Отношение ортодоксальных кальвинистов к лютеранам, баптистам, браунистам и прочим протестантским инакомыслящим, хоть и менее враждебное, чем к католикам, долгое время являлось довольно относительной и частичной веротерпимостью. После диких эксцессов раннего анабаптистского движения в Германии и Нидерландах, которые были осуждены Лютером, Цвингли и другими протестантскими реформаторами с такой вербальной свирепостью, вполне соответствовавшей по своей жестокости садистской мести, обрушенной немецкими священниками и князьями на последователей Томаса Мюнцера и Иоанна Лейденского, нидерландские баптисты превратились в пацифистское и ультрапуританское сообщество. Наиболее примечательной их сектой являлись меннониты, названные так по имени ее основателя Менно Симонса, которые отказывались нести гражданскую службу или брать в руки оружие. Активное преследование меннонитов прекратилось в 1581 г., в основном благодаря защите, оказанной им Вильгельмом Молчаливым, однако полные гражданские права они обрели только в 1672 г. Возможно, изначально баптисты представляли собой самую большую протестантскую группу, однако в 1650-х и 1670-х годах многие из них, разочаровавшись в пацифизме и непротивлении в борьбе с Испанией и Римом, переметнулись к воинствующим кальвинистским проповедникам. На протяжении XVII и XVIII столетий баптисты и меннониты сформировались в две тихо процветающие замкнутые общины, чья экстремально пуританская манера одеваться и умеренность порой вызывала насмешки как кальвинистов, так и «вольнодумцев». Обе эти группы инакомыслящих в XVIII в. сильно уменьшились в численности, хотя их значение в социальной и культурной жизни Северных Нидерландов еще недостаточно оценено.

Евреи составляли еще одну заметную группу, извлекавшую пользу из относительной терпимости правящего сословия Голландской республики ко всем верам, кроме католической. Амстердамские общины португальских и испанских евреев, бежавших с Иберийского полуострова от инквизиции, насчитывали около 800 человек в 1626 г. и 1200 в 1655 г.

В 1597 г. им позволили построить свою первую синагогу и значительно лучшую в 1639 г. Ряды этих евреев-сефардов пополнились беженцами-ашкеназами из Германии и Польши, осевшими как в восточных провинциях, так и в Амстердаме. Ашкеназы в большинстве своем стояли на более низком культурном и экономическом уровне, чем их предшественники-сефарды, и презирались как иноверцами, так и сефардами. Однако их не заставляли жить в гетто, и в 1657 г. Генеральные штаты недвусмысленно признали всех проживавших здесь евреев, принадлежащих к голландской нации, хотя полных гражданских прав они не получали вплоть до 1796 г.

Евреи-сефарды пользовались определенным уважением среди своих кальвинистских современников-интеллектуалов; такие, как Гроций, Барлеус и Фоссиус, консультировались с образованными раввинами, такими как Менассе (Менаше) бен Исраэль, по вопросам текстологических комментариев к Ветхому Завету и философии иудаизма. Но хотя кальвинистские проповедники постоянно опирались в своих доводах на библейские еврейские прецеденты и считали Моисея и иудейских пророков образцами для подражания, социальное клеймо, наложенное на еврейство христианским миром, присутствовало в Северных Нидерландах, как и повсюду в Европе. Суровый контрремонстрант, памфлетист и организатор кампании против инакомыслящих Виллем Усселинкс проявлял в своих работах откровенный антисемитизм, а кальвинистский священник, взятый в плен испанцами в Байе в 1625 г., с очевидной искренностью уверял последних, что, хотя евреев в Амстердаме и терпят официально, основная масса населения относится к ним с презрительной неприязнью и отвращением. Верность, проявленная евреями в Нидерландской Бразилии во время восстания местных португальцев в 1645–1654 гг., несомненно способствовала упрочению положения трех иудейских общин Амстердама, где в 1642 г. штатгальтер со своей женой нанесли официальный визит в недавно построенную синагогу.

Еврейские купцы Амстердама с самого начала активно участвовали в торговле сахаром и рабами, однако их золотой век наступил в XVIII столетии, когда они стали крупными инвесторами в обе индийские компании и плантации в Суринаме. Еврейские поставщики армии штатгальтера также нажили себе состояние, а другие еврейские финансисты обогатились за счет спекуляций на Амстердамской фондовой бирже способом, описанным Иосифом Пенса де ла Вегой в «Путаница путаницы» (1688). В XVIII в. голландские еврейские финансисты последовали примеру своих христианских соотечественников посредством крупных вложений в английские акции. Даже во время военных действий с Англией 1780–1784 гг. в число голландских покупателей ценных английских бумаг входили «Парнассим братства еврейских мальчиков-сирот Португалии», обыкновенно называвшаяся в Амстердаме «Аби Тетония», а также пышная Валлонская церковь Амстердама. Разумеется, ни в коем случае нельзя считать, будто все евреи Амстердама являлись состоятельными финансистами или зажиточными бюргерами. Наоборот, подавляющее большинство местных еврейских общин — kehilloth — оставались бедными и отсталыми, что составляло разительный контраст с богатыми и образованными сефардами Амстердама. Жесткая и ориентированная внутрь себя структура автономных kehilloth не позволяла им развиться в сильное сословие рабочих и ремесленников, а их парнассимы — духовные наставники противились любым переменам или новым идеям, способным пошатнуть их власть. К концу XVIII столетия более половины из 2800 евреев-сефардов, прихожан главной синагоги Амстердама, являлись получателями пособия для бедных, а из 20 304 евреев-ашкеназов этого города не менее 17 500 считались нищими.

Часто цитируемые строки из поэмы Эндрю Марвелла «Голландский характер»:

более чем точно отражают успех правящего сословия в пресечении стремлений кальвинистских фанатиков принести выгоду в жертву набожности, даже несмотря на частичный триумф контрремонстрантского Дордрехтского синода. Защита правительства или (относительная) религиозная терпимость, по сути, вызывалась прагматическими соображениями и собственной заинтересованностью; тем не менее их позиция не была менее подлинной и предоставляла благоприятный контраст по сравнению с условиями, имевшими место в остальной Европе. Питер де л а Кур, хотя и не являвшийся правителем, отразил в своих «Интересах Голландии» настроение многих правителей: «Свобода или терпимость к служению или поклонению Богу является мощным средством защиты множества жителей Голландии и побуждения иностранцев к жизни среди нас». Тем не менее правители-олигархи не могли зайти так далеко, как де ла Кур, в отстаивании и гарантиях полной свободы вероисповедания как католиков, так и инакомыслящих протестантов. Нетерпимость и влияние кальвинистов оставались еще слишком сильны для этого и продолжали господствовать весь следующий век. Однако правители зашли так далеко, как только могли в превалирующих обстоятельствах; и даже если их отношение вдохновлялось скорее коммерческими соображениями, чем религиозными убеждениями, они заслуживают признательности за то, что на целых 200 лет сделали Соединенные провинции Северных Нидерландов наиболее веротерпимой страной в Европе.