Объединив свое войско с войском брата Тадаёси, Такаудзи нанес восставшим поражение и захватил Камакура. Ходзё Токиюки сделал сэппуку.

Обстоятельства сложились очень удачно. Тайсёгун Асикага Такаудзи оказался со своим войском в Камакура, легендарной столице первого сёгуната. Мог ли он не воспользоваться случаем и не основать второй сёгунат? Конечно же, не мог. Заявив императору, что не намерен возвращаться в столицу, где его жизни угрожают многочисленные враги, Такаудзи обосновался в Камакура, начал строительство дворца и стал вести себя как сёгун-правитель, раздавая земли и должности верным его людям. В ноябре 1335 года Такаудзи призвал представителей военного сословия выступить против Нитта Ёсисада, которого он назвал «главным столичным интриганом». Все владения Ёсисада были объявлены конфискованными. Традиции не позволяли Такаудзи выступить непосредственно против императора, но Го-Дайго прекрасно понимал, в кого направил копье Такаудзи. Он лишил Такаудзи всех титулов, должностей и владений и выслал против него войско во главе с Нитта Ёсисада. Такаудзи выступил навстречу, одержал несколько побед и в январе 1336 года захватил столицу, но удержать ее не смог. Го-Дайго получил подкрепление с Севера и вынудил Асикага оставить Киото и отступить на запад.

Разочаровавшиеся в императоре самураи охотно становились на сторону нового сёгуна. Всем военным уже стало понятен расклад. Каким бы ни была власть сёгунов — это власть военного сословия, каким бы ни был император, его власть — это власть придворных. Приток новых сил позволил Такаудзи предпринять новое выступление. В мае 1336 года в битве при Минатогаве Такаудзи разгромил основную часть императорской армии во главе с Ниттоа Ёсисада и Кусуноки Масасигэ, военным губернатором провинций Кавати и Идзуми (потерпев поражение, Масасигэ сделал сэппуку). В начале июня Такаудзи снова захватил столицу. Император Го-Дайго бежал и укрылся в монастыре Энряку на горе Хиэй. Такаудзи принудил Го-Дайго отречься и усадил на престол принца Ютахито, младшего брата отрекшегося императора Когон. Ютахито известен как император Комё. Го-Дайго передал своему преемнику священные императорские регалии зеркало, меч и яшмовую магатама, то есть — признал его право на престол. Но смирение Го-Дайго было притворным. В декабре 1336 года он сбежал из-под ареста и укрылся в труднодоступной горной области Ёсино. Там Го-Дайго провозгласил себя «настоящим императором», а Ютахито — узурпатором и объявил, что регалии, переданные «узурпатору», были поддельными. Так японский императорский двор раскололся на две части — Северную в Киото во главе с императором Комё и Южную в Ёсино во главе с императором Го-Дайго.

В ноябре 1336 года, после церемонии передачи новому императору регалий, которые впоследствии были объявлены фальшивыми Такаудзи провозгласил «Уложения годов Кэмму» («Кэмму сикимоку») — программу создания нового самурайского правительства. Эти «Уложения» включали в себя 17 статей подобно «Уложениям» принца Сётоку («Сётоку-тайси») и носили столь же расплывчатый характер. Основное значение «Уложения» заключалось в провозглашении нового сёгуната под руководством Асикага Такаудзи. Новое самурайское правительство было провозглашено правопреемником сёгуната Камакура, но ставкой его стал Киото. Также в «Уложении» были прописаны морально-этические нормы — экономность, сдержанность, набожность и т. п. Отдельно оговаривался запрет вмешательства женщин и духовенства в политику, а назначения на должности военных губернаторов провинций (сюго) следовало производить в соответствии с их качествами и способностями кандидатов, то есть — без оглядки на их происхождение.

В июле 1338 года «северный» император Комё пожаловал Асикага Такаудзи должность сэйи тайсёгуна. Так был основан сёгунат Асикага, правление которого называется периодом Муромати (или сёгунатом Муромати) по названию столичной улицы, на которой располагалась ставка сёгунов дома Асикага. Находиться в Киото сёгунам было удобнее и спокойнее, чем в Камакура.

В 1340 году умер император Го-Дайго, которого сменил на престоле император Го-Мураками (бывший принц Нориёси). Несмотря на войну между Северным и Южным дворами, Такаудзи и его младший брат Тадаёси соблюли приличия и положенным образом выразили свою скорбь по умершему императору вплоть до постройки в его честь буддийского монастыря Тэнрюдзи («Храм небесного дракона») в Киото. Казалось, что дом Асикага был в одном шаге от победы, поскольку новый император сильно уступал своему отцу и как политик, и как полководец, но на самом деле для объединения императорских дворов понадобилось более полувека. В течение этого времени чаша весов судьбы склонялась то в одну, то в другую сторону, но в 1392 году при сёгуне Асикага Ёсимицу, внуке Такаудзи, «южный» император Го-Камэяма прибыл в Киото и отрёкся от престола в пользу «северного» императора Го-Комацу. Такаудзи до этого не дожил, он умер в 1358 году, передав власть своему сыну Ёсиакира, отцу Ёсимицу.

В XIV веке резко снизилось политическое влияние аристократического сословия и столь же резко возросло влияние военных. Если во время первого сёгуната два этих сословия сосуществовали вместе, то сейчас аристократы ушли в тень, уступив место самураям, многие из которых были бы не прочь стать аристократами и стремились к получению в получении придворных рангов и титулов.

Если во времена первого сёгуната управление государством было двойственным — аппарат бакуфу функционировал отдельно от императорского, то во втором сёгунате наметилась тенденция к созданию единой системы управления государством, учитывающей интересы сёгуна и (в меньшей степени) императорского двора. Главная ставка в местном управлении была сделана на военных губернаторов-сюго, неспроста же 7-ая статья «Уложений годов Кэмму» была посвящена им: «подбор людей на должности сюго должен осуществляться в соответствии с их качествами и способностями, потому что с давних времен именно они утверждали мир и порядок в провинциях». Постепенно сюго были переданы все функции правителей провинций (кокуси), таким образом обе должности слились в одну. Формально губернаторов-сюго назначал император, а на деле — сёгунское правительство бакуфу. Дублировать управление провинциями в такой ситуации не было никакой необходимости. Правда, в руках губернаторов-сюго сосредотачивалась очень большая власть, которая делала их независимыми от центрального правительства, но последствия этого пришлось расхлебывать позже, а в начале существования сёгуната Асикава его основатель раздавал провинции верным ему людям и то же самое делали его последователи.

Хосокава Ёриюки — первый канрэй сёгуната Муромати

Во времена второго сёгуната правили сами сёгуны, а не регенты-сиккэн. Это «изобретение» дома Ходзё, скопированное с императорского двора, было забыто за ненадобностью. Но в 1367 году в бакуфу появилась новая должность — канрэй. Изначально предполагалось, что канрэй станет ближайшим советником сёгуна — советником в истинном смысле этого слова, а не опекуном-диктатором, и будет управлял всеми политическими делами в государстве, исполняя сёгунскую волю. Первым канрэй при тринадцатилетнем Асикага Ёсимицу стал Хосокава Ёриюки. Но если до совершеннолетия сёгуна Ёриюки частично исполнял обязанности регента, то при повзрослевшем Ёсимицу он превратился в обычного советника. Должность канрэй не удалось «присвоить» одному-единственному дому. На этой должности сменяли друг друга представители домов Хосокава, Сиба и Хатакэяма. Все они находились в родстве с домом Асикага и вели происхождение от императора Сэйва. Эти дома называли «тремя канрэйскими родами» (сан-канрэй). Со временем же канрэй превратились в реальных правителей государства, можно сказать, что все вернулось на круги своя.