Позже наследник Хайле-Мэлекота, 12-летний Сахле-Марьям, был захвачен на юге Шоа. Его поместили в качестве заложника в горной крепости Мэкдэла. Держали его в хороших условиях в одной из двух резиденций Теодроса II. После покорения Шоа под властью Теодроса II оказались основные эфиопские провинции. Император силой заставлял феодалов подчиниться, но они продолжали борьбу всеми доступными способами. С 1855 по 1857 год было совершено 17 покушений на жизнь императора Теодроса II. Он получил несколько ранений, но убить его тогда не удалось.

Восстания против императора происходили после ухода его армии из завоёванных провинций. После победы над войском покойного Хайле-Мэлекота Теодрос II назначил наместником в Шоа Бэззаббыха. Но против него поднял восстание Сэйфу, брат Хайле-Мэлекота, и сместил ставленника императора. Пришлось Теодросу II совершать новый поход в Шоа. Причём на этот раз бои были гораздо более ожесточённые и кровопролитные. Во время второго похода в Шоа был полностью уничтожен Анкобэр. Бэззабых был восстановлен на посту правителя Шоа.

Теодрос II реорганизовал административную систему Эфиопской империи, разбив страну на более мелкие округа и назначив туда своих людей. Он также изменил систему сбора налогов. Теперь налоги должны были поступать в императорскую казну, а не в руки местных феодалов. Император попытался лишить крупных феодалов права иметь собственные армии и судебные органы. Особым указом ныгусэ нэгэст Теодрос II запретил в Эфиопии работорговлю. В этом же указе всем подданным было предписано найти себе работу. Императорский указ требовал, «чтобы крестьяне вернулись к земледелию, купцы к торговле и каждый человек к своей работе».

Вскоре после обнародования этого указа к императорскому двору прибыла группа людей, которая заявила, что не может выполнить указ о возвращении к своей работе. Так как они всю жизнь занимались только разбоем и грабежами, пребывая в отрядах шифта. Теодрос II выслушал их спокойно, а затем сказал, чтобы они приходили на императорский двор через несколько дней вместе с другими участниками шифта, и тогда он определит какую работу им предоставить.

Когда разбойники прибыли к императору снова, на этот раз в большем количестве, так как явились банды шифта со многих окрестных местностей, Теодрос II приказал своей гвардии окружить их и расстрелять всех. С помощью таких мер императору удалось повысить безопасность путей сообщения и торговли в Эфиопии. Теодрос II издал закон о том, что каждый христианин может иметь только одну жену. И даже удалил всех своих наложниц, стремясь показать пример.

Во внешней политике Теодрос II стремился обеспечить выход Эфиопии к Красному морю, чему препятствовали египетские войска, занимавшие порты. Египетский гарнизон появился даже в Харэре. В качестве союзника для борьбы с мусульманами Теодрос II пытался привлечь Британскую империю. Надежду на это императору дала беседа с британским консулом в Массауа Уолтером Плоуденом. Последний нанёс визит императору 25 июня 1855 года и поддержал намерения Теодроса II. Тогда предложения Плоудена о поддержке планов эфиопского императора были одобрены генеральным консулом в Египте лордом Брюсом и министром иностранных дел Джорджем Кларендоном. Но очень скоро позиция Лондона изменилась на противоположную. Там сообразили, что выход Эфиопии к морю ослабит Османскую империю. А Британская империя всячески поддерживала Турцию против России. И даже вела в это время совместно с османами и французами Крымскую войну против Российской империи. Таким образом, британская русофобия вышла боком Эфиопии и лично Теодросу II. Все планы поддержки Эфиопии были в Лондоне отброшены, чтобы они хотя бы косвенно не усилили Россию.

Но Теодрос II ничего не знал о патологической русофобии англосаксов и, наверное, вообще о России не думал. И продолжал надеяться на британскую помощь.

В это время умерла Тоуабэч, что стало тяжёлым ударом для Теодроса II. Императрицу похоронили в Гыше. Был объявлен многодневный траур, во время которого в районе Гондэра поднял мятеж сын дэджазмача Кынфу Гарэд, стремившийся установить свою власть над областью Амхара.

В феврале 1860 года Уолтер Плоуден заболел и решил выехать в Англию на лечение. Но когда вместе с Джоном Биллом он выехал из Гондэра, на дипломатов напал отряд Гарэда – одного из феодалов, восставших против императора. Плоуден был смертельно ранен и вскоре скончался. Войска Теодроса II, конечно, энергично преследовали бунтовщиков. Теодрос настиг войско Гарэда и разгромил его, а пленным приказал отрубить руки и ноги.

Британское правительство сочло себя удовлетворённым и не выражало претензий к Эфиопии. Но для Теодроса II гибель Плоудена, сторонника дружеских отношений Британии с Эфиопией, с мнением которого считались в министерстве иностранных дел, была большой потерей.

Едва Теодрос II подавил восстание Гарэда, как в окрестностях озера Тана начался новый мятеж под предводительством Бырру-Хайлу. Император разбил и его воинство, но Бырру-Хайлу укрылся на озёрном острове. Теодрос II посадил солдат в лодки, атаковал остров и разбил бунтовщиков. В этом бою Бырру-Хайлу был убит. В провинции Годжам восстание против императора возглавил её правитель дэджазмач Тэдла-Гуалу. Он располагал крупными воинскими формированиями и император только готовился к войне, когда в 1860 году Тэдла-Гуалу заболел и умер.

Но самым крупным восстанием против Теодроса II был мятеж дэджазмача Ныгусэ в провинции Тигре. В 1858 году Ныгусэ захватил всю северную Эфиопию и провозгласил себя ныгусэ. Стремясь к короне ныгусэ нэгэст, в ноябре 1859 года Ныгусэ отправил послов к императору Франции Наполеону III и римскому папе Пию IX с богатыми дарами и просьбой о помощи. Во главе эфиопского посольства, прибывшего в Париж в январе 1860 года, стоял абба Ымнату, эфиопский католик. Посольство приняли в Париже благосклонно и обещали помощь. Ко двору Ныгусэ был отправлен капитан де Рюссель для налаживания непосредственных контактов.

Но когда де Рюссель прибыл в Массауа, положение уже в корне изменилось. Теодрос II со своей армией выступил в поход на север, объявив награду за голову Ныгусэ. Одержав победу в нескольких сражениях в январе 1861 года, Теодрос II настолько ослабил армию противника, что у Ныгусэ осталось только несколько тысяч солдат. Войска императора окружили остатки армии ныгусэ Тигре близ Аксума и нанесли им окончательное поражение. По приказу Теодроса II схваченным Нэгусэ и его брату отрубили правую руку и левую ногу, а только потом казнили. Император Теодрос II раз за разом одерживал победы над мятежниками, но в постоянных военных действиях разорялись эфиопские провинции и редела императорская армия.

В феврале 1862 года в Эфиопию приехал новый британский консул, капитан Камерон. Теодрос II рассчитывал на помощь Британии в вопросе выхода Эфиопии к морю. 30 октября 1862 года эфиопский император отправил письмо королеве Виктории. Письмо Теодроса II отвёз в Лондон Камерон, который сообщил, что император выразил желание пригласить в Эфиопию инженеров и врачей. Министр иностранных дел, лорд Рассел, отклонил все предложения Теодроса II. Камерон возвратился без ответного письма от королевы, а только с инструкцией лорда Рассела переехать из Эфиопии в Массауа. Обиженный Теодрос II в январе 1864 года приказал арестовать Камерона по обвинению в антиэфиопской деятельности. Основанием послужила поездка британского дипломата в пограничные с Египтом районы и встречи с командирами мусульманских отрядов. Вместе с Камероном арестовали ещё около 40 европейцев находившихся в Эфиопии.