22 июня в Корфу пришла эскадра контр-адмирала П.В. Пустошкина, а на следующий день – отряд капитана 2 го ранга А.А. Сорокина (в Манфредонии с отряда высадили десант капитан-лейтенанта Г.Г. Белли, который пошел в Неаполь).

10 июля в Корфу прибыли фрегаты «Св. Николай» и «Поспешный», доставившие провиант из Николаева. Спустя две недели они, приняв с эскадры больных, ушли в Черное море. В июле в Черное море отправились фрегат «Счастливый» и акат «Ирина».

Закончив исправление кораблей, 24 июля 1799 г. вся эскадра Ф.Ф. Ушакова (10 линейных кораблей, 6 фрегатов, корвет, 4 малых судна) вышла из Корфу и направилась к берегам Сицилии. В Корфу остались корабли «Св. Троица», «Богоявление Господне» и пленный «Леандр».

3 августа эскадра вошла на Мессинский рейд. Отсюда по просьбе А.В. Суворова 19 августа был отправлен в Ливорно отряд вице-адмирала П.В. Пустошкина (корабли «Св. Михаил» и «Симеон и Анна», два малых судна) для крейсерства в Генуэзском заливе и содействия австрийскому корпусу генерала Кленау в Лигурийской республике.

В тот же день отряд капитана 2 го ранга А.А. Сорокина (фрегаты «Михаил», «Николай», «Армений», вспомогательное судно) вышел к Неаполю для усиления находившихся там русских войск под командованием Г.Г. Белли. Отряд прибыл к Неаполю 25 августа.

С остальными кораблями («Св. Павел», «Захарий и Елизавета», «Св. Петр», «Мария Магдалина») Ф.Ф. Ушаков направился в Палермо для переговоров с адмиралом Г. Нельсоном. 22 августа эскадра Ф.Ф. Ушакова пришла на рейд Палермо, где стояла балтийская эскадра контр-адмирала П.К. Карцова: «Исидор», «Азия», «Победа», фрегат «Поспешный».

26 августа «Св. Павел» посетил король обеих Сицилий Фердинанд IV. Предложение Ф.Ф. Ушакова о совместных действиях против острова Мальта было отклонено Г. Нельсоном, который вместе с палермским двором настаивал на переходе союзной эскадры к Неаполю для укрепления там королевской власти.

В конце августа на турецких кораблях, входивших в состав эскадры Ф.Ф. Ушакова, начались волнения матросов, требовавших возвращения на родину, и 1 сентября турецкая эскадра (четыре линейных корабля, фрегат, корвет, малое судно) самовольно ушла в Дарданеллы.

4—8 сентября эскадры Ф.Ф. Ушакова и П.К. Карцова перешли в Неаполь, где стояла эскадра капитана 2 го ранга А.А. Сорокина. Ф.Ф. Ушаков рассчитывал организовать поход в Римскую республику, где еще держались французы. Не желая, чтобы русские овладели Римом, Нельсон послал в Чивита-Веккью коммодора Троубриджа для тайных переговоров с французами. 16 сентября Троубридж заключил с французами соглашение о капитуляции гарнизонов Рима, Чивита-Веккьи, Корнето и Тольфы. Гарнизонам было оставлено оружие и право участвовать в войне. Английские корабли должны были доставить их в южные порты Франции. Такие условия капитуляции создавали возможность использования этих войск для усиления французской армии в Лигурийской республике.

18 сентября Ф.Ф. Ушаков отправил к Риму отряд из 820 матросов и морской пехоты под командованием полковника Скипора и лейтенанта Балабина. Узнав о подписании капитуляции, русский адмирал заявил англичанам протест и 19 сентября послал в Чивита-Веккью фрегат «Поспешный», чтобы предупредить расхищение итальянских ценностей французами. Русский отряд вступил в Рим 30 сентября и пробыл там до начала ноября.

7 октября корабли «Азия», «Св. Петр» и фрегат «Поспешный» ушли в море. «Азия» конвоировала транспорты в Ливорно и вернулась 29 октября. «Св. Петр» и «Поспешный» направились в Корфу за провиантом и материалами. 9 ноября корабль «Св. Петр» привел транспорты, а затем перешел в Мессину.

Генуя была захвачена французами еще при первом завоевании Северной Италии генералом Бонапартом. Город уже несколько месяцев осаждали австрийские войска генерала Кленау, но взять не могли.

Корабли «Михаил» и «Симеон и Анна», поляка «Экспедицион» и требака «Св. Константин» под командованием контр-адмирала П.В. Пустошкина отправились 19 августа из Мессины. Эскадра имела задачу пресечения подвоза неприятелю запасов (для поддержки предполагаемого А.В. Суворовым наступления на Геную) и прикрытия Ливорно, где находились тылы и склады наших войск.

Отряд 30 августа пришел в Ливорно. 15 сентября король обеих Сицилий посетил флагманский корабль. Блокада Генуэзского залива была задачей, несоизмеримой с теми силами, которыми располагал П.В. Пустошкин. Держать блокаду такого значительного района двумя кораблями удалось только благодаря умению вице-адмирала.

27 сентября эскадра направилась к Генуе для ее блокады. Русские корабли осуществляли крейсерство в Генуэзском заливе. Базируясь на Специю, они пресекали действия французских каперов на морских сообщениях союзников. Крейсируя на морских сообщениях французской Итальянской армии, отряд препятствовал снабжению ее продовольствием и боеприпасами. 6 ноября русские взяли четыре торговых судна. 15 ноября русские корабли уничтожили артиллерийским огнем в портах Онолье и Порто-Маурицио 10 французских транспортов.

В то же время русские корабли прикрывали переходы судов союзников. Так, в октябре поляка «Экспедицион» под командованием лейтенанта М.В. Македонского прикрывала переход 11 сардинских транспортов из Ливорно в Кальяри.

30 ноября П.В. Пустошкин высадил батальон майора А.Ю. Гамена (около 200 человек) для усиления войск генерала Кленау, готовившихся штурмовать Геную. Штурм, начатый 4 декабря, был отбит французами. Австрийцы потеряли до 3 тысяч человек. Отступая, они бросили русский отряд. Потеряв 75 человек, батальону А.Ю. Гамена удалось отойти к Сестрии, откуда на гребных судах он был перевезен 7 декабря на корабли эскадры. 9 декабря эскадра перешла в Специю, а 27–28 декабря – в Ливорно.

14 ноября в Корфу пришел из Черного моря отряд капитана 1 го ранга С.А. Пустошкина – фрегаты «Александр Невский», «Иоанн Златоуст», бригантины «Благовещение», «Илларион», «Алексей», «Могилет», «Константин», «Петр» и «Иосиф». В Одессе на суда приняли два гренадерских батальона под командованием генерал-майора М.М. Бороздина (1422 человека). Войска предназначались для несения службы при дворе неаполитанского короля.

21 сентября отряд вышел в море и спустя шесть дней прибыл в Константинополь. 17 октября суда продолжили поход и 14 ноября прибыли в Корфу, где войска были свезены на берег. В марте 1800 г. они на тех же судах С.А. Пустошкина были перевезены в Отранто и 11 апреля прибыли в Неаполь. Отряд С.А. Пустошкина в июне 1800 г. вернулся в Черное море.

Осенью 1799 г. Нельсон все же был вынужден просить Ф.Ф. Ушакова о помощи в связи с тем, что блокада крепости Ла-Валетта на Мальте затянулась. В начале октября русская эскадра стала готовиться к походу к Мальте. Ф.Ф. Ушаков отозвал наш десант из Рима. В помощь Ф.Ф. Ушакову А.В. Суворов направил после сражения при Нови три гренадерских батальона под командой генерал-майора Д.М. Волконского (1990 чел.), которые прибыли в Неаполь 6 ноября.