань между церковными соборами того времени и собраниями более широкого состава: все они созывались по царской воле и проходили с участием государя; на них непременно присутствовали церковные иерархи, а также бояре и дьяки; повестка дня даже церковных соборов нередко включала в себя также вопросы светского характера.

Самый многолюдный собор в царствование Ивана Грозного состоялся летом 1566 года и был посвящен единственному вопросу — об условиях перемирия или продолжении войны с Польшей и Литвой. У нас есть редкая возможность судить о ходе обсуждения этого вопроса и о составе участников по сохранившемуся подлинному документу — грамоте, излагающей все высказанные мнения и скрепленной подписями ряда духовных лиц, бояр и приказных людей.

Собор был созван в разгар борьбы за Прибалтику (Ливонию) с польским королем и литовским великим князем Сигизмундом Августом. Царь просил у собравшихся совета: стоит ли заключить перемирие с королем на условиях, предложенных литовскими послами, а именно сохранения за каждой из сторон тех ливонских городов, которыми она владела на данный момент. Участники совещания единодушно высказались за отказ от предложенных королем условий и за продолжение войны. При этом наибольший интерес представляют аргументация и сама манера изложения своей позиции, продемонстрированные разными группами, на которые были разделены участники собора.