Противные ветра задержали выход в море, и только 21 декабря русская эскадра (семь кораблей, фрегат, восемь вспомогательных судов, 1990 человек десанта) покинула Неаполь, здесь остались три фрегата, которые ремонтировались. 25 декабря эскадра пришла в Мессину, где стояли корабль «Св. Петр» и фрегат «Поспешный». Однако здесь Ф.Ф. Ушаков получил указ Павла I о возвращении на родину. 31 декабря эскадра снялась с якоря и пошла в Корфу, куда прибыла 8 января 1800 г.

Корабли «Св. Павел», «Захарий и Елизавета», «Св. Петр» и «Мария Магдалина» были разоружены и разгружены для ремонта.

11 января были посланы приказания Ф.Ф. Ушакова вице-адмиралу П.В. Пустошкину (находился у Генуи), капитану 2 го ранга А.А. Сорокину (с 3 фрегатами в Неаполе), капитану 2 го ранга Н. Войновичу (три фрегата в блокаде Анконы) немедленно возвращаться к Корфу.

Отряд А.А. Сорокина был оставлен в Неаполе по просьбе Неаполитанского правительства.

24 января 1800 г. в Эль-Арише была заключена Франко-турецкая конвенция об эвакуации Египта. В соответствии с ней французская армия в Египте согласна на эвакуацию. Она отступит с оружием, багажом и амуницией на Александрию, Розетту и Абукир. Устанавливалось перемирие на море на все то время, пока эскадра, перевозящая французскую армию, не достигнет Франции. Однако вскоре англичане потребовали разоружения всей французской армии, что нарушило перемирие. Военные действия возобновились.

Узнав о намерении Турции выпустить французские войска из Египта, Павел I дал Ушакову новый приказ направить корабли эскадры для крейсерства на морских сообщениях французской армии в Египте. Ушаков определил два района крейсерства – между Сицилией и берегом Италии и между Сицилией и берегом Африки.

Отряд вице-адмирала П.В. Пустошкина: «Св. Михаил», «Симеон и Анна» стоял на якоре в Ливорно. 8 февраля 1800 г. корабли снялись с якоря и направились в Неаполь. Задержавшись из-за шторма, они 17 го пришли на Неапольский рейд, где стояли фрегаты «Св. Михаил», «Григорий Великия Армении», «Св. Николай».

13 февраля Ушаков направил Пустошкину ордер о следовании к Мессине для задержания французских судов, идущих из Египта. Получив приказ, отряд 4–7 марта перешел в Мессину. Корабли отряда крейсировали между островом Сицилия и берегами Италии, периодически заходя в Сиракузы. 16 апреля Ушаков направил указ о возвращении на Корфу. 25–30 мая отряд Пустошкина перешел от Сиракуз в Корфу.

Для крейсерства между побережьем Африки и Сицилией была направлена недавно пришедшая в Средиземное море эскадра контр-адмирала П.К. Карцова. 20 марта она вышла с Корфу и 25 го прибыла к Сицилии. Суда эскадры ходили в крейсерство между островами Сицилия, Мальта и тунисским берегом. 1 мая Ушаков направил ордер П.К. Карцову о возвращении в Корфу.

18 мая эскадра, стоявшая у острова Леонса, снялась с якоря и на следующий день пришла в Палермо. 27 мая – 2 июня она перешла в Корфу.

Ушаков задержался на Корфу, так как корабли требовали ремонта. В июне 1800 г. адмирал получил еще одно приказание императора о возвращении в Россию.

6 июля 1800 г. Ушаков с 9 кораблями и 1 фрегатом покинул Корфу, 10 сентября он прибыл в Буюкдере. Не потерявшая ни одного судна в жестоких боях, эскадра Ушакова при возвращении в Черное море лишилась двух судов. 9 октября фрегат «Поспешный» и шебека «Макарий» штормом были выброшены на Румелийский берег у Константинополя и погибли.

26 октября 1800 г. эскадра Ф.Ф. Ушакова, салютуя, вошла в Севастополь. Победоносная Средиземноморская кампания Черноморского флота, длившаяся два с лишним года, завершилась.

За полгода до этого, 21 марта 1800 г., в Константинополе между Россией и Турцией была заключена Конвенция о республике Семи Соединенных Островов (Ионические о-ва). В соответствии с этой конвенцией, в частности, по соглашению с правительством республики, на островах останется русско-турецкий гарнизон на время войны с Францией.

После ухода основных сил эскадры Ушакова из Средиземного моря там осталась часть судов и войск, чтобы обеспечить безопасность Ионических островов. И только через несколько лет Россия для противодействия новым попыткам французов осуществить захваты на Балканах, а также для защиты Ионических островов как базы русского флота в Средиземном море вновь начала концентрировать на Корфу силы, которые затем возглавил адмирал Д.Н. Сенявин.

Отряд А.А. Сорокина – фрегаты «Св. Михаил», «Григорий Великия Армении», «Св. Николай» – по просьбе Неаполитанского короля и Высочайшего повеления остался в Неаполе до 1802 г. и вернулся в 1803 г.

Отряд Н.Д. Войновича – фрегаты «Вознесение», «Казанская Богородица», «Сошествие св. Духа», завершив блокаду Анконы, пришел в Триест для исправления повреждений. В августе – сентябре он перешел из Триеста в Корфу. Из-за ветхости и ненадежности корпусов фрегатов почти все их пушки были спущены в трюм, в деках оставлены только по пять орудий на борт. При усилении ветра фрегаты укрывались в ближайшем порту, поэтому шли 44 дня.

5 декабря Н.Д. Войнович направляет рапорт: «эскадра (3 фрегата) из-за неблагонадежности, нехватки провианта и осеннего времени должна остаться на зимовку в Корфу». За то, что фрегаты остались зимовать в Корфу, Н.Д. Войнович был отстранен от командования.

В конце 1799 г. резко обострились внутренние противоречия между державами второй коалиции. Русское правительство было недовольно политикой, которую проводили в отношении России ее союзники.

Австрия и Англия стремились использовать русские войска для изгнания французов с территорий, в которых австрийцы и англичане были заинтересованы сами (Италия, Батавская республика). После достижении этой цели они намеревались вытеснить русских из Западной Европы. Окончательного разгрома Франции австрийское и английское правительства не хотели допускать, так как опасались усиления русского влияния в Европе. Этим объяснялись неоднократные нарушения Австрией и Англией их союзнических обязательств: поведение австрийцев при освобождении от французов Анконы, плохое обеспечение гофкригсратом армии А.В. Суворова и англичанами русских войск, принимавших участие в военных действиях в Батавской республике. Такая политика союзников заставила Россию фактически выйти из войны с Францией.

Известный русский историк Е.В. Тарле писал: «Когда Россия стала участницей второй коалиции, оказалось, что два других главнейших партнера в затевавшейся тяжелой борьбе – Австрия и Англия – не только относятся неискренне, но уже наперед держат против нее камень за пазухой… Английский кабинет во главе с Уильямом Питом Младшим, конечно, жаждал, чтобы на помощь англичанам как можно скорее пришли русские эскадры в Средиземное и Северное моря. Но австрийцы и англичане боялись русских, не доверяли им, завидовали их успехам, хотя по существу эти успехи шли на пользу общему делу. А главное – эти союзники мечтали уже наперед не только о победе над французами при помощи русских, но и о том, чтобы сами-то русские не очень задерживались на тех местах, где эти победы произойдут. Это почувствовал на Севере Италии и в Швейцарии Суворов. Сразу это понял и действовавший на Ионических островах и на юге Италии Федор Федорович Ушаков, и он вовремя сумел приготовиться к скрытым ударам и парировать их».